一、Bromodomain（论文文献综述）
郭萍,余文丹,韩世龙,鲁晓娜,华春雨,薛国庆,万昕瑜,郭微[1]（2021）在《BPTF在肿瘤发生发展中的功能及相关分子机制研究》文中进行了进一步梳理染色质重塑过程通过影响染色质开放状态参与基因的转录调控.作为染色质重塑复合物最大的亚基,含溴域和锌指结构的蛋白BPTF可通过多种途径调控基因表达,如参与染色质重塑过程,影响DNA可及性;作为独立的转录因子发挥作用;与其他转录因子、组蛋白或长链非编码RNA等协同发挥作用,并通过影响细胞增殖、迁移侵袭、干性维持、免疫应答等生物学过程参与肿瘤的发生发展,发挥重要的促癌作用.本文从BPTF的结构出发,针对BPTF在肿瘤发生发展中的功能及相关分子机制、其自身的表达调控机制以及基于其结构与功能的小分子抑制剂的开发和应用现状等进行综述.
鹿田[2]（2021）在《靶向调控相关转录蛋白的先导化合物的发现及作用机制研究》文中提出转录调控是各个蛋白、细胞、组织等在发挥其功能时对基因的翻译表达的特定的调节形式,是生物大分子在发挥生命活动时的的必要环节。一方面,它可以通过完全停止转录来对特定基因的表达进行限制;另一方面,它也可以通过激活转录,进而激活某些只在特定环境条件下表达的基因。而且,这些转录调控还可以通过不同的翻译后修饰来发生。转录调控对于生物的各项生命活动功能发挥起到了至关重要的作用,其涉及到许多不同通路和转录因子。转录调控涉及到的生物学过程非常广泛,从可变剪切到DNA修复,蛋白的表达,细胞组织的分化与再生到组织癌症的产生和耐药都能和转录调控关系密切。Hippo信号通路最早在果蝇的基因中被发现,其在哺乳动物体内高度保守。该通路与细胞生长,分化和发育有关,其功能在早期胚胎发育、组织稳定性维持和器官大小控制及再生等均起到关键作用。它通过调节组织生长和细胞分化,被认为是组织稳态和器官大小的中心调节通路。该通路与它的激酶组分之一（Hippo,或哺乳动物中的MST1/2）同名,由于在通路突变实验中观察到的过度生长表型而得名。其主要是通过对其成员之间上下游蛋白的转录调节信号传递,招募及共激活等发挥作用。YAP是Hippo信号通路的关键蛋白,该蛋白自身结构中无DNA结合结构域。研究表明,一旦Hippo对应的通路出现异常情况,YAP就会进入到细胞核内部;然后和Hippo信号通路末端关键调节蛋白,转录增强因子TEADs（Transcriptional enhancer associated domain family members）进行结合,形成异源二聚体复合物,进而直接影响下游基因自身的转录。TEADs能招募YAP/TAZ、VGLL等转录共激活因子,可调控包括CTGF、Cyr61、AXL、Myc、Gli2和BIRC5等不同的促癌基因表达,并且也在肿瘤标志物间皮素激活过程中发挥了关键作用。众多临床数据分析结果表明,TEAD是非常关键的肿瘤标志物。TEAD各个家族成员在结肠癌、乳腺癌和前列腺癌等多种不同的癌症中都有很高的表达,进一步的分析发现其表达的异常和突变也是重要的临床不良预后的标志。组蛋白的乙酰化修饰也是表观遗传中基因转录调控的重要机制之一。组蛋白翻译后修饰可以在真核生物体内引起的染色质结构发生变化,改变染色质的组成造成染色质重塑,染色质的重塑可以改变转录因子与其染色质DNA的结合从而启动或者抑制相关基因的表达。在众多表观遗传调控中,组蛋白的乙酰化修饰调控在基因表达调控的过程中起到了关键的作用。针对组蛋白乙酰化的修饰发生过程进行探究表明,大多数情况下经过组蛋白乙酰化酶“Writer”来催化组蛋白上的赖氨酸乙酰化,激活基因转录再由去乙酰化酶（Histone deacetylases,HDACs）Eraser来去除乙酰化。Bromodomain（BRD）家族的蛋白可以对其特定的赖氨酸乙酰化修饰进行识别,是可以与其结合的唯一的结构域,包含这个结构域的蛋白被叫做“溴蛋白家族”。其家族成员根据其结构和功能的相似性,有8个家族。由于组蛋白乙酰化状态的失衡与肿瘤发生密切相关,近几年来,对其抑制剂的发现与开发,发展迅速。该靶标家族涉及包括癌症等多种重大疾病,靶向该家族蛋白的多个药物都已经进入临床试验。本论文基于靶向调控相关转录蛋白的小分子抑制剂的发现,以Hippo通路重要转录因子TEAD及组蛋白赖氨酸乙酰化的识别蛋白BET家族BD2,这两个具有潜在成药性的新型靶标为切入点,结合药物设计,体外高通量化合物的筛选,化学合成和改造以及药理学等手段展开研究。本论文的第一部分工作,靶向TEAD-YAP相互作用建立并优化基于Alpha Screen技术的高通量筛选平台,并一步通过多种生物实验验证,获得其先导化合物。首先,通过优化pH条件、盐浓度、表面活性剂等理化条件,获得了具有较高通量和灵敏性的高通量筛选体系,为发现靶向TEAD-YAP相互作用PPI界面的小分子抑制剂提供方法基础。进而,我们运用该方法,对本实验室内部的天然产物库进行高通量筛选,获得苗头化合物DCTEAD06,共IC50值为19.9 ±3.0 μM。接着,通过假阳性排除,并利用蛋白热迁移实验、表面等离子共振等实验,确证TEAD4与DCTEAD06的结合。接着,通过细胞实验,证明DCTEAD06可以抑制结肠癌细胞HCT116的增殖,诱导细胞凋亡。然后,运用萤光素基因报告实验,发现了其可以抑制TEADs对下游靶基因的转录活性。因此,在这一章工作中我们开发和优化了可以对TEAD4-YAP结合进行高通量小分子抑制剂筛选的Alpha Screen方法平台,并且发现了新型骨架结构的TEAD4-YAP的小分子抑制剂化合物。通过体外结合模式和细胞水平作用探索,为下一步化合物的结构和活性的优化提供了有效的指导,并且也为其他TEAD家族的小分子抑制剂化合物提供了可靠的筛选技术平台。在之前的工作中我们对TEAD4-YAP的抑制剂进行了筛选发现,但是由于该界面空间狭长且亲和力较高,往往现有的小分子抑制剂的活性不高,并且改造的难度较大。近几年来研究发现TEADs在生理条件下其保守半胱氨酸位点会发生自棕榈酰化,TEADs的自棕榈酰化对其稳定性和功能非常重要。因此,我们在第二部分的工作中靶向TEADs自棕榈酰化位点,开展其先导化合物发现与验证研究。首先,利用基于活性的蛋白谱技术Click实验对本实验室内部的共价化合物库进行了筛选,获得了具有TEAD1/3选择性骨架新颖小分子抑制剂DC-TEADin1072。其次,利用基于蛋白与小分子共价对接方式,分析蛋白和小分子的结合模式。进而,分析了 TEADs家族蛋白内部存在的氨基酸差异,最终获取了 TEAD1和TEAD3双靶点抑制剂DC-TEADin1072。该抑制剂为新型TEAD1和TEAD3选择性共价抑制剂,IC50分别为0.61±0.02 μM和0.58±0.12 μM。经质谱分析和蛋白位点突变检测证实该蛋白在TEAD1 C359和TEAD3 C371位点与半胱氨酸结合。最终,在斑马鱼的动物实验表明,该类化合物对动物的发育产生明显影响。基于上述发现的TEAD1和TEAD3的双靶点抑制剂,我们通过序列和晶体结构比对等多种方式,开展基于结构的药物化学优化,最终得到了选择性更强专一的TEAD1或者TEAD3抑制剂。根据文献,我们发现对TEAD3的生理功能研究较少,现阶段缺乏一个选择性高活性较好的化学探针,以探索TEAD3的功能。我们对DC-TEADin1072结构进行了化学优化得到了 DC-TEAD3in03化合物。为进一步证实TEAD3在细胞中的选择性抑制作用,用GAL4-荧光素报告基因验证TEAD3对GAL4-TEAD1-4荧光化信号的抑制作用,其在TEAD3活性为1.15 μM。动物实验表明,DC-TEAD3in03与TEAD3的共价结合抑制了斑马鱼的生长,并证实TEAD3与发育功能有关。本部分的工作,我们基于化合物的筛选发现TEAD1和TEAD3双靶点抑制剂,并以此为起点针对TEADs家族晶体结构的分析与比较,应用药物化学优化发现了选择性TEAD3的共价小分子抑制剂,在细胞内也可以实现对TEAD3选择性的转录活性抑制。以斑马鱼为模型将TEAD1和TEAD3双靶点抑制剂作为对照,研究其对发育的影响,发现的抑制TEAD1/3可以抑制影响斑马鱼整体的生长速率,TEAD3抑制剂特定的影响其尾鳍的生长速率。证明了TEAD3生物发育方面的重要性,也揭示了TEADs家族不同成员调控的基因的差异,对TEADs其他家族成员选择性抑制剂的开发和不同转录因子的具体生理病理功能提供了化学探针。本论文最后的部分内容主要涉及到组蛋白乙酰化识别因子BET家族BD2选择性抑制剂作用机制的研究。组蛋白赖氨酸乙酰化识别因子Bromodomain是非常重要的癌症治疗靶标,其中以BET家族为代表,主要包括BRD2,BRD3,BRD4和BRDT为家族成员。BET家族的蛋白包含了BD1和BD2两个Bromodomain结构域。近年来,选择性抑制BET BD2成为一种很有前途的药物发现策略。尽管在这一领域取得了重大进展,但对配体—蛋白复合物结构、基因表达改变的差异以及选择性BET BD2抑制剂体内具体发挥作用的机制研究仍然很少。我们建立了AlphaScreen方法来检测和验证抑制剂的活性和选择性倍数。通过化合物与BD1和BD2高分辨率共晶体结构阐明其具体的结合模式,为BET家族BD2选择性提供了坚实的结构基础。非常值得关注的我们也第一次确定了外环芳香胺类化合物是一类新型的选择性抑制BET BD2的骨架,这为改造合成新BET BD2选择性抑制剂提供了思路。此外小鼠肿瘤模型中显示,BY27显示出67%的肿瘤生长抑制作用,与目前处于Ⅱ期临床试验中的pan BET抑制剂Ⅰ-BET762相当,它在高剂量下对小鼠的毒性更小。这些结果表明靶向选择性BET BD2抑制剂的开发具有极佳的体内抗肿瘤活性和安全性。
李姣[3]（2021）在《BRD4天然抑制剂3’，4’，7, 8-Tetrahydroxyflavone的发现及其抑制急性髓系白血病的机制研究》文中进行了进一步梳理近年来,随着基因测序与蛋白结构解析技术的不断提高,针对恶性肿瘤的相关研究取得了不少进展。大量研究表明恶性肿瘤发病过程中极其复杂的生物学行为运用单纯的中心法则已经无法解释清楚,而表观遗传学的发展使得对恶性肿瘤发病机制的认识更加深刻。表观遗传（epigenetic inheritance）是指在不改变遗传物质DNA序列的情况下改变遗传性状的可遗传变化。目前表观遗传主要是通过对组蛋白翻译后修饰、DNA修饰和非编码RNA的调控等方式进行。近年来随着对癌症发展过程中关键表观事件的研究不断深入,新的表观遗传学关键靶点不断被发现,设计研发针对这些靶点的新一代药物是表观靶向治疗学的主要策略和方向。溴结构域识别蛋白4（Bromodomain-containing protein 4,BRD4）是溴结构域超末端蛋白（Bromodomain and extra terminal protein,BET）众家族成员中研究最为广泛的一员,它可以通过两个结构域（BD1和BD2）识别并结合组蛋白氮端尾部的乙酰化赖氨酸残基,参与表观遗传组蛋白翻译后修饰乙酰化信号的传递,调控下游基因转录。当BD1和/或BD2被抑制时会导致不同的表型,说明两个结构域具有不同的生物学功能。目前为止,虽然已有部分BRD4抑制剂进入了临床研究阶段,但相似的结构骨架可能为该类靶向抑制剂将来的临床应用带来潜在的耐药性风险,因此发现全新结构骨架的BRD4抑制剂仍具有重大意义。而天然化合物作为大自然进化产生的“天然分子库”,具有多样的化学骨架、广泛的生物活性、丰富的资源等优点,长期以来都是人类药物的重要来源。因此,本文基于BRD4蛋白重要的生物学功能带来的科学问题,充分发挥天然化合物自身优势,从筛选结构新颖的天然抑制剂、探索苗头化合物的生物活性及作用机制等角度着手,进行BRD4天然抑制剂的研究。本论文主要包含了以下几个方面的工作:1.利用AlpHaScreen assay从天然黄酮类化合物中筛选了 一个全新结构骨架的BRD4天然抑制剂-3’,4’,7,8-Tetrahydroxyflavone（以下简写 3478）,并结合 Counter assay 分析3478分别对BD1及BD2的亲和作用。结果表明3478对BRD4具有较好亲和活性,而其他结构相似的天然黄酮类化合物及衍生物无明显活性,这说明3478自身特异的结构骨架对BRD4的亲和作用具有非常重要的意义,这种亲和作用并非黄酮类化合物普遍存在的性能。同时,3478对BD2的亲和活性（IC50=204nM）约是对BD1（IC50=17.9μM）的100倍,具有BRD4-BD2选择性;2.选用急性骨髓性白血病细胞MV4-11作为研究对象,观察3478在体外对MV4-11细胞增殖、凋亡、原癌基因c-Myc及BRD4表达等的影响,探索3478的生物活性及可能的分子调控机制。结果显示3478可以抑制MV4-11细胞增殖、促进MV4-11细胞凋亡,同时可以下调原癌基因c-Myc mRNA水平以及c-Myc表达;3.构建急性骨髓性白血病小鼠模型,研究3478在体内对干预白血病细胞皮下移植瘤组织生长的作用及潜在的分子调控机制,为天然化合物3478可能干预急性骨髓性白血病提供客观的实验依据。结果发现3478在不影响小鼠体重及脏器指数的情况下可以减缓皮下移植瘤组织体积及重量的增长,同时也可以下调原癌基因c-Myc mRNA水平,降低细胞核和细胞质中c-Myc的表达;4.利用蛋白质晶体学的技术手段,通过解析3478分别与BD1及BD2的复合物结构、分析他们在结合模式、结合特点等方面的差异,解释3478对BRD4亲和活性及潜在选择性背后的分子机制。本研究中解析了 3478分别与BD1和BD2 1.3 A和1.73 A的高分辨率复合物晶体结构,发现3478与BD1和BD2的结合方式非常相似,与BD1 N140及BD2的N433均形成氢键,且通过水分子与BD1 Y97位及BD2的Y390均形成氢键,同时化合物的7-羟基与BD1 P82及BD2 P375均形成氢键,这3个氢键分别将化合物骨架环紧紧固定在 BD1 及 BD2 口袋内。另外,BD1 的 V87、1146、194 及 BD2 的 V380、V439、L387 与3478均形成较强的疏水相互作用。这些结合特点从分子水平阐明了 3478对BD1及BD2均具有亲和活性的机理。此外,在BD1-3478复合物晶体中,化合物的苯基电子密度较弱,表明该苯基与BD1相互作用较弱,相比之下,其密度在BD2中明显较好,表明3478在BD2中具有更稳定的构象且相互作用更强。并且BD2 N433附近的水分子与3478形成一个额外的氢键,同时H437的NH指向化合物苯环上的两个碳原子,可能会形成疏水作用,而在BD1中的对应位置为D144,其侧链距离化合物太远,无法建立有效的相互作用。近来研究也发现BD2 H437是设计BD2选择性抑制剂的重要氨基酸位点,这些结构特点揭示了 3478对BRD4-BD2的活性明显高于BRD4-BD1的分子机理。3478的化学骨架及其与BRD4溴域的结合模式,与迄今为止报道过的BRD4抑制剂截然不同。鉴于3478对BRD4不同结构域均具有较好的亲和活性,化学骨架及与BRD4活性口袋的的结合模式均较新颖,对BD2具有一定的选择性,且分子量也较小（MW:286.24）,还有较大的结构改造和结构优化的空间等优点,该化合物值得作为BRD4先导化合物进行进一步探索,以启发癌症及其他BRD4相关疾病的药物研发。
喻笛[4]（2020）在《BRD4-NUT调控基因转录和上皮-间质转化机制的研究》文中研究表明研究背景:NUT癌（NUT Carcinoma）是一种组织起源不明的罕见的恶性肿瘤,多发于青少年中线器官,因此又被称为NUT中线癌（NUT Midline Carcinoma,NMC）。在NMC细胞中,NUT基因发生染色质易位,与BRD4基因编码区融合,翻译出新的融合蛋白BRD4-NUT。BRD4-NUT蛋白通过BRD4部分的串联双溴域（tandem bromodomains）识别组蛋白尾端的乙酰化赖氨酸,而NUT部分能够结合乙酰基化转移酶p300,并招募p300蛋白到染色质上,激活p300蛋白的乙酰基转移酶活性。因此,BRD4-NUT蛋白能招募并激活p300蛋白催化活性,使染色质发生超乙酰化,改变染色质结构,激活癌基因表达,促进癌细胞增殖、去分化和永生化。NMC是一类极难治疗的鳞状细胞癌,其侵袭能力极强,通常在确诊时癌细胞已发生大范围转移,平均生存期仅为6.7个月。目前针对NMC的治疗方法较少,传统的手术或放化疗预后效果较差,因此靶向治疗成为了新的研究重点。BET（Bromodomain and Extra-terminal）家族蛋白抑制剂能够抑制BRD4-NUT蛋白串联溴域（Br D）与染色质之间的结合,被应用于NMC靶向治疗的临床实验。但是,初步临床实验结果显示,BET抑制剂仅对20%的患者有敏感疗效,患者长时间使用后还会产生耐药反应。由于BET抑制剂对所有BET蛋白家族的蛋白均有抑制效果,所以BET抑制剂选择性较差,毒性较高,患者在使用时会出现多种并发症。因此科学家需要研发选择性更高的BET抑制剂,或者开发靶标NMC的新位点的创新型替代治疗方法。p300蛋白是一个包含多个功能结构域的大蛋白。BRD4-NUT蛋白通过NUT部分能与p300蛋白相互作用,导致p300蛋白乙酰基转移酶活性的异常增强。在NMC细胞中敲低BRD4-NUT蛋白水平,可以减低p300蛋白的催化活性,抑制肿瘤细胞增殖。因此,抑制p300蛋白与BRD4-NUT蛋白结合,或可成为降低p300蛋白酶活性,治疗NMC新的研究思路。目前,已用于临床实验的p300蛋白抑制剂主要针对其具有乙酰基转移酶活性的催化结构域HAT（Histone Acetyl-transferase）为靶点而设计。数据显示,p300-HAT结构域抑制剂可有效抑制多种癌细胞的增殖,但由于p300蛋白的HAT结构域是染色质组蛋白赖氨酸乙酰化关键催化酶,对正常细胞生长发育具有重要作用,完全抑制p300-HAT活性可能会影响正常细胞的生长发育。因此,探索BRD4-NUT激活p300蛋白酶活性的结构机制,解析p300蛋白其他结构域的调控机理,可为研发新型p300蛋白抑制剂提供理论依据。液-液相分离（Liquid-Liquid Phase Separation,LLPS）是指两种液体不溶于一种均一液相中,产生了不同的相-相分离的现象。细胞中某些蛋白质或核酸等生物大分子间可通过多价相互作用,局部浓缩,使得原本均一存在于细胞中的大分子突破溶解度阈值,进而产生新相并分离,呈现出液-液相分离的特征。生物大分子的液-液相分离与许多生物功能密切相关,如压力应激反应、DNA损伤修复、基因转录调控等,是近年来快速发展的研究新领域。液-液相分离通常发生于具有多价相互作用的分子中,这类分子包括:（1）具有多个分子间相互作用结构域的蛋白;（2）包含能提供多种弱相互作用的固有无序区间（Intrinsic Disordered Region,IDR）的蛋白。由于BRD4-NUT蛋白的NUT部分含有大量固有无序区域,因此我们设想,BRD4-NUT蛋白在细胞中通过NUT部分的LLPS的方式富集,并凝聚多种相关的转录因子,共同发挥生物学功能。上皮-间充质转化（Epithelial-Mesenchymal Transition,EMT）是指上皮细胞在形态学上发生变化,向间充质细胞表型转变并获得迁移能力的过程。EMT是一种对胚胎发育、伤口愈合以及肿瘤转移有着重要作用的细胞程序。正常情况下,EMT途径受到如SNAIL,TWIST等EMT转录因子（EMT transcriptional factor,EMT-TF）的精准调控。但受多种因素影响,癌细胞中EMT-TF常处于异常活化或异常表达的状态,促进癌细胞转移。ALX1蛋白是ALX蛋白家族的一员,它能够介导脊椎动物间质源性细胞的生存和发育,其突变将阻止额鼻和上颌的融合。近期研究发现,ALX1蛋白可上调SNAIL蛋白表达,进而促进卵巢癌、肺癌、黑色素瘤等多种癌症细胞侵袭和转移。据报道,与正常细胞相比,ALX1蛋白在NMC细胞中表达水平过高,但具体功能未知。我们分析,NMC细胞中ALX1蛋白高表达可能是导致EMT途径异常活化,促进NMC细胞转移的关键。研究目的:探究BRD4-NUT蛋白与p300蛋白相互作用的结构机制,以及BRD4-NUT蛋白通过液-液相分离调控基因表达促进细胞侵袭的分子机制,为NUT中线癌的治疗提供新的治疗靶点。研究方法:结构上,通过表达纯化不同NUT蛋白截短体,利用GST pulldown和NMR HSQC实验确认NUT蛋白质结合p300-TAZ2结构域的关键序列;通过多维核磁共振技术解析NUT与p300-TAZ2复合物的高精度液体结构;机制上,在体外,纯化带有EGFP蛋白标签的NUT蛋白质EGFP-NUT以及带有Cherry蛋白标签的p300-TAZ2蛋白质Cherry-TAZ2,利用激光共聚焦显微镜研究NUT蛋白质LLPS性质;通过体外乙酰化实验检测NUT与p300相互作用对p300乙酰基转移酶活性的影响;在细胞内,借助FRAP等实验确认EGFP-BRD4-NUT蛋白在细胞内是否以液-液相分离形式凝集,并用免疫荧光实验（IF）分析EGFP-BRD4-NUT凝聚物的组成成分;构建NUT关键结合序列删除的EGFP-BRD4-NUT突变体（EGFP-BRD4-NUT-F1c）,研究NUT/p300相互作用对p300蛋白酶活性以及基因转录的影响;最后,利用荧光定量PCR、免疫印迹以及染色质免疫共沉淀技术探究BRD4-NUT蛋白促进细胞上皮-间充质转化作用机制。研究结果:（1）NUT蛋白包含两个p300-TAZ2结构域结合基序;（2）x Px xx基序在结合p300-TAZ2结构域后,可折叠为α螺旋结构,是p300-TAZ2结构域识别的关键基序之一;（P代表Pro,为疏水氨基酸,x为任意氨基酸）;（3）NUT蛋白质可在体外以LLPS的液滴形式存在,与p300-TAZ2结合可促进NUT/TAZ2复合蛋白的LLPS的液滴的形成;（4）在细胞核内的染色质上,BRD4-NUT通过富集转录机器相关的蛋白质复合物,形成液态相分离的核斑点,参与调控基因表达;（5）BRD4-NUT结合在ALX1基因启动子位点上,促进ALX1基因表达,从而介导上皮-间充质转化发生。
杨林瑞,张风河[5]（2020）在《溴结构域蛋白4在转录调节与肿瘤形成中的作用及其抑制剂的研究进展》文中提出溴结构域蛋白4（BRD4）作为溴域及超末端结构家族中的一员,通过调节细胞基因转录调节细胞周期,在正常细胞以及肿瘤细胞的生理活动中扮演着重要角色。作为一种转录和表观遗传调控因子,BRD4基因的过度表达以及基因重排和基因突变常与多种疾病、尤其是恶性肿瘤的发生有关。笔者对BRD4及其抑制剂在转录调节中的功能及其与肿瘤细胞的相互作用进行综述与分析,从而为相应的临床治疗提供新的思路。
韩华静[6]（2020）在《三磷酸腺苷酶家族蛋白2对人类肿瘤的预后影响 ——Meta分析》文中提出目的:三磷酸腺苷酶家族蛋白2（ATPase family,AAA+domain containing protein 2,ATAD2）是AAA+ATP酶家族（ATPases associated with various cellular activities）的成员,在基因数据库中也被称为AAA+核协同调节癌相关蛋白（AAA+nuclear coregulator cancer-associated protein,ANCCA）或PRO2000。ATAD2已被报道为不同类型肿瘤的预后因子,但ATAD2高表达与肿瘤患者生存期之间的关系仍不清楚。因此,我们以现有的研究报告为基础进行这一领域的Meta分析,以系统地评估ATAD2表达对人类肿瘤的预后影响。方法:所有纳入的研究均通过检索PubMed、EMBASE以及Cochrane Library电子数据库获得,通过95%置信区间（confidence interval,CI）和风险比（hazard ratio,HR）来评估总体生存期、无复发生存期等临床结果。结果:包括2689例患者在内的13项研究符合分析条件。合并结果显示,ATAD2过表达与肿瘤患者较短的总体生存期（overall survival,OS）显着相关（HR=2.32,95%CI=1.77-3.02）,与不良的无复发生存期（Recurrence-Free Survival,RFS）、无病生存期（Disease-Free Survival,DFS）以及疾病特异性生存期（Disease-Specific Survival,DSS）显着相关（HR=1.83,95%CI=1.51-2.23）。我们针对总体生存期进行了地域差异、肿瘤类型和样本量大小的亚组分析,分析结果与总体汇总结果一致。Begg’s检验和Egger’s检验显示针对总体生存期的合并结果存在发表偏倚。敏感性分析表明,剔除所纳入研究中的任何一项研究这两个结果均不受影响。结论:ATAD2可能作为不同类型肿瘤患者的预后生物标志物,为临床治疗提供指导。但这一结论仍需要更多前瞻性的临床研究来支持。
任珍珍[7]（2020）在《ATAD2在食管鳞状细胞癌中的表达及其在食管癌发生发展中的作用的研究》文中指出食道癌是全世界最恶性肿瘤之一,是世界上第六大癌症相关死亡原因,在中国居第三位。食管癌主要包括食管腺癌和食管鳞癌两种主要亚型。我国是食管癌的高发国家,其主要病理类型为食管鳞癌,约占所有食管癌的90%。随着近年来医学的迅速发展,针对食管癌的手术治疗、化疗、放疗等技术取得了一定进展,但由于食管癌病程进展快、转移范围广,其5年生存率仍处于较低水平。三磷酸腺苷酶家族蛋白2（ATPasefamily AAA domaincontaining 2,ATAD2）,也被称为AAA+核协同调节癌相关蛋白（AAA+nuclear co-regulatory cancer-related protein,ANCCA）或PRO2000,是AAA+蛋白家族的成员之一。ATAD2蛋白包含一个溴域和一个ATP酶域。ATAD2的编码基因位于染色体8q24.13,这是一个在癌症中经常被放大的区域。与此一致的是,ATAD2被发现在多种癌症类型中显着过表达,如乳腺癌、肺癌、前列腺癌和肝癌等。相关研究表明,ATAD2作为辅助调节因子,参与包括C-MYC、RB-E2F、EZH2等多个基因介导的转录调控,从而调节多种细胞活动,在肿瘤发生中发挥重要作用。目的探究ATAD2在食管鳞状上皮细胞癌组织中的表达情况,通过结合患者临床病理资料,统计分析ATAD2表达水平与临床病理学特征之间的关联。初步探究ATAD2对ESCC细胞生物学功能的影响,为食管鳞癌的早期诊断和治疗提供新的思路,也为进一步探究ATAD2在食管鳞癌中的作用机制提供实验基础。方法1.免疫组织化学方法检测食管鳞癌患者组织中ATAD2的定位及表达情况通过免疫组织化学方法检测120例食管标本中ATAD2蛋白的表达水平,其中包括60例食管鳞癌组织、30例食管癌旁组织和30例食管不典型增生组织。2.分析ESCC组织中ATAD2的表达情况与患者病理特征的关联结合患者的临床病理资料,统计标本中ATAD2表达水平与患者的临床病理学特征的关联性,为探究ATAD2的表达与食管鳞癌的发生发展的关系提供基础。3.初步探究ATAD2的表达对ESCC细胞生物学功能的影响（1）利用针对ATAD2基因构建的小干扰RNA（siRNA）抑制ESCC细胞系中ATAD2的表达,为防止脱靶效应的出现,构建两个siRNA并转染ESCC细胞,其转染效果通过Western Blot判定。（2）CCK-8检测细胞增殖能力统计分析敲低ATAD2基因表达后ESCC细胞系的增殖能力的变化,评估敲低ATAD2对食管癌细胞增殖能力的影响。（3）Transwell实验检测ESCC细胞迁移和侵袭能力统计分析ATAD2基因表达受到抑制后ESCC细胞迁移和侵袭能力的变化,评估敲低ATAD2对食管癌细胞迁移和侵袭能力的影响。（4）凋亡实验及流式细胞术siRNA转染ESCC细胞系后,通过流式细胞术检测转染前后凋亡细胞数量变化,评估抑制ATAD2表达对食管鳞癌细胞凋亡能力的影响。结果1.ATAD2在ESCC患者组织中的表达水平显着高于癌旁组织和非典型增生食管组织（P<0.05）,且ATAD2在癌旁组织、非典型增生食管组织和食管鳞癌组织中的表达率呈逐渐递增的趋势（P<0.05）,ATAD2的高表达与ESCC的分化程度和远处淋巴结转移状态相关（P<0.05）。2.在ESCC细胞系EC109和KYSE30细胞中敲减ATAD2的表达后,显着抑制了 ESCC细胞的增殖能力（P<0.05）,同时其迁移和侵袭能力也显着下降（P<0.05）,此外,ATAD2表达受到抑制后,促进了 ESCC细胞的凋亡（P<0.05）。结论1.ATAD2在食管鳞癌组织中表达升高,并与食管鳞癌的分化程度和淋巴结转移具有明显相关性。2.抑制ATAD2蛋白的表达后,ESCC细胞的增殖能力下降,迁移和侵袭能力减弱,并促进ESCC细胞的凋亡,为食管鳞癌的治疗提供新的思路。
韩欣冶[8]（2020）在《BRD4短亚型蛋白质液-液相分离激活基因转录机制的体外研究》文中认为BRD4蛋白是BET蛋白家族最重要的成员,在调控基因转录、DNA复制与修复、细胞周期等过程中发挥关键作用,与多种癌症的发生发展密切相关,包括急性髓系白血病、多发性骨髓瘤、伯基特淋巴瘤、NUT中线癌、结肠癌和乳腺癌等。作为转录调控因子的一员,BRD4也对保持染色质高度有序的结构具有重要作用,介导多种转录相关因子在基因增强子上的招募,从而促进转录激活。由于m RNA成熟过程中的可变剪接,BRD4蛋白存在两个亚型,长亚型（BRD4L）和短亚型（BRD4S）。BRD4S（氨基酸1-722）包含了BRD4L的N端区域的719个氨基酸,和C端的三个与BRD4L不同的氨基酸,GPA。目前,对于BRD4L长亚型蛋白的研究较多,而对于BRD4短亚型的功能还知之甚少。液-液相分离（LLPS）是指两种液体不溶于一种均一液相中,产生了不同的相-相分离的现象。当溶液中的生物大分子例如蛋白质或者核酸经历液-液相分离时,它们会聚集在一个密集的类似液滴相中,与此同时也形成一个稀疏的相。越来越多的研究表明,液-液相分离是细胞内形成无膜隔间的机制。液-液相分离在生物体内普遍存在,在染色质结构、基因转录调控、翻译、表观遗传调控等方面发挥重要作用,与生物体正常生理功能的运转及疾病相关的发生与发展均具有紧密的联系。液-液相分离通常在具有多价相互作用的分子中,也就是说具有多个发生分子间或分子内相互作用的元件的分子。这些分子包括:1,包含多种具有分子相互作用元件结构域的蛋白;2,包含能够提供多种弱相互作用的固有无序区域的蛋白。液-液相分离可以通过有三维结构的结构域和固有无序区域介导发生,BRD4S蛋白含有两个溴结构域,一个ET结构域,其余含有大量固有无序区域,因此我们认为BRD4S蛋白质在体内能以液-液相分离的形式聚集在一起发挥生物功能。BRD4蛋白仅以微弱的亲和力与乙酰化染色质结合,却能保持其在染色质上稳定结合的状态,因此我们推断还有其他相互作用的存在,增强了BRD4蛋白与染色质的亲和力。文献报道,BRDT通过同时与DNA及乙酰化的组蛋白结合来增强其与核小体结合的亲和力和特异性。因此,BRD4S可能通过与DNA和乙酰化组蛋白发生双共价结合,增强其与染色质的亲和力,并通过液-液相分离的机制,招募转录机器相关因子,从而促进BRD4S行使其转录共作用因子的功能。本文通过对BRD4短亚型蛋白质在体外条件下液-液相分离及基因转录调控功能的研究,得出以下结论:1.BRD4S蛋白质能够在体外条件下发生液-液相分离现象,BRD4S通过LLPS形成的液滴对盐浓度敏感,具有动态性和可逆转性,显示了BRD4S液滴的液态特性。不同截短体蛋白质LLPS的数据表明,BRD4S序列中的固有无序区域与溴结构域共同介导LLPS的形成;2.BRD4S能够与双链DNA相互作用。其中赖氨酸富集区域BID是BRD4S与双链DNA作用的关键区域。同时,双链DNA能够通过与BRDS相互作用,增强BRD4S形成的液-液相分离;3.磷酸化p-BRD4S导致蛋白质分子表面电荷的分布变化,使蛋白质分子结构重组,从而抑制了其在体外条件下形成液-液相分离及与双链DNA相互作用的能力;4.BRD4S蛋白质可以在He La细胞核提取物中形成LLPS,BRD4S通过与DNA及乙酰化组蛋白的双共价结合,以及液-液相分离的机制,招募转录机器相关蛋白至包括RNA Pol Ⅱ（S2P和S5P Pol Ⅱ）、BRD4L、Med1、CDK9等聚集在转录位点,从而增强DNA模板的转录活性。综上所述,本文揭示了BRD4S通过液-液相分离,招募转录机器并调控基因转录的新机制,为转录共作用因子如何实现基因转录调控提供了新的思路。
田佳明[9]（2020）在《JQ1对日本血吸虫生殖系统抑制作用及机制的初步研究》文中研究说明目的血吸虫虫卵是血吸虫病的致病因子,抑制血吸虫生殖系统的发育是减少虫卵的产出的有效措施。小分子化合物JQ1是BET蛋白家族的抑制剂。然而,JQ1在日本血吸虫生殖系统发育中的作用知之甚少。我们主要研究JQ1在日本血吸虫生殖系统中的作用及其对产卵的影响,并初步探讨JQ1抑制其生殖系统的机制。方法日本血吸虫感染昆明鼠4周后取虫,用5μM、10μM和15μM的JQ1培养日本血吸虫10天,收集血吸虫虫体与虫卵;激光共聚焦显微镜观察日本血吸虫生殖系统的形态学变化;Ed U法检测JQ1处理后的日本血吸虫雌、雄生殖细胞增殖;计数虫卵;吖啶橙染色观察虫卵活性;q PCR方法检测日本血吸虫生殖相关基因Sj Plk1、Sj Nanos1和Sj Brd2的表达。使用日本血吸虫尾蚴感染C57/BL6小鼠,18±2条/只,每组8只,感染4周后,治疗组小鼠每天腹腔注射JQ1（50 mg/kg/d）,对照组小鼠每天腹腔注射10%β-环糊精,连续15天;比较溶剂对照组和JQ1治疗组小鼠的肝脏,用HE法观察肉芽肿大小,并对肝内虫卵数量计数、观察虫卵形态的变化,同时测定血清转氨酶含量,并使用激光共聚焦显微镜观察血吸虫生殖系统改变以及生殖细胞增殖情况。结果体外实验证实,JQ1处理组血吸虫活力与虫体合抱的对数无明显差异（P>0.05）,但产出的虫卵数明显减少;吖啶橙染色观察JQ1处理组虫卵的活性明显下降;Ed U标记观察发现JQ1处理组虫体内增殖的细胞量随剂量的增加而减少,其中雄虫的睾丸与雌虫的卵巢和卵黄腺的变化最为明显;激光共聚焦显微镜观察,JQ1处理组雌虫卵巢间的空隙增宽,雄虫睾丸间也出现褶皱与空隙,储精囊内精子数量减少。同时,我们检测了血吸虫生殖相关基因Sj Plk1、Sj Nanos1以及Sj Brd2的表达,发现在JQ1处理组中这些基因的表达均呈下降的趋势。我们使用JQ1治疗感染日本血吸虫尾蚴的C57/BL6小鼠。JQ1治疗组肝脏表面白色的肉芽肿结节斑点明显减少,肝脏重量下降。JQ1治疗组消化所取肝脏组织计数,发现肝卵量下降,但对血吸虫成虫数量和合抱率没有影响。HE染色发现JQ1治疗组的肝脏肉芽肿面积明显降低（P<0.05）。JQ1治疗组小鼠血清中的ALT的活性明显下降（P<0.05）。结论通过体外实验,我们证实使用JQ1可以抑制日本血吸虫产卵与雌、雄虫生殖细胞增殖,导致生殖系统结构发生改变,同时下调基因Sj Plk1、Sj Nanos1以及Sj Brd2的表达;通过体内实验,我们证实JQ1治疗抑制了虫卵诱发的肝脏肉芽肿。因此,我们发现JQ1可以抑制日本血吸虫生殖系统的发育,影响虫卵的产生,为进一步研究针对血吸虫生殖系统的特异性抑制剂研发奠定基础。
宋帅帅[10]（2020）在《吉西他滨调节BRD4对膀胱癌T24细胞功能影响的初步研究》文中进行了进一步梳理目的:探索BRD4在膀胱癌中的表达量及其对膀胱癌细胞系T24的周期、凋亡、增殖影响;并进一步研究吉西他滨是否能干扰BRD4的表达进而影响T24的周期、凋亡、增殖。方法:通过实时定量PCR（RT-PCR）、western blot和免疫组化检测BRD4基因和蛋白的表达量;流式细胞术测膀胱癌细胞系T24细胞周期、凋亡的变化,CCK-8、平板克隆和EdU检测细胞增殖。结果:与正常膀胱组织相比,在膀胱癌组织中BRD4基因和蛋白表达量普遍上调（p<0.05）;与正常尿路上皮永生化细胞SV-HUC-1相比,BRD4基因和蛋白在膀胱癌细胞系T24中呈高表达（p<0.05）;通过免疫组化发现BRD4在膀胱癌组织中多数呈上调趋势。敲低BRD4在T24细胞中的表达可使细胞周期阻滞于G0/G1期,细胞凋亡率增加,细胞增殖受到抑制。吉西他滨可使T24细胞中BRD4基因和蛋白表达量下调（p<0.05）,并使T24细胞凋亡率增加,增殖明显受到抑制,细胞周期向G0/G1期阻滞。结论:BRD4在膀胱癌中高表达;敲低BRD4可影响T24细胞周期、凋亡和增殖。吉西他滨可影响细胞周期、凋亡以及增殖的变化可能与干扰BRD4表达有关。
二、Bromodomain（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Bromodomain（论文提纲范文）
（1）BPTF在肿瘤发生发展中的功能及相关分子机制研究（论文提纲范文）
| 1 BPTF发挥作用的结构基础 |
| 2 BPTF在肿瘤发生发展中的功能 |
| 2.1 BPTF对肿瘤细胞增殖的影响 |
| 2.2 BPTF对肿瘤细胞转移的影响 |
| 2.3 BPTF对肿瘤细胞干性维持的影响 |
| 2.4 BPTF对抗肿瘤免疫的影响 |
| 3 BPTF影响肿瘤进程的相关分子机制 |
| 3.1 BPTF通过染色质重塑过程,影响DNA可及性 |
| 3.2 BPTF作为转录因子发挥作用 |
| 3.3 BPTF通过与其他蛋白分子互作发挥作用 |
| 3.4 BPTF自身表达调控机制 |
| 3.5 Circ-BPTF发挥作用的分子机制 |
| 4 BPTF小分子抑制剂的开发与应用研究 |
| 5 总结与展望 |
（2）靶向调控相关转录蛋白的先导化合物的发现及作用机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 转录调控的概述 |
| 1.2 Hippo信号通路 |
| 1.2.1 Hippo信号通路的组成 |
| 1.2.2 Hippo信号通路的生理功能 |
| 1.2.3 Hippo信号通路与癌症 |
| 1.3 组蛋白乙酰化修饰 |
| 1.3.1 组蛋白乙酰化转移酶 |
| 1.3.2 组蛋白去乙酰化转移酶 |
| 1.3.3 组蛋白乙酰化识别因子 |
| 1.3.4 组蛋白乙酰化修饰与癌症 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 基于TEAD4-YAP相互作用的Alpha Screen高通量筛选体系建立及先导化合物发现及验证 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.1.1 转录因子TEADs |
| 2.1.2 TEAD-YAP与肿瘤的关系 |
| 2.1.3 TEAD-YAP抑制剂研究进展 |
| 2.1.4 高通量筛选与化合物 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 实验试剂 |
| 2.2.2 TEAD4蛋白的载体构建 |
| 2.2.3 引物设计 |
| 2.2.4 PCR扩增目的基因 |
| 2.2.5 重组质粒的构建 |
| 2.2.6 重组质粒的扩增与鉴定 |
| 2.2.7 重组质粒的鉴定 |
| 2.2.8 TEAD4-YBD的表达及目的蛋白纯化 |
| 2.2.9 互作蛋白YAP多肽片段合成 |
| 2.2.10 不同缓冲液的pH环境对蛋白质自身热稳定性的影响 |
| 2.2.11 建立基于Alpha Screen技术的TEAD-YAP互作实验 |
| 2.2.12 Alpha Screen实验方法的建立及优化 |
| 2.2.13 Z-factor的测定 |
| 2.2.14 高通量化合物筛选 |
| 2.2.15 表面等离子共振实验 |
| 2.2.16 对接实验 |
| 2.2.17 荧光素酶报告基因实验 |
| 2.2.18 荧光定量PCR实验 |
| 2.2.19 细胞增殖实验 |
| 2.2.20 细胞凋亡实验 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 TEAD4蛋白的表达、纯化 |
| 2.3.2 TEAD4-YAP Alpha Screen实验方法的建立与优化 |
| 2.3.3 不同浓度DMSO对反应稳定性的影响 |
| 2.3.4 不同DMSO浓度对高通量实验的稳定性影响 |
| 2.3.5 高通量筛选结果 |
| 2.3.6 表面等离子体共振 |
| 2.3.7 DCTEAD06和TEAD4的结合模式分析 |
| 2.3.8 DCTEAD06抑制TEAD转录活性 |
| 2.3.9 DCTEAD06对下游靶基因的影响 |
| 2.3.10 DCTEAD06抑制结肠癌细胞增殖、凋亡 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 TEADs棕榈酰化位点共价化合物的发现与验证 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.1.1 TEADs家族 |
| 3.1.2 TEAD蛋白结构研究 |
| 3.1.3 TEAD棕榈酰化 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 TEADs家族蛋白的的表达与纯化 |
| 3.2.2 半胱氨酸选择性分析 |
| 3.2.3 化学合成 |
| 3.2.4 利用“Click反应”棕榈酰化体外酶活实验 |
| 3.2.5 质谱 |
| 3.2.6 蛋白热迁移实验 |
| 3.2.7 共价对接 |
| 3.2.8 报告基因实验 |
| 3.2.9 细胞内蛋白热迁移实验 |
| 3.2.10 斑马鱼相关实验 |
| 3.2.11 化合物库 |
| 3.2.12 材料与试剂 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 TEADs棕榈酰化共价化合物库的筛选 |
| 3.3.2 化学生物学初步确证 |
| 3.3.3 结合模式 |
| 3.3.4 DC-TEADin1072细胞实验验证 |
| 3.3.5 报告基因实验 |
| 3.3.6 斑马鱼发育实验 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 TEAD3选择性共价化合物的发现与验证 |
| 4.1 研究背景 |
| 4.1.1 TEAD1-4蛋白与肿瘤的关系 |
| 4.1.2 TEADs棕榈酰化口袋现有抑制剂的发展 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 TEADs家族蛋白的的表达与纯化 |
| 4.2.2 半胱氨酸选择性分析 |
| 4.2.3 基于“点击化学”原理的棕榈酰化体外酶活实验 |
| 4.2.4 蛋白热迁移实验 |
| 4.2.5 质谱 |
| 4.2.6 共价对接 |
| 4.2.7 化学合成 |
| 4.2.8 报告基因实验 |
| 4.2.9 细胞内蛋白热迁移实验 |
| 4.2.10 斑马鱼相关实验 |
| 4.2.11 晶体培养与生长 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 TEADs棕榈酰化口袋保守性分析 |
| 4.3.2 药物化学改造 |
| 4.3.3 DC-TEAD3in03细胞实验验证 |
| 4.3.4 报告基因实验 |
| 4.3.5 斑马鱼发育实验 |
| 4.3.6 TEADs晶体结构解析 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 靶向BET家族BD2选择性化合物验证 |
| 5.1 研究背景 |
| 5.1.1 BET蛋白的结构 |
| 5.1.2 BET家族蛋白与癌症 |
| 5.1.3 BET家族小分子抑制剂的发展 |
| 5.2 研究方法 |
| 5.2.1 BRD4-BD1蛋白的表达和纯化 |
| 5.2.2 BRD4 BD1蛋白结晶样品的准备 |
| 5.2.3 BRD4-BD1蛋白与小分子抑制剂复合物的晶体 |
| 5.2.4 BRD4-BD2的蛋白纯化及晶体条件的筛选 |
| 5.2.5 Alpha Screen活性平台的建立 |
| 5.2.6 蛋白热迁移验证实验的平台建立 |
| 5.2.7 BRD2的BD1和BD2的质粒的构建以及蛋白的纯化 |
| 5.2.8 通过文献总结BRD2-BD1和BD2以往的结晶条件进行重复 |
| 5.2.9 化学合成 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 Alpha Screen方法的建立 |
| 5.3.2 BET BD2选择性抑制剂BY27(CDJ152)体外活性 |
| 5.3.3 BET BD2选择性抑制剂BY27(CDJ152)的蛋白热迁移验证 |
| 5.3.4 BET BD2选择性抑制剂BY27(CDJ152)的晶体实验 |
| 5.3.5 BRD4 BD2选择性抑制剂ZB-BD-224的晶体研究 |
| 5.4 本章小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间取得的学术成果 |
| 致谢 |
（3）BRD4天然抑制剂3’，4’，7, 8-Tetrahydroxyflavone的发现及其抑制急性髓系白血病的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 表观遗传概述 |
| 1.3 组蛋白翻译后修饰 |
| 1.3.1 组蛋白乙酰化 |
| 1.3.2 组蛋白磷酸化 |
| 1.3.3 组蛋白甲基化 |
| 1.4 Bromodomains家族蛋白概述 |
| 1.5 研究BET亚家族及BRD4的意义 |
| 1.6 BET亚家族蛋白抑制剂研究进展 |
| 1.7 天然化合物的优势及开发 |
| 1.8 台湾相思及其活性成分3',4',7,8-Tetrahydroxyflavone的相关研究 |
| 1.9 急性髓系白血病在表观遗传方面的进展 |
| 1.10 本论文选题依据及研究内容 |
| 参考文献 |
| 第二章 BRD4天然抑制剂3478的发现 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验药物 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 AlphaScreen Assay |
| 2.3.2 AlphaScreen Counter Assay |
| 2.4 实验结果与分析 |
| 2.4.1 筛选出对BRD4-BD1具有较好活性的天然化合物3478 |
| 2.4.2 3478对BRD4-BD2具有一定的选择性 |
| 2.4.3 AlphaScreen Counter Assay验证筛选结果是可信的 |
| 2.5 小结 |
| 参考文献 |
| 第三章 3478体外对MV4-11细胞生长的作用及机制研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与仪器 |
| 3.2.1 实验药物及细胞株 |
| 3.2.2 实验耗材 |
| 3.2.3 实验试剂 |
| 3.2.4 实验仪器 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 细胞的培养 |
| 3.3.2 细胞增殖试验 |
| 3.3.3 细胞凋亡试验 |
| 3.3.4 Western blot检测MV4-11细胞中BRD4以及c-Myc的表达水平 |
| 3.3.5 数据处理分析 |
| 3.4 实验结果与分析 |
| 3.4.1 BRD4在MV4-11细胞中显着高表达 |
| 3.4.2 3478对MV4-11细胞生长的影响 |
| 3.4.3 3478对MV4-11细胞生长影响的分子机制研究 |
| 3.5 小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 3478体内抑制MV4-11皮下移植瘤的作用及其机制研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料与仪器 |
| 4.2.1 实验药物 |
| 4.2.2 实验细胞 |
| 4.2.3 实验动物 |
| 4.2.4 实验耗材、试剂及仪器 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 细胞的培养 |
| 4.3.2 人髓性单核细胞白血病细胞MV4-11裸小鼠移植瘤模型的建立 |
| 4.3.3 各实验组给药处理 |
| 4.3.4 Western blot检测瘤组织中BRD4蛋白以及肿瘤因子c-Myc的水平 |
| 4.3.5 免疫荧光检测瘤组织中c-Myc的表达 |
| 4.3.6 qRT-PCR检测瘤组织中c-Myc的mRNA水平 |
| 4.3.7 数据处理分析 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 各组小鼠生长状况观察 |
| 4.4.2 各组小鼠瘤组织生长状况观察 |
| 4.4.3 瘤组织取材及观察 |
| 4.4.4 3478对小鼠脏器指数的影响 |
| 4.4.5 实时荧光定量PCR法检测3478对瘤组织中c-Myc mRNA的影响 |
| 4.4.6 免疫荧光法检测3478对瘤组织中肿瘤标志物c-Myc的影响 |
| 4.4.7 Western Blot检测瘤组织中BRD4、c-Myc蛋白表达水平 |
| 4.5 小结 |
| 参考文献 |
| 第五章 3478与BRD4蛋白共晶结构的解析及其抑制机理研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验材料与仪器 |
| 5.2.1 质粒及菌株 |
| 5.2.2 化学试剂及耗材 |
| 5.2.3 试剂盒 |
| 5.2.4 实验仪器 |
| 5.2.5 常用溶液及配制方法 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 感受态细胞制备方法 |
| 5.3.2 质粒转化 |
| 5.3.3 蛋白表达 |
| 5.3.4 蛋白纯化及检测 |
| 5.3.5 蛋白质结晶 |
| 5.3.6 数据收集及结构解析与建模 |
| 5.4 实验结果与分析 |
| 5.4.1 蛋白质纯化结果 |
| 5.4.2 3478与BRD4-BD1及BD2复合物晶体 |
| 5.4.3 X-射线衍射复合物晶体结果 |
| 5.5 讨论 |
| 参考文献 |
| 总结与展望 |
| 附: 缩略语中英文对照表 |
| 附: 综述 中医药治疗白血病的研究进展 |
| 1 中医学对AML的认识 |
| 1.1 病因病机 |
| 1.2 治疗原则 |
| 1.3 辨证论治 |
| 2 中医药治疗AML |
| 2.1 自拟方治疗 |
| 2.2 中成药治疗 |
| 2.3 协定处方治疗 |
| 3 中医药治疗AML的机制研究 |
| 3.1 抑制白血病细胞增殖 |
| 3.2 诱导白血病细胞分化 |
| 3.3 诱导白血病细胞凋亡 |
| 3.4 提高机体免疫力、增效减毒 |
| 3.5 逆转白血病多药耐药 |
| 4 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 博士期间取得的学术成果 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（4）BRD4-NUT调控基因转录和上皮-间质转化机制的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 中英文缩略词对照表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 表观遗传学 |
| 1.1.2 NUT中线癌(NUT Midline Carcinoma,NMC)简介 |
| 1.1.3 乙酰基转移酶CBP/p300简介 |
| 1.1.4 上皮-间充质转化(Epithelial-mesenchymal transition,EMT)简介 |
| 1.1.5 液-液相分离(Liquid-Liquid Phase Separation,LLPS)简介 |
| 1.2 研究目的与意义 |
| 1.3 研究思路 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 材料、仪器与溶液 |
| 2.1.1 菌株与细胞株 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 主要溶液 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 染色质免疫共沉淀(ChIP) |
| 2.2.2 酚氯仿法抽提DNA |
| 2.2.3 伤口愈合实验 |
| 2.2.4 细胞培养与传代 |
| 2.2.5 DNA转染实验 |
| 2.2.6 全细胞裂解液制备 |
| 2.2.7 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)及免疫印迹 |
| 2.2.8 免疫荧光(IF) |
| 2.2.9 RNA提取(TRIzol 法)及cDNA的制备 |
| 2.2.10 荧光定量PCR(Quantitative PCR, qPCR) |
| 2.2.11 荧光漂白恢复实验( Fluorescence Recovery AfterPhotobleaching, FRAP) |
| 2.2.12 统计学分析 |
| 2.2.13 重组蛋白诱导与表达 |
| 2.2.14 重组蛋白纯化 |
| 2.2.15 GST pulldown实验 |
| 2.2.16 核磁滴定实验及解离常数Kd的计算 |
| 2.2.17 NMR结构数据采集与计算 |
| 2.2.18 HEK-293细胞核提取物制备 |
| 2.2.19 体外乙酰化实验 |
| 2.2.20 体外液液相分离实验 |
| 2.2.21 重组质粒构建 |
| 第3章 结果与讨论 |
| 3.1 实验结果 |
| 3.1.1 BRD4-NUT蛋白质包含两个p300 蛋白质结合序列 |
| 3.1.2 NUT/TAZ2 复合物高分辨率NMR溶液结构解析 |
| 3.1.3 NUT蛋白质可在体外形成液-液相分离(LLPS) |
| 3.1.4 BRD4-NUT以液-液相分离的形式凝集于染色质上 |
| 3.1.5 NUT的F1c结构域激活p300蛋白酶活性促进基因表达 |
| 3.1.6 BRD4-NUT蛋白促进ALX1 基因介导的上皮-间充质转化(EMT) |
| 3.2 讨论 |
| 3.3 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 攻读博士期间发表论文 |
| 致谢 |
| 后记 |
（5）溴结构域蛋白4在转录调节与肿瘤形成中的作用及其抑制剂的研究进展（论文提纲范文）
| 1 BRD4对于真核细胞转录的调节功能 |
| 1.1 BRD4在真核细胞转录起始阶段的作用 |
| 1.2 BRD4在真核细胞转录延长阶段的作用 |
| 1.3 BRD4如何作用于增强子/超级增强子 |
| 2 BRD4抑制剂治疗的优点及局限性 |
| 3 总结与展望 |
（6）三磷酸腺苷酶家族蛋白2对人类肿瘤的预后影响 ——Meta分析（论文提纲范文）
| 英汉缩略语名词对照 |
| 摘要 |
| abstract |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 文献检索 |
| 1.2 纳入排除标准 |
| 1.3 质量评价 |
| 1.4 信息提取 |
| 1.5 统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 纳入的研究 |
| 2.2 研究特征 |
| 2.3 ATAD2是人类癌症的预后因子 |
| 2.3.1 ATAD2与整体生存关系 |
| 2.3.2 ATAD2与次要结果关系 |
| 2.4 发表偏倚 |
| 2.5 敏感分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 研究概述 |
| 3.2 ATAD2基因 |
| 3.3 研究展望 |
| 3.4 研究不足 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（7）ATAD2在食管鳞状细胞癌中的表达及其在食管癌发生发展中的作用的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略表 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 组织石蜡切片 |
| 1.2 食管鳞癌细胞系 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 主要耗材仪器 |
| 1.5 引物序列 |
| 1.6 siRNA序列 |
| 1.7 抗体稀释及组织切片制备 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 免疫组化 |
| 2.2 食管鳞状细胞癌细胞系培养 |
| 2.3 RNA提取及纯度测定 |
| 2.4 RNA逆转录成cDNA |
| 2.5 实时荧光定量PCR(RT-qPCR) |
| 2.6 siRNA转染ESCC细胞 |
| 2.7 细胞总蛋白提取及BCA法测定蛋白浓度 |
| 2.8 Western blot |
| 2.9 CCK-8细胞增殖实验 |
| 2.10 Transwell细胞迁移实验 |
| 2.11 Transwell细胞侵袭实验 |
| 2.12 细胞凋亡实验 |
| 2.13 统计学方法 |
| 实验结果 |
| 1 ATAD2在食管鳞状细胞癌组织及癌旁组织的表达差异 |
| 2 ATAD2的表达水平与患者临床病理学特征的关联性 |
| 3.小干扰RNAsi-ATAD2#l、si-ATAD2#2转染食管鳞癌细胞系后ATAD2的表达 |
| 4 敲低ATAD2的表达后对ESCC细胞增殖能力的影响 |
| 5 敲低ATAD2的表达后对ESCC细胞迁移和侵袭能力的影响 |
| 6 敲低ATAD2的表达后对ESCC细胞凋亡的影响 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 ATAD2在癌症发生发展中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（8）BRD4短亚型蛋白质液-液相分离激活基因转录机制的体外研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 缩略词 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 BRD4 蛋白概述 |
| 1.1.2 液-液相分离概述 |
| 1.2 研究目的 |
| 1.3 研究思路 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 材料、仪器与溶液 |
| 2.1.1 菌株与细胞株 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 主要溶液 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 质粒构建 |
| 2.2.2 蛋白质表达与纯化 |
| 2.2.3 BRD4S蛋白质的荧光标记实验 |
| 2.2.4 体外液-液相分离实验 |
| 2.2.5 荧光漂白恢复实验 |
| 2.2.6 凝胶迁移试验(Electrophoretic Mobility Shift Assay,EMSA) |
| 2.2.7 热位移试验 |
| 2.2.8 体外蛋白质磷酸化实验 |
| 2.2.9 He La细胞核提取物的制备 |
| 2.2.10 体外转录实验 |
| 2.2.11 He La细胞核提取物中的液-液相分离液滴沉降实验 |
| 2.2.12 DNA模板-磁珠pull-down实验 |
| 2.2.13 十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE) |
| 2.2.14 考马斯亮蓝染色 |
| 2.2.15 免疫印迹(Western Blot) |
| 2.2.16 核磁共振异核单量子相关谱实验(HSQC) |
| 第3章 结果与讨论 |
| 3.1 实验结果 |
| 3.1.1 BRD4S在体外条件下形成液-液相分离 |
| 3.1.2 BRD4S通过与DNA结合调控液-液相分离 |
| 3.1.3 BRD4S的磷酸化调控液-液相分离 |
| 3.1.4 BRD4S凝聚物包含转录相关蛋白,促进转录活性 |
| 3.2 讨论 |
| 3.3 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 攻读博士期间发表论文 |
| 后记 |
| 致谢 |
（9）JQ1对日本血吸虫生殖系统抑制作用及机制的初步研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词表(Abbreviation) |
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验动物的处理 |
| 2.1.2 阳性钉螺 |
| 2.1.3 主要试剂与试剂盒 |
| 2.1.4 部分试剂配置 |
| 2.1.5 主要实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 日本血吸虫的培养 |
| 2.2.2 日本血吸虫体内生殖细胞增殖的检测 |
| 2.2.3 吖啶橙(AO)染色 |
| 2.2.4 实时荧光定量PCR |
| 2.2.5 激光共聚焦显微镜观察日本血吸虫生殖结构 |
| 2.2.6 虫卵计数 |
| 2.2.7 日本血吸虫感染模型的建立 |
| 2.2.8 JQ1对日本血吸虫感染小鼠肝脏肉芽肿治疗的研究 |
| 2.2.9 实验标本的采集及处理 |
| 2.2.10 血清学ALT、AST水平的检测 |
| 2.2.11 病理学分析(肝脏石蜡切片、HE染色) |
| 2.2.12 肝脏虫卵提取 |
| 2.2.13 统计学处理 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 JQ1处理对日本血吸虫产卵的影响 |
| 3.2 JQ1处理对日本血吸虫生殖细胞增殖的影响 |
| 3.3 JQ1处理对日本血吸虫生殖系统的影响 |
| 3.4 JQ1 处理对日本血吸虫生殖相关基因m RNA表达水平的影响 |
| 3.5 JQ1治疗对日本血吸虫感染小鼠肝脏虫卵与成虫虫体的影响 |
| 3.6 经JQ1治疗后对日本血吸虫感染小鼠肝脏损伤和肉芽肿的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 6 参考文献 |
| 附录一 个人简历 |
| 附录二 致谢 |
| 附录三 综述 小分子化合物JQ1作用于溴结构域蛋白影响生殖系统的研究进展 |
| 参考文献 |
（10）吉西他滨调节BRD4对膀胱癌T24细胞功能影响的初步研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 研究材料与方法 |
| 1.研究材料 |
| 1.1 膀胱癌组织标本收集 |
| 1.2 细胞系 |
| 1.3 试剂和仪器 |
| 2.研究方法 |
| 2.1 细胞培养、冻存 |
| 2.1.1 细胞培养 |
| 2.1.2 细胞冻存 |
| 2.2 RT-PCR检测相关RNA表达 |
| 2.2.1 组织和细胞RNA提取 |
| 2.2.2 逆转录合成cDNA |
| 2.2.3 Real-Time PCR |
| 2.3 Western blot检测蛋白表达 |
| 2.3.1 蛋白的提取 |
| 2.3.2 蛋白质凝胶电泳(SDS-PAGE) |
| 2.4 免疫组化 |
| 2.5 细胞转染 |
| 2.6 CCK-8实验 |
| 2.6.1 CCK-8测IC-50值 |
| 2.6.2 CCK-8测定增殖 |
| 2.7 细胞周期、凋亡检测 |
| 2.7.1 流式细胞仪测细胞周期 |
| 2.7.2 流式细胞仪测细胞凋亡 |
| 2.8 平板克隆实验 |
| 2.9 EdU实验 |
| 3 统计分析 |
| 实验结果 |
| 1.BRD4在膀胱癌组织和T24细胞中的高表达 |
| 2.敲低BRD4后T24细胞周期受到抑制、凋亡增加 |
| 3.转染后T24细胞增殖抑制 |
| 4.GEM诱导T24 细胞BRD4 表达增加 |
| 5.加GEM后T24细胞周期受到抑制、凋亡增加 |
| 6.加GEM后T24细胞增殖抑制 |
| 实验讨论 |
| 实验结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简介及读研期间主要科研成果 |
| 致谢 |
四、Bromodomain（论文参考文献）
- [1]BPTF在肿瘤发生发展中的功能及相关分子机制研究[J]. 郭萍,余文丹,韩世龙,鲁晓娜,华春雨,薛国庆,万昕瑜,郭微. 中国科学:生命科学, 2021
- [2]靶向调控相关转录蛋白的先导化合物的发现及作用机制研究[D]. 鹿田. 南京中医药大学, 2021(01)
- [3]BRD4天然抑制剂3’，4’，7, 8-Tetrahydroxyflavone的发现及其抑制急性髓系白血病的机制研究[D]. 李姣. 南京中医药大学, 2021(02)
- [4]BRD4-NUT调控基因转录和上皮-间质转化机制的研究[D]. 喻笛. 吉林大学, 2020(03)
- [5]溴结构域蛋白4在转录调节与肿瘤形成中的作用及其抑制剂的研究进展[J]. 杨林瑞,张风河. 中国普通外科杂志, 2020(07)
- [6]三磷酸腺苷酶家族蛋白2对人类肿瘤的预后影响 ——Meta分析[D]. 韩华静. 重庆医科大学, 2020(12)
- [7]ATAD2在食管鳞状细胞癌中的表达及其在食管癌发生发展中的作用的研究[D]. 任珍珍. 郑州大学, 2020(02)
- [8]BRD4短亚型蛋白质液-液相分离激活基因转录机制的体外研究[D]. 韩欣冶. 吉林大学, 2020(08)
- [9]JQ1对日本血吸虫生殖系统抑制作用及机制的初步研究[D]. 田佳明. 安徽医科大学, 2020(02)
- [10]吉西他滨调节BRD4对膀胱癌T24细胞功能影响的初步研究[D]. 宋帅帅. 皖南医学院, 2020(01)