一、三点自交法和两点最大似然法构建水稻F_2群体分子标记连锁图谱的比较（论文文献综述）
吴龙芬,包莹莹,张青霞,苗贵东[1]（2019）在《植物遗传连锁图谱构建最新研究进展》文中研究指明遗传连锁图谱是基因组研究的一个非常重要的组成部分,它们指的是具有特定多态性标记的基因组中基因相对位置的图谱。遗传图谱的构建是遗传作图。它是使用遗传原理和方法构建反映基因组遗传标记之间遗传关系的图谱,即使用三点测验和两点测验对统计的带的数量进行连锁分析以建立连锁群。遗传连锁图谱的构建是基因组研究中必不可少的部分,也是数量性状定位、分子标记辅助育种和基因定位与克隆的基础。
薛红[2]（2018）在《大豆四向重组自交系群体株高发育动态播期效应的QTL分析》文中研究指明大豆是世界上重要的油料作物,株高对其产量和适应性至关重要,大豆株高是受多基因控制的复杂数量性状,受内外因素影响,某些QTL的表达在不同阶段可能存在差异。以往围绕大豆株高性状的QTL定位多基于成熟阶段表型值的基础上获得的,由于忽视了性状的动态发育,导致大多数的遗传信息可能未被发现。利用非条件QTL和条件QTL相结合的动态分析方法对数量性状进行定位分析,可以检测到在特定时期和时段内表达的QTL位点,进而可以更综合、更全面地了解控制该性状的位点的动态表达。相比两交群体,四向杂交群体可以反映更多亲本之间的遗传多样性,多态性水平高,统计推断空间广,有助于提高QTL检测效率,比单交更具应用价值。本研究利用大豆四向杂交（垦丰14×垦丰15）×（黑农48×垦丰19）RIL群体的160个F2:7和F2:8株系进行株高的动态QTL定位及株高相对播期效应和绝对播期效应的QTL定位分析,旨在确定大豆动态株高QTL的相关信息,对于分子标记辅助选择育种更为有效。主要研究结果如下:（1）遗传图谱构建:利用275个标记构建了一张含有20个连锁群的遗传图谱,标记在图谱的位置与公共图谱一致。连锁图谱全长3636.26 cM;平均每条连锁群包含13.75个标记;两标记间平均距离13.22 cM,标记间最大距离33.93 cM,最小距离0.01 cM;在N、A1、D2和L连锁群上标记最多,均含有20个标记;平均每条连锁群长度为181.81 cM,最长的连锁群为D2连锁群,长度为319.02 cM,最短的连锁群为D1a连锁群,长度49.36 cM。（2）株高动态QTL定位:95个非条件QTL分布在19条连锁群上,遗传贡献率为6.95%-28.35%,在第15条连锁群（E连锁群）未检测到与株高相关的非条件QTL位点。其中,40个株高非条件QTL位点被多次检测到。在20条连锁群上检测到107个株高条件QTL位点,遗传贡献率为6.90%-29.46%。其中有44个条件QTL位点被多次检测到。（3）株高相对播期效应QTL定位:在18条连锁群上定位50个与株高相对播期效应相关的QTL位点,可以解释0.9%-17.2%的表型变异率。其中,有16个QTL位点被检测到与多个时期的株高相对播期效应相关,qPHR1、qPHR62、qPHR4、qPHR51、qPHR92、qPHR73、qPHR162、qPHR102、qPHR103、qPHR133位点均可被同一年度的连续时期检测到;34个位点仅被单次检测到与某一时期的株高相对播期效应相关。（4）株高绝对播期效应QTL定位:在19条染色体上检测到55个与株高绝对播期效应相关的QTL位点,表型变异率在1.00%-12.30%。有14个QTL位点被多次检测到与株高绝对播期效应相关,其中,qPHA11、qPHA22、qPHA32、qPHA42、qPHA51、qPHA62、qPHA102、qPHA192、qPHA194和qPHA195位点分别与多个连续时期相关;qPHA64、qPHA11及qPHA161均被两个不连续时期检测到与株高绝对播期效应相关;有41个QTL位点被单次检测到与某一时期的株高绝对播期效应相关。（5）QTL真实性检测:通过对比与公共图谱QTL的基因组区域及多环境中的重复定位均可以有效检测QTL位点的真实性。通过与大豆公共图谱上已定位的与株高性状相关的QTL位点进行比对,共在19条连锁群上发现97个QTL定位区间与前人研究结果吻合。此外,在14条连锁群上有43个定位区间被多次检测到与株高性状相关。
林静[3]（2018）在《玉米第二染色体雄穗分枝数主效QTLqTBN2-2的精细定位》文中研究指明合理的雄穗结构对协调玉米雌雄穗发育和增加籽粒产量起到十分重要的作用,而雄穗分枝数是决定雄穗大小的主要因素。本研究利用雄穗分枝数存在显着差异的玉米自交系3237和R18为亲本,通过目的性状雄穗分枝数表型筛选和回交自交的方法构建了近等基因系BC4F3群体,对第2染色体上的雄穗分枝数主效QTL进行了精细定位,为影响雄穗分枝数的关键基因的克隆奠定了基础。主要研究结果如下:1.利用雄穗分枝数为0-2的玉米自交系3237和雄穗分枝数大于9的玉米自交系R18杂交得到F1,F1自交得到F2,从F2群体里选择雄穗分枝数小于2的单株与R18回交再自交得到BC1F2,从BC1F2群体中选择雄穗分枝数小于2的单株与R18回交再自交得到BC2F2,从BC2F2群体中选择雄穗分枝数小于2的单株与R18回交再自交得到BC3F2,从BC3F2群体中选择雄穗分枝数小于2的单株与R18回交再自交得到BC4F2分离群体,用10个InDel标记对BC4F2群体进行雄穗分枝数QTL定位,在标记v4hr2-185158820-v4r55r2-187149880之间定位到一个QTL位点,命名为QTLqTBN2。2.利用30个SSR和InDel标记鉴定BC4F2群体单株的基因型,从中挑选出在标记v4hr2-185158820-v4r55r2-187149880之间为杂合,其余区段为R18遗传背景的的单株A17,将A17单株自交得到BC4F3近等基因系群体。利用8个InDel标记对BC4F3群体进行雄穗分枝数QTL定位,在标记v4hr2-136149280-v4hr2-179168740之间,标记v4hr2-185158820-v4r55r2-187149880之间各定位到一个QTL,分别命名为QTLqTBN2-1和qTBN2-2。3.利用标记v4hr2-185158820和v4r55r2-187149880,鉴定杂合的BC4F3单株自交后代的种子,挑选出166个发生交换的单株;利用5个InDel标记加密目标区域,鉴定8个关键性交换单株基因型,将QTLqTBN2-2精细定位到标记v4hr2-185158820-v4chr2-185387180之间,距离约为228kb。
林明睿[4]（2018）在《甜叶菊高密度遗传图谱构建及其分子标记筛选》文中认为甜叶菊是原产于南美的多年生草本植物,以其高甜度、低热能的特点逐渐走进人们的视野。我国是世界上最大的甜叶菊生产国和出口国,有关甜菊重要农艺性状遗传分析以及改良跟不上生产的需求。RAD-seq技术可以摆脱参考基因组的限制,并能快速鉴定出高密度的单核苷酸多态性标记（SNPs）,非常适合大群体的研究。本研究以甜叶菊大叶亲本和小叶亲本杂交产生F1分离群体为作图群体,利用高通量RAD-seq技术大规模地分离甜叶菊SNP分子标记;我们采用GATK等软件进行群体SNP的检测,共开发出亲本多态性位点378,285个,并完成子代的基因分型;经过异常碱基检查、完整度过滤、偏分离标记过滤3个步骤,对检测的SNP标记筛选;对筛选后得到的高质量遗传标记,使用Joinmap4.0进行连锁群划分,采用最大似然法进行标记排序,排序后使用smooth算法对标记进行校正及推断,然后去除校正后出现的相似度为1的标记位点,使用Joinmap4.0回归算法对标记进行排序,采用Kosambi函数计算遗传距离,构建甜叶菊高密度遗传图谱。结果表明,父本图总标记数为2,521,遗传距离1,632cM,平均距离0.65cM,最大遗传间距9.34cM;母本图总标记数为3,363,遗传距离1,367cM,平均距离0.41cM,最大遗传间距6.06cM;整合图谱连锁群标记5,839个,总遗传距离为1,921cM,平均距离为0.33cM,最大遗传间距为9.35cM。最后再绘制相邻标记间连锁关系的热图,评价标记间连锁关系。构建甜叶菊高密度遗传图谱,为下一步发掘与甜菊重要性状有关的紧密连锁分子标记、开展分子标记辅助育种技术奠定了基础,为特种经济作物的遗传改良和分子育种开辟一条道路。
吕品[5]（2016）在《向日葵抗旱性QTL定位与鉴定指标筛选研究》文中认为向日葵（Heliauths annuus L.）是世界第二大油料作物。干旱是造成向日葵减产的最主要因素之一,从根本上缓解干旱危机,最经济有效的措施就是提高向日葵的抗旱性、培育抗旱品种。本研究主要包含3个部分:（1）在干旱胁迫及正常供水条件下,利用10个抗旱性存在差异的油用向日葵自交系,对花期的生长、生理生化等性状指标及产量指标进行分析,运用灰色关联度法筛选出适合向日葵花期的高效抗旱性鉴定指标,建立向日葵花期抗旱评价体系;（2）以油用向日葵强抗旱自交系K58为父本,弱抗旱自交系K55为母本进行杂交,获得150个F7重组自交系群体,通过SNP、SSR标记结合原有SSR、EST-SSR、AFLP、SRAP标记构建高密度遗传连锁图谱,以此为基础,对干旱胁迫和正常供水条件下的9个抗旱相关性状进行QTL定位分析;（3）经抗旱筛选获得45个BC3F2高代回交抗旱选择系为定位群体,利用SNP、SSR标记,以方差分析和卡方检验对干旱胁迫和正常供水条件下的7个产量相关性状进行QTL定位分析。以上QTL定位结果,可为分子设计育种奠定较好的研究基础。本研究主要结果如下:1.干旱胁迫后,18个抗旱相关指标均受到影响,各指标对干旱胁迫的反应及敏感程度显着不同。通过各指标相对值与抗旱指数进行灰色关联度分析,筛选出相对实粒数、相对单株产量、相对根冠比等9个指标可以作为向日葵花期抗旱性鉴定指标。2.利用重组自交系群体构建了1张高密度多标记向日葵遗传连锁图谱。该图谱含有4932个标记,其中SNP标记3929个、SSR标记294个、EST-SSR标记39个、AFLP标记317个、SRAP标记353个,分布于17条连锁群上,图谱总长2111.78cM,标记间平均距离0.43cM。每个连锁群上标记数为74665个,长度为77.29185.79 cM。图谱中小于5cM的间隙占图谱间距总数的97%,共有18个大于10 cM的间隙。图谱中共有69个偏分离标记,分布于第1、5、7、9、17连锁群上,占图谱总标记数的1.40%。3.在重组自交系群体中,两种水分条件下共检测到株高、叶面积、SPAD值等9个抗旱相关性状的25个QTL,主要分布于第4、5、8、11、13、14、16、17连锁群上,可解释表型变异的6.3%13.5%。干旱条件下检测到控制叶面积的QTL2个,控制叶片持水率的QTL3个,控制结实率的QTL7个,控制SPAD值、百粒重、茎粗的QTL各1个;正常供水条件下检测到控制叶片持水率的QTL4个,控制茎粗和百粒重的QTL各2个,控制叶面积和SPAD值的QTL各1个。其中控制叶面积的QTLQla16-2和控制叶片持水率的QTL Qlwh11在两种水分条件下均被同时检测到。共检测到9个遗传贡献率超过10%的主效QTL。4.利用高代回交选择群体,运用方差分析法,在两点（呼和浩特和武川）、两种水分条件下（干旱胁迫和正常供水）共检测到235个产量及其相关性状的QTL,其中呼和浩特点两种水分条件下共检测到7个性状的96个QTL（干旱条件下检测到43个QTL,正常供水条件下检测到53个QTL）,武川点共检测到139个QTL（干旱条件下检测到除结实率外其余6个性状的69个QTL,正常供水条件下检测到7个性状的70个QTL）。检测到的QTL中加性效应为正值的有164个,增效基因来自供体亲本K58;为负值的有71个,增效基因来自轮回亲本K55。共有13处QTL在两点的单一环境中同时检测到,有6处QTL分别在两点的两种环境下被检测到,3处QTL在两点多环境中被同时检测到。共检测到23处紧密连锁或“一因多效”QTL。5.对选择群体所有标记位点进行卡方检验,共检测到275个位点在0.005水平下极显着偏分离,卡方值最大值为70.86。这些位点均为与抗旱相关的QTL位点。6.共有18处QTL在方差分析与卡方检验两种方法中同时被检测到,这些可能是控制向日葵抗旱性的重要QTL位点。
柳海东[6]（2015）在《春性甘蓝型油菜遗传连锁图谱构建及开花时间的QTL定位分析》文中指出在甘蓝型油菜中,开花时间是一个重要的数量性状,油菜开花时间与种子成熟、产量、品质等都有很大的关系,植物在合适的时机开花对于避开自然的不利因素和产生更多的后代有重要的意义。在高海拔春油菜区,主要种植白菜型油菜,比起白菜型油菜,甘蓝型油菜在产量、抗性和含油量等方面都具有优势,但甘蓝型油菜在高海拔地区无法成熟,如果能选育出在高海拔区能正常成熟的早熟性甘蓝型油菜来替代白菜型油菜,白菜型油菜产区的油菜产量势必会大大提高,本研究通过对开花时间进行QTL定位和分析,开发主效紧密连锁标记,旨在为后期早花基因聚合和辅助育种提供理论指导。主要研究内容如下:1.通过小孢子培养研究了不同基因型,不同加倍方法及单倍体苗移栽环境对单倍体苗成活率和加倍成功率的影响,在三种不同加倍方法中,泡根方法的加倍率是最高的,为90.9%,对从单倍体苗的损失率来看,泡根方式也是最高的,综合各种因素,培养基加倍为最优方式;不同的基因型,在成胚,胚成苗,以及加倍率等都存在差异（P<0.05）;在单倍体苗移栽环境上,温室-温室为最优加倍前和加倍后移栽模式。2.有效积温是促进早花亲本No.4512及早花株系开花的直接影响因子,此外,热感应途径是影响春性甘蓝型油菜开花的一条主要途径;开花时间符合正态分布,也有超亲分离现象,开花时间遗传不仅受环境的影响,不同个体之间也存在较大差异,环境与基因型的互作更不能忽略。3.利用SSR标记和AFLP两种分子标记构建了一张包含495个位点总长2252.7 cM的春性甘蓝型油菜遗传图谱,连锁群遗传距离长度范围49.1 cM-201.8 cM;两位点之间平均遗传距离为4.5 cM。4.采用复合区间作图法（CIM）对开花时间QTL进行定位,结果显示:五个环境中共检测到48个QTL与开花时间有关,这些QTL分别位于染色体A2,A3,A5,A6,A7,A10,C2和C8,解释表型变异的3.246.5%,其中位于A7的cqDTFA7a和位于C2的cqDTFC2a和cqDTFC2c,在五个环境下可以重复检测到,位于C8的cqDTFC8在四个春性环境下被定位在同一区域,整合分析后发现cqDTFA7,acqDTFC2a和cqDTFC8为三个主效QTL,分别解释表型变异的10.4%,23%和10%,其携带的等位基因表现为负效应,即缩短晚花材料开花天数,属于早花位点。上位性分析发现共八对互作效应对,其中7对表现为（加性×加性）×环境互作效应,这些QTL位于C8,C2,A7,A6,A3和A2染色体。仅有一个QTL,qDTF4,表现的是加×加互作效应,上位性效应最大的是q DTF2×qDTF6和qDTF5×qDTF7,分别解释开花时间表型变异的8.2%和8.3%。发现一个多重上位位点qDTF6（cqDTFC8）位于C8染色体上。上位性效应共同解释表型变异的40.7%,上位与环境的互作效应在四个春性环境中都表现为负效应,而在冬性环境下为正效应。5.通过同源序列法对主效QTL区间进行加密并开发了与主效QTL cqDTFA7a紧密连锁的SSR分子标记GI803,来自白菜型油菜的BACs,KBrB008G18（AC232449）,并通过同源克隆确定了这个QTL的候选基因为BnAP1;同样的方法加密并开发了与cqDTFC8紧密连锁的SSR标记S034,来源于甘蓝C8染色体5.5M和5.1M的物理位置;Na12-C12c被定位于qDTFC2c峰值位置;加密了cqDTFC2a区间,将原来的QTL与侧翼标记遗传距离最近12.3cM缩小到目前5.9cM。6.三个位点紧密连锁的标记分别为G1803,S034和Na12-C12在NNDH群体中进行验证,三个标记将DH系分为AA,BB两种类型,我们统计了四个春性环境下的开花时间,AA型花期显着短于BB型花期;复合位点将整个群体分为八个类群（Ⅰ-Ⅷ）,同时携带早花等位基因的类群（Ⅰ）花期短于携带晚花等位基因的类群（Ⅷ）,并且达到极显着差异（P<0.01）,复合等位基因的加性效应直接影响着不同类群DH系的开花天数。为了进一步验证这些标记在育种中的利用价值,进一步利用G1803和Na12-C12在93个甘蓝型育种材料中进行验证,基因型表现为AA的单株平均开花天数显着短于BB基因型的单株平均开花天数（P<0.05）,复合位点的效应更加明显。三个紧密连锁的标记可以用于早花基因的辅助选择。
蔡长福[7]（2015）在《牡丹高密度遗传图谱构建及重要性状QTL分析》文中研究说明牡丹（Paeonia Sect. Moutan）,属于芍药科（Paeoniaceae）芍药属（Paeonia）牡丹组植物,是中国的传统名花,其育种是牡丹产业可持续发展的基本保障。开展分子生物学研究,探索表型性状的遗传调控机制,是促使牡丹育种从传统杂交育种逐步向现代分子育种转变的重要基础。本研究以‘凤丹白’M24和中原牡丹‘红乔’杂交获得的F1群体为作图材料,采用SLAF-seq （Specific-locus amplified fragment sequencing）简化基因组测序技术和简单重复序列（Simple sequence repeat, SSR）分子标记技术,构建了第一张牡丹高密度遗传连锁图谱,继而开展了牡丹重要表型性状的数量性状位点（Quantitative trait loci, QTLs）定位研究,主要研究结果如下：（1）利用19对SSR引物,对牡丹3个杂交组合进行了遗传多态性分析,结果显示：‘凤丹白’M24ב红乔’杂交组合亲本间DNA水平的多态性最高,19对SSR引物共检测到27个多态性位点,亲本间遗传距离为0.7070；进一步分析了该杂交组合F1分离群体的遗传结构,发现有73.33%的基因型符合孟德尔期望分离比（P<0.05）,结合田间表型性状调查的结果,明确该分离群体可作为牡丹遗传连锁图谱的作图群体,并从中随机选取了195株个体作为作图材料,进行了深入的研究。（2）利用SLAF-seq技术对牡丹作图群体亲本和195个F1子代个体进行简化基因组测序,构建了SLAF测序文库,获得了285,403,225条序列（Reads）,共约78Gb原始数据,开发了309,198个SLAF标记,其中多态性标记有85,124个,多态性比率为27.5%。对这些多态性标记进行基因型分析,过滤父母本信息缺失、完整度过低和不适合CP （Cross-pollinator）群体作图的多态性标记,最终获得3518个有效的SLAF标记,卡方检验（x2）结果显示其中有1854个标记偏离孟德尔期望分离比（P<0.05）,偏分离比率为52.70%。（3）利用作图群体亲本和随机选取的6个子代个体为材料,对不同来源的400对牡丹SSR引物进行有效性和多态性检测,首先利用1%琼脂糖凝胶电泳检测,初筛出365对有效引物,占引物总数的91.2%；然后利用6%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分子标记多态性检测,筛选出79对多态性引物,占引物总数的21.64%。在此基础上,对这79对多态性引物进行不同颜色的荧光修饰,并在作图群体中进行标记分离检测,79对引物分成了5种分离类型,卡方检验（矛）结果显示其中有26对引物偏离孟德尔期望分离比（P<0.05）,偏分离比率为32.91%。（4）利用3597个分子标记的基因型数据进行连锁分析,包括3518个SLAF标记和79个SSR标记,构建了第一张牡丹高密度遗传图谱。该遗传图谱共5个连锁群,包含有1261个标记（1189个SLAF标记和72个SSR标记）,总图距为1061.94 cM,标记间的平均图距为0.84 cM,最大连锁群306.85cM,最小连锁群96.32 cM。（5）对牡丹作图群体的枝、叶、花和果实4大类共27个数量性状进行了统计分析显示,这些性状表现为连续性变异,遗传变异系数在10.93%～78.56%之间,且在作图群体中呈现出正态分布的规律；利用MapQTL软件的restricted MQM （Multiple-QTL model）复合区间作图法,对27个数量性状进行了QTL分析,其中有20个性状成功检测到相关的QTLs,共计49个。每个QTL可以解释表型变异的8.3%-71.9%,其中控制花瓣数的QTL-pn-2对表型变异的贡献率最高达71.9%。此外,利用区间作图法,检测了作图群体的花色性状,共检测到3个与其相关的QTLs,可以解释表型变异的11.40%～12.8%。综上所述,本研究构建了第一张牡丹高密度遗传图谱,并获得了一些控制牡丹重要表型性状的QTLs。这些研究结果为牡丹基因组结构与功能的研究、相关基因的图位克隆、分子标记辅助选择育种奠定了坚实的基础,将为解析牡丹重要园艺性状的遗传机制提供借鉴,对指导牡丹育种工作具有重要意义。
吕维娜[8]（2014）在《花生栽培种SSR遗传连锁图谱构建及重要产量性状QTL定位分析》文中研究指明花生是人类重要的植物油脂来源，也是世界上广泛种植的油料作物与经济作物。我们平时所说的花生栽培种是异源四倍体，其在形态、生理、农艺性状等方面都有着十分丰富的差异，说明栽培种花生在DNA水平上也应该存在较大变异。然而由于花生基因组较大、且结构相对复杂，花生遗传研究开展较晚，目前花生DNA分子标记研究明显落后于许多其它重要作物。随着现代分子生物学技术的发展，尤其是高通量分子标记技术、生物信息技术和能够高速运行计算机的发展与应用使得需要庞大工作量的图谱构建及QTL定位工作成为现实。基于SSR分子标记构建花生遗传连锁图谱并对产量性状进行QTL定位，进而开展分子标记辅助育种，将有助于明显提高育种效率，加快花生优良品种的选育进程。本研究以花生栽培品种白沙1016和花生属四倍体野生种（A.monticola）为研究材料，首先通过杂交和F2单粒传法（SSD）构建了包含215个家系的RILs群体，该群体已经推进至F11；基于SSR分子标记，运用JoinMap4.0构建了该群体的分子遗传连锁图谱，并结合该群体产量性状相关的表型数据，运用WinQTLCart2.5软件进行了重要产量性状的QTL定位研究，获得了一系列有价值的研究结果：1.运用2405对SSR引物在重组自交系群体（白沙1016×A.monticola）的双亲中进行多态性检测，共检测到302对引物在双亲间具有明显多态性，其多态性频率为12.6%。构建了花生栽培种分子遗传连锁图谱，该图谱总图距为1440.4cM包含22个连锁群，282个SSR标记，标记间平均距离为5.1cM。其中最长的连锁群包含标记36个，长度为236.3cM，最短的连锁群有2个标记，长度为3.2cM。SSR分子标记在连锁群上分布不均，共有7个连锁群（分别为第2、4、5、7、8、14、15连锁群）上出现了图距大于20cM的间隙，最大间隙达到了37.2cM，位于第14连锁群上。在第1、2、3、8、9、11连锁群上，出现了不同程度的SSR标记密集区。2.利用SSR遗传连锁图谱结合RILs群体在三个不同环境（郑州、商丘、驻马店）的总分枝数、单株饱果数、结果枝数、百果重、单株果重、百仁重、出仁率等七个重要产量相关性状的调查数据，运用WinQTLCart2.5软件的CIM作图法对这些性状在不同环境中进行QTL检测，得出以下结论：在郑州环境中检测到31个QTLs与7个性状指标相关，单个QTL的贡献率在3.34%20.98%之间；在商丘环境中检测到7个性状的27个QTLs，单个QTL的贡献率在3.53%15.89%之间。在驻马店环境中检测到6个性状的14个QTLs，单个QTL的贡献率在3.52%15.28%之间，没有检测到与总分枝数有关的QTLs。结合三个环境下的QTL检测结果，发现位于Lg19上的标记ARS445附近的QTLs与百果重、百仁重和单株果重都紧密连锁，表现为正向加性效应。
李旭冉[9]（2012）在《美洲黑杨×小叶杨遗传连锁图谱构建》文中指出杨树是林木基因组学研究的模式树种，其基因组学、分子生物学等领域研究具有良好的基础；杨树全基因组信息为其他树种基因组研究提供了有价值的参考。本研究以美洲黑杨‘I-69’为母本，小叶杨为父本，经2009～2011年连续3年杂交，共获得杂种子代（F1）600余株。以该杂种子代205个体为作图群体，利用SSR和SRAP两种分子标记，构建了美洲黑杨‘I-69’×小叶杨的遗传连锁图谱，分析了两种作图软件的作图效率，同时，并进行杨树遗传图谱比较，为今后构建杨树高密度遗传图谱、QTL定位及标记辅助育种等领域研究奠定了一定的基础。主要结论如下：（1）美洲黑杨×小叶杨连锁遗传图谱构建：利用FsLinkageMap2.0软件得到一张包含108个标记（88个SSR标记和20个SRAP标记）、30个连锁群的遗传框架图谱。其中，4个标记（含4个）以上的连锁群12个，三联体6个，二联体12个。所获得图谱总图距为1462.52cM，最大连锁群的图距为140.10cM，最小连锁群的图距为4.51cM，平均每个连锁群的长度为34.75cM，标记间最大间距34.6cM，最小间距为1.0cM，标记间平均间距为13.67cM。（2）两种构图软件的作图效率：两种作图软件所构图谱在连锁群数目、同一连锁群上的标记数目及标记顺序均存在差异。与JoinMap4.0相比，FsLinkageMap2.0具有较高的作图效率，连锁群数目及标记数目均更多、图谱总图距及标记间距离更大。（3）杨树比较图谱：利用54个同源SSR标记对美洲黑杨×小叶杨图谱与毛果杨×美洲黑杨（P.trichocarpa×P.deltoides）图谱进行比较分析，发现有14对同源连锁群和1对推定同源连锁群，同源连锁群之间最多有9个同源位点，各个同源连锁群之间存在良好的共线性关系；利用29个同源SSR标记对美洲黑杨×小叶杨图谱与美洲黑杨×欧美杨（Populus.deltoides×P.euramericana）图谱进行比较，7个连锁群可以建立同源连锁群关系，5个连锁群建立推定同源连锁群，同源连锁群之间最多有6个同源位点。美洲黑杨×小叶杨图谱与响叶杨×银白杨（P.adenopoda×P.alba）图谱仅得到7个同源标记。依据这7个同源标记，美洲黑杨×小叶杨图谱的7个连锁群与响叶杨×银白杨图谱的7个连锁群可以建立推定同源连锁群关系。图谱间同源连锁群数和同源标记数的多少与所用作图群体亲缘关系的远近呈现正相关。即亲缘关系越近图谱间比较得到的图谱间同源连锁群数和同源标记数越多；反之越少。另外，图谱间同源连锁群数和同源标记数的多少还与图谱密度有关，密度相当的图谱间对比才更能体现出图谱间的异同。
刘华[10]（2011）在《栽培花生产量和品质相关性状遗传分析与QTL定位研究》文中提出花生是世界上重要的经济作物和油料作物之一。栽培种花生是异源四倍体（AABB,2n=4x=40）,染色体较小,基因组结构复杂,且遗传研究开展较晚。花生农艺性状和品质性状多表现为复杂的数量性状,相关研究进展缓慢。近年来,数量性状分析理论和分子水平研究的快速发展,为探索重要性状的遗传规律、开展QTL定位研究奠定了坚实基础。本研究以农艺性状和品质性状等存在显着差异的花生品系郑9001和郑8903为亲本,通过杂交和F2单粒传法（SSD）构建了包含160个家系的重组自交系（RIL）群体;利用SSR分子标记技术结合该群体进行了栽培种花生遗传连锁图谱的构建;运用数量性状主基因加多基因混合遗传模型对该群体的农艺性状和品质性状进行了多世代联合遗传分析;应用已构建的遗传连锁图谱对各重要性状进行了QTL定位研究,取得的主要结果如下:1.栽培种花生重要农艺性状和品质性状的遗传分析,利用海南三亚（EⅠ）和河南原阳（EⅡ）两种环境条件下的田间试验数据,采用数量性状主基因加多基因混合遗传模型分析方法,开展了花生RIL群体的重要农艺和品质性状遗传分析,结果表明:在海南三亚条件下,主茎高、侧枝长和单株饱果数等3个性状遗传规律符合多基因遗传模型（C）;总分枝数、结果枝数、百果重、百仁重、出仁率、蛋白质、脂肪、油亚比等8个性状遗传规律符合2对主基因加多基因遗传模型（E）;单株果重、油酸和亚油酸等3个性状遗传规律符合3对主基因遗传模型（F）。在河南原阳条件下,主茎高、侧枝长、百仁重、蛋白质和脂肪等5个性状遗传规律符合多基因遗传模型（C）;总分枝数、单株饱果数、百果重、出仁率、油酸、亚油酸和油亚比等7个性状遗传规律符合2对主基因加多基因遗传模型（E）;结果枝数符合1对主基因遗传模型（A）;单株果重符合3对主基因遗传模型（F）。两种环境条件下的遗传参数综合估算结果表明:主茎高、侧枝长、单株饱果数和蛋白质等4个性状遗传主要受多基因控制,总分枝数、结果枝数、百果重、百仁重、出仁率、单株果重、脂肪、油酸、亚油酸和油亚比等10个性状遗传受主基因加多基因控制。2.栽培种花生遗传连锁图谱的构建,以花生品系郑9001和郑8903构建的包含160个家系的RIL群体为作图群体,采用1556对SSR引物对亲本进行多态性筛选,其中114对引物表现出多态性,运用多态性引物对群体进行研究,采用Jionmap3.0软件进行分析,构建出一张栽培种花生SSR遗传连锁图谱。该图谱包含73对标记、共16条连锁群、全长448.28厘摩,最大标记间距为27.72厘摩。3.重要农艺性状和品质性状QTL定位研究,利用SSR遗传连锁图谱结合亲本和群体在两种环境下主茎高、侧枝长、总分枝数、结果枝数、单株饱果数、百果重、百仁重、出仁率和单株果重等9个农艺性状和蛋白质、脂肪、油酸、亚油酸和油亚比等5个品质性状指标,用两种不同的分析模型进行QTL定位研究。采用WinQTLCart2.5软件CIM作图法,针对单个独立环境下各性状进行QTL检测,在海南三亚条件下检测到24个QTLs与10个性状指标相关、单个QTL的贡献率介于5.61%17.98%,没有检测到与百果重、百仁重、蛋白质和脂肪等4个性状相关的位点;在河南原阳条件下检测到12个性状的43个QTLs ,单个QTL的贡献率介于5.03%31.65%,没有检测到与百仁重和出仁率等2个性状相关的位点。运用基于混合线性模型的QTLNetwork2.0软件,对两个环境下花生重要农艺和品质相关的14个性状进行QTL定位分析,共检测到23个加性QTLs和11对互作QTLs,分布在Lg1、Lg2、Lg3、Lg5、Lg6、Lg7、Lg12、Lg13、Lg15和Lg16上,没有检测到与百仁重有关的QTL。分别对独立环境条件下QTL定位研究表明,与主茎高、侧枝长、油酸、亚油酸和油亚比等5个性状相关的9个QTLs稳定表达,其所在连锁群的位置亦相同。不同QTL分析方法检测结果表明:能在相同的连锁群上检测到花生主茎高、侧枝长、总分枝数、结果枝数、油酸、亚油酸和油亚比等7个性状的QTL。
二、三点自交法和两点最大似然法构建水稻F_2群体分子标记连锁图谱的比较（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、三点自交法和两点最大似然法构建水稻F_2群体分子标记连锁图谱的比较（论文提纲范文）
（2）大豆四向重组自交系群体株高发育动态播期效应的QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 引言 |
| 1.1 数量性状遗传研究进展 |
| 1.1.1 遗传群体的构建 |
| 1.1.2 遗传图谱的构建 |
| 1.1.3 遗传作图法 |
| 1.1.4 QTL定位方法 |
| 1.2 QTL定位研究 |
| 1.2.1 两交群体大豆株高性状的QTL定位研究 |
| 1.2.2 两交群体数量性状动态QTL定位研究 |
| 1.2.3 四向杂交群体QTL定位研究 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 遗传群体设计 |
| 2.2 田间试验设计 |
| 2.3 株高测定 |
| 2.4 DNA提取 |
| 2.4.1 试验试剂配制 |
| 2.4.2 DNA提取步骤 |
| 2.4.3 DNA浓度监测 |
| 2.5 SSR分子标记分析 |
| 2.5.1 SSR引物选择 |
| 2.5.2 PCR扩增体系 |
| 2.5.3 PCR反应扩增条件 |
| 2.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.6.1 电泳药剂配制 |
| 2.6.2 电泳实验步骤 |
| 2.6.3 数据记录 |
| 2.7 数据统计方法 |
| 2.7.1 遗传图谱构建 |
| 2.7.2 表型数据统计分析 |
| 2.7.3 QTL作图分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 大豆遗传图谱的构建 |
| 3.2 株高条件和非条件QTL定位研究 |
| 3.2.1 表型数据分析 |
| 3.2.2 株高的QTL定位 |
| 3.3 株高相对播期效应QTL定位研究 |
| 3.3.1 株高相对播期效应表型数据分析 |
| 3.3.2 株高相对播期效应QTL定位 |
| 3.4 株高绝对播期效应QTL定位研究 |
| 3.4.1 株高绝对播期效应表型数据分析 |
| 3.4.2 株高绝对播期效应QTL定位分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 动态定位优势的讨论 |
| 4.2 条件和非条件QTL定位的优势 |
| 4.3 特异性QTL位点 |
| 4.4 四向杂交群体的优势 |
| 4.5 QTL真实性的讨论 |
| 4.5.1 与公共图谱株高位点吻合验证QTL真实性 |
| 4.5.2 重复定位验证QTL真实性 |
| 5 结论 |
| 6 论文创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
（3）玉米第二染色体雄穗分枝数主效QTLqTBN2-2的精细定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 1 前言 |
| 1.1 玉米的重要性 |
| 1.2 玉米雄穗的研究进展 |
| 1.2.1 玉米雄穗发育过程 |
| 1.2.2 雄穗分枝数与雄穗大小关系 |
| 1.2.3 玉米雄穗分枝数QTL研究进展 |
| 1.2.4 雄穗分枝数目相关基因研究 |
| 1.3 数量性状遗传位点(QTL)定位研究 |
| 1.3.1 QTL定位原理 |
| 1.3.2 QTL定位方法 |
| 1.3.3 QTL定位常用分子标记 |
| 1.3.4 QTL定位的分离群体 |
| 1.3.5 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.4 QTL精细定位研究进展 |
| 1.4.1 作物QTL精细定位研究进展 |
| 1.4.2 单个QTL的精细定位 |
| 1.4.3 全基因组QTL的精细定位 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 群体构建 |
| 2.3 田间试验 |
| 2.4 表型数据分析 |
| 2.5 基因型分析 |
| 2.5.1 DNA的提取 |
| 2.5.2 PCR扩增 |
| 2.5.3 聚丙烯和琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.6 标记的选择 |
| 2.7 连锁图谱的构建 |
| 2.8 QTL定位 |
| 2.9 QTL精细定位 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 亲本表型差异 |
| 3.2 BC_4F_2群体中雄穗分枝数的QTL初定位 |
| 3.2.1 BC_4F_2群体表型分析 |
| 3.2.2 BC_4F_2群体连锁图谱的构建 |
| 3.2.3 BC_4F_2群体中雄穗分枝数的QTL定位结果 |
| 3.3 目标单株的选择 |
| 3.4 主效QTLqTBN2在BC_4F_3群体中的效应验证 |
| 3.4.1 BC_4F_3群体表型分析 |
| 3.4.2 BC_4F_3群体连锁图谱的构建 |
| 3.4.3 BC_4F_3群体的雄穗分枝数QTL定位结果 |
| 3.5 目标QTLqTBN2-2的精细定位 |
| 3.5.1 交换单株的筛选 |
| 3.5.2 qTBN2-2目标区间标记加密 |
| 3.5.3 目标QTLqTBN2-2精细定位 |
| 4 讨论 |
| 4.1 根据目标性状构建BC_4F_2的方法 |
| 4.2 交换单株的筛选 |
| 4.3 QTLqTBN2-2的精细定位 |
| 4.4 与前人研究的雄穗分枝数QTL的比较 |
| 4.5 主效QTLqTBN2-2在玉米育种中的利用 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 BC_4F_2群体30个标记引物信息 |
| 附录2 BC_4F_2群体中A17单株基因型鉴定 |
| 附录3 CTAB的配置 |
| 附录4 dNTP的配置 |
| 附录5 TBE的配置 |
| 致谢 |
（4）甜叶菊高密度遗传图谱构建及其分子标记筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1.文献综述 |
| 1.1 甜叶菊 |
| 1.1.1 甜叶菊简述 |
| 1.1.2 甜叶菊糖甙 |
| 1.1.3 甜菊糖的特点 |
| 1.1.4 甜叶菊的发展历史 |
| 1.1.5 甜叶菊遗传研究进展 |
| 1.2 遗传图谱 |
| 1.2.1 遗传图谱概述 |
| 1.2.2 遗传图谱的理论基础 |
| 1.2.3 遗传图谱的作图群体 |
| 1.2.4 分子标记遗传连锁图谱的构建 |
| 1.2.5 分子标记遗传连锁图谱的研究进展和应用 |
| 1.2.5.1 数量性状位点(QTL)定位 |
| 1.2.5.2 分子标记辅助选择育种(MAS) |
| 1.2.5.3 图位克隆 |
| 1.2.5.4 比较基因组研究 |
| 1.3 遗传标记 |
| 1.3.1 遗传标记概述 |
| 1.3.2 主要分子标记类型 |
| 1.3.2.1 简单重复序列 |
| 1.3.2.1.1 SSR在遗传多样性中的应用 |
| 1.3.2.1.2 SSR在基因定位中的应用 |
| 1.3.2.1.3 SSR在分子标记辅助选择中的应用 |
| 1.3.2.2 单核苷酸多态性 |
| 1.3.2.2.1 SNP标记在构建高密度遗传图谱上的应用 |
| 1.3.2.2.2 SNP标记在QTL上的应用 |
| 1.3.2.2.3 开发与植物性状相关的SNP标记 |
| 1.3.2.3 InDel标记 |
| 1.4 测序技术 |
| 1.4.1 第一代测序技术 |
| 1.4.1.1 测序出现的背景 |
| 1.4.1.2 第一代测序技术中的技术改进 |
| 1.4.2 第二代测序技术 |
| 1.4.2.1 Roche公司的454技术 |
| 1.4.2.2 Illumina公司的Solexa技术 |
| 1.4.2.3 ABI公司的SOLiD技术 |
| 1.4.2.4 IonTorrent |
| 1.4.3 第三代测序技术 |
| 1.4.4 RAD-seq技术 |
| 1.4.4.1 RAD-seq技术在构建遗传图谱上的应用 |
| 1.4.4.2 RAD-seq技术在分子标记开发上的应用 |
| 1.4.4.3 RAD-seq技术在植物育种中的应用 |
| 1.4.4.4 RAD-seq技术在动植物性状QTL定位上的应用 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 作图群体 |
| 2.1.2 仪器与试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA提取 |
| 2.2.2 文库构建及测序 |
| 3.结果 |
| 3.1 测序数据统计及质量评估 |
| 3.2 RADTag统计 |
| 3.3 亲本聚类组装 |
| 3.3.1 聚类 |
| 3.3.2 组装 |
| 3.4 比对 |
| 3.4.1 Reads与参考基因组比对 |
| 3.4.2 比对结果小结 |
| 3.5 群体SNP检测 |
| 3.5.1 SNP检测结果展示 |
| 3.6 SNP标记开发 |
| 3.6.1 亲本间标记开发 |
| 3.6.2 子代基因分型 |
| 3.6.3 遗传标记筛选 |
| 3.7 遗传图谱构建 |
| 3.7.1 连锁群构建 |
| 3.7.2 遗传图谱 |
| 3.7.2.1 父本图谱(nn×np) |
| 3.7.2.2 母本图谱(lm×ll) |
| 3.7.2.3 整合图谱 |
| 3.7.2.4 相邻标记间连锁关系的热图分析 |
| 4.讨论 |
| 4.1 提高采集甜叶菊叶片DNA质量的细节 |
| 4.2 高通量测序技术在种质资源和育种中的应用 |
| 4.3 运用RAD-seq技术构建遗传图谱的可行性分析 |
| 4.4 遗传距离与杂种优势 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 致谢 |
（5）向日葵抗旱性QTL定位与鉴定指标筛选研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 作物抗旱性指标筛选 |
| 1.1.1 作物抗旱性 |
| 1.1.2 抗旱性研究方法 |
| 1.1.3 作物抗旱性研究指标 |
| 1.1.4 作物抗旱性研究进展 |
| 1.2 遗传连锁图谱构建 |
| 1.2.1 遗传标记 |
| 1.2.2 构图群体 |
| 1.2.3 亲本的选配 |
| 1.2.4 数据处理 |
| 1.2.5 构图软件 |
| 1.2.6 向日葵遗传连锁图谱研究进展 |
| 1.3 QTL定位研究 |
| 1.3.1 定位原理 |
| 1.3.2 定位群体 |
| 1.3.3 定位方法 |
| 1.3.4 定位软件 |
| 1.3.5 作物抗旱性QTL研究进展 |
| 1.4 研究目的意义及技术路线 |
| 1.4.1 研究目的及意义 |
| 1.4.2 研究技术路线 |
| 2 向日葵抗旱性鉴定指标的筛选研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试材料 |
| 2.1.2 试验处理方法 |
| 2.1.3 材料种植期间降水及土壤含水量情况 |
| 2.1.4 指标测定 |
| 2.1.5 灰色关联度分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 向日葵生长指标差异及其与抗旱性 |
| 2.2.2 向日葵生理生化指标差异及其与抗旱性 |
| 2.2.3 向日葵产量指标差异及其与抗旱性 |
| 2.2.4 各性状与抗旱性指数相关分析 |
| 2.2.5 灰色关联度分析 |
| 2.3 讨论 |
| 3 向日葵重组自交系群体遗传连锁图谱构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 DNA提取及检测 |
| 3.1.3 SSR分子标记分析 |
| 3.1.4 SNP标记分析 |
| 3.1.5 遗传图谱构建 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 DNA检测结果 |
| 3.2.2 SSR引物筛选及多态性分析 |
| 3.2.3 SNP标记数据分析 |
| 3.2.4 遗传图谱构建 |
| 3.3 讨论 |
| 4 向日葵重组自交系群体抗旱相关性状QTL定位分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 实验处理方法 |
| 4.1.3 表型性状调查 |
| 4.1.4 数据分析与QTL检测 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 群体表型分析 |
| 4.2.2 性状相关性分析 |
| 4.2.3 QTL定位分析 |
| 4.3 讨论 |
| 5 向日葵高代回交抗旱选择群体产量相关性状QTL定位 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料构建 |
| 5.1.2 田间试验处理 |
| 5.1.3 表型性状调查 |
| 5.1.4 分子标记分析 |
| 5.1.5 数据处理及QTL检测 |
| 5.2 结果分析 |
| 5.2.1 轮回亲本与选择群体表型性状评价 |
| 5.2.2 耐旱选择群体产量性状相关分析 |
| 5.2.3 供体等位基因导入频率分析及卡方检验 |
| 5.2.4 抗旱产量及其相关性状QTL定位 |
| 5.3 讨论 |
| 6 结论及创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 主要创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（6）春性甘蓝型油菜遗传连锁图谱构建及开花时间的QTL定位分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 遗传连锁图谱研究进展 |
| 1.1.1 遗传连锁图谱的基本原理 |
| 1.1.2 遗传图谱的构建步骤 |
| 1.1.3 遗传连锁图谱的群体选择 |
| 1.1.4 油菜遗传连锁图谱的构建 |
| 1.2 数量性状遗传的研究进展 |
| 1.2.1 QTL定位原理 |
| 1.2.2 甘蓝型油菜主要农艺性状的QTL定位 |
| 1.3 开花时间的遗传研究 |
| 1.3.1 拟南芥开花时间的遗传调控 |
| 1.3.1.1 光周期途径 |
| 1.3.1.2 春化途径 |
| 1.3.1.3 自主途径 |
| 1.3.1.4 赤霉素途径 |
| 1.3.1.5 依据植物的年龄途径 |
| 1.3.1.6 温感应途径 |
| 1.3.2 甘蓝型油菜开花时间的研究进展 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 春性甘蓝型油菜DH群体构建 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 材料 |
| 2.2.2 方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 不同基因型，不同加倍方法成功率比较 |
| 2.3.2 不同移栽环境对单倍体加倍成功率影响 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 亲本感温性试验及DH群体开花时间遗传分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.2 方法 |
| 3.3 结果与结论 |
| 3.3.1 亲本感温性试验结果 |
| 3.3.2 开花时间遗传分析 |
| 3.3.3 X14/15 和Y14环境温度及DH系所需有效积温分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 春性甘蓝型油菜遗传图谱构建及开花时间QTL定位分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 材料 |
| 4.2.2 方法 |
| 4.2.2.1 小孢子培养、田间试验及表型调查 |
| 4.2.2.2 基因组DNA提取 |
| 4.2.2.3 标记分析 |
| 4.2.2.4 分子数据统计 |
| 4.2.2.5 遗传连锁图谱构建 |
| 4.2.2.6 开花时间QTL定位 |
| 4.2.2.7 开花时间QTL-Meta分析 |
| 4.2.2.8 开花时间上位性分析 |
| 4.3 结果与结论 |
| 4.3.1 群体多态性及偏分离分析 |
| 4.3.2 连锁图谱构建 |
| 4.3.3 开花时间QTL定位分析 |
| 4.3.4 开花时间QTL-Meta分析 |
| 4.3.5 开花时间上位性分析 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 主效QTL紧密连锁标记开发及验证 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 材料 |
| 5.2.2 方法 |
| 5.2.2.1 紧密连锁标记的开发 |
| 5.2.2.2 BnAP1候选基因确定 |
| 5.2.2.3 开发标记验证 |
| 5.3 结果与结论 |
| 5.3.1 紧密连锁标记开发 |
| 5.3.2 A7主效QTL候选基因确定 |
| 5.3.3 开发标记的验证 |
| 5.4 讨论 |
| 全文结论与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 作者简介 |
| 已发表、接受或审稿的文章 |
（7）牡丹高密度遗传图谱构建及重要性状QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 目录 |
| 英文略表 |
| 1 引言 |
| 1.1 分子标记技术的概况 |
| 1.1.1 基于DNA-DNA杂交的分子标记 |
| 1.1.2 基于PCR技术的分子标记 |
| 1.1.3 基于单碱基差异的分子标记 |
| 1.2 分子标记技术在牡丹研究中的应用 |
| 1.2.1 遗传多样性的分析 |
| 1.2.2 指纹图谱的构建 |
| 1.2.3 杂种早期鉴定 |
| 1.3 植物遗传连锁图谱构建 |
| 1.3.1 作图群体的选择 |
| 1.3.2 分子标记的选择 |
| 1.3.3 分离标记的连锁分析 |
| 1.4 植物数量性状基因定位 |
| 1.4.1 QTL定位的原理 |
| 1.4.2 QTL定位常用的方法 |
| 1.5 观赏植物遗传图谱构建及QTL定位研究概况 |
| 1.5.1 月季遗传图谱构建及重要性状QTL的研究进展 |
| 1.5.2 百合遗传图谱构建及重要性状QTL的研究进展 |
| 1.5.3 菊花遗传图谱构建及重要性状QTL的研究进展 |
| 1.5.4 康乃馨遗传图谱构建及QTL的研究进展 |
| 1.5.5 其他主要观赏植物遗传图谱构建及QTL的研究进展 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 1.7 本研究的主要内容和技术路线 |
| 2 牡丹遗传连锁图谱作图群体的选择 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 杂交群体的建立 |
| 2.1.3 杂交亲本的SSR多态性检测 |
| 2.1.4 作图群体遗传结构分析 |
| 2.1.5 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 杂交群体的建立 |
| 2.2.2 杂交亲本的SSR多态性检测 |
| 2.2.3 作图群体的遗传结构 |
| 2.3 结论与讨论 |
| 3 牡丹高密度遗传连锁图谱构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 作图群体的建立 |
| 3.1.2 基因组DNA提取 |
| 3.1.3 基于SLAF-seq技术的分子标记开发和基因分型 |
| 3.1.4 SSR引物筛选和分析 |
| 3.1.5 作图标记数据统计与分析 |
| 3.1.6 遗传连锁分析与图谱构建 |
| 3.1.7 基因组长度估算 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 牡丹基因组DNA提取 |
| 3.2.2 SLAF-seq数据分析 |
| 3.2.3 SLAF多态性分析 |
| 3.2.4 SLAF标记基因型编码和标记筛选 |
| 3.2.5 作图群体SLAF标记分离检测 |
| 3.2.6 SSR多态性分析 |
| 3.2.7 作图群体SSR标记分离检测 |
| 3.2.8 高密度遗传连锁图谱构建 |
| 3.2.9 基因组长度及图谱覆盖度 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 3.3.1 SLAF测序及标记开发 |
| 3.3.2 遗传连锁图谱构建及其应用 |
| 3.3.3 偏分离标记分析 |
| 4 牡丹F_1群体表型性状QTL分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 作图群体 |
| 4.1.2 分子标记检测 |
| 4.1.3 表型检测 |
| 4.1.4 遗传连锁图谱构建 |
| 4.1.5 QTL分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 作图群体数量性状的统计与分析 |
| 4.2.2 作图群体花色表型的分析 |
| 4.2.3 作图群体表型性状的相关性分析 |
| 4.2.4 作图群体重要性状的QTL分析 |
| 4.3 结论与讨论 |
| 4.3.1 牡丹F_1子代表型性状的遗传规律 |
| 4.3.2 表型性状的QTL分析 |
| 5 结论 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 存在问题 |
| 5.3 展望 |
| 6 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录 |
| 致谢 |
（8）花生栽培种SSR遗传连锁图谱构建及重要产量性状QTL定位分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 文献综述 |
| 1.1 花生概况 |
| 1.1.1 花生的起源和分布 |
| 1.1.2 花生属植物的分类 |
| 1.2 花生产量相关性状的研究进展 |
| 1.3 分子标记技术的发展 |
| 1.3.1 DNA 多态性研究 |
| 1.3.2 常见的几种分子标记 |
| 1.3.3 常见几种 DNA 分子标记技术的应用 |
| 1.4 SSR 分子标记在花生育种中的应用 |
| 1.4.1 花生遗传图谱构建 |
| 1.4.2 花生遗传多样性分析 |
| 1.4.3 花生分子标记辅助选择 |
| 1.5 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.5.1 亲本的选择 |
| 1.5.2 作图群体的构建 |
| 1.5.3 分子标记的筛选 |
| 1.5.4 连锁分析 |
| 1.5.5 分子标记的染色体定位 |
| 1.6 QTL 定位的研究进展 |
| 1.6.1 数量性状的研究进展 |
| 1.6.2 QTL 定位的必要条件 |
| 1.6.3 QTL 定位的原理 |
| 1.6.4 QTL 定位的方法 |
| 1.6.5 花生重要性状 QTL 定位的研究进展 |
| 1.6.6 本研究的目的和意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 花生重组自交系（白沙 1016×A.monticola）的构建 |
| 2.1.1 亲本特征 |
| 2.1.2 RIL 群体的构建 |
| 2.2 性状考查 |
| 2.3 研究用到的 SSR 引物 |
| 2.4 SSR 分子标记筛选 |
| 2.4.1 花生基因组 DNA 的提取及浓度检测 |
| 2.4.2 PCR 扩增 |
| 2.4.3 PCR 产物的电泳检测 |
| 2.4.4 电泳结果的赋值和统计 |
| 2.4.5 SSR 遗传图谱的构建 |
| 2.5 QTL 定位 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 SSR 引物多态性分析 |
| 3.2 遗传图谱的构建 |
| 3.3 QTL 定位 |
| 4 讨论 |
| 4.1 SSR 遗传图谱 |
| 4.2 产量相关性状的 QTL |
| 4.2.1 不同环境下产量相关性状的 QTL |
| 4.2.2 有关 Lg19 上的标记 ARS445 的新发现 |
| 4.2.3 遗传连锁图谱上有 5 个 QTL 分布密集区 |
| 4.3 分子标记的开发 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（9）美洲黑杨×小叶杨遗传连锁图谱构建（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 遗传图谱构建 |
| 1.1 连锁遗传图谱构建的理论基础 |
| 1.2 作图群体 |
| 1.2.1 作图群体的选择 |
| 1.2.2 作图群体大小 |
| 1.3 遗传标记类型 |
| 1.3.1 遗传标记的概述 |
| 1.3.2 DNA 分子标记的发展 |
| 1.3.3 SSR 标记的研究进展 |
| 1.3.4 SRAP 标记研究进展 |
| 1.4 图谱构建软件 |
| 1.5 林木遗传图谱构建研究进展 |
| 1.6 杨树遗传连锁图谱构建研究进展 |
| 2 遗传图谱的应用 |
| 2.1 数量性状位点（QTL）定位 |
| 2.2 比较基因组学研究 |
| 2.3 标记辅助选择 |
| 2.4 基因定位和克隆 |
| 3 林木遗传图谱构建存在的问题与发展趋势 |
| 4 本课题研究的目的及意义 |
| 第二章 美洲黑杨×小叶杨遗传连锁图谱构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 作图群体的建立 |
| 1.1.1 杂交亲本选择 |
| 1.1.2 人工杂交 |
| 1.1.2.1 父本小叶杨花粉收集 |
| 1.1.2.2 人工授粉 |
| 1.1.3 种子采收、播种育苗及苗期管理 |
| 1.1.4 作图群体大小 |
| 2 研究方法 |
| 2.1 基因组 DNA 提取与纯化 |
| 2.1.1 相关溶液配制 |
| 2.1.2 基因组 DNA 粗提取 |
| 2.1.3 基因组 DNA 纯化 |
| 2.2 SSR 分析 |
| 2.2.1 SSR 引物来源 |
| 2.2.2 SSR-PCR |
| 2.3 SRAP 分析 |
| 2.3.1 引物来源 |
| 2.3.2 SRAP 标记 PCR 体系及程序 |
| 2.4 PCR 产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 2.4.1 电泳检测试剂的配制 |
| 2.4.2 印染检测溶液的配制 |
| 2.4.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.4.4 银染检测 |
| 2.5 标记命名 |
| 2.6 条带判读 |
| 2.7 作图软件 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 作图群体的 SSR 分析 |
| 3.2 作图群体 SRAP 分析 |
| 3.3 分离类型检测结果 |
| 3.4 美洲黑杨×小叶杨遗传图谱构建 |
| 3.4.1 数据整理 |
| 3.4.2 美洲黑杨×小叶杨图谱构建 |
| 3.4.3 图谱特征及标记分布 |
| 3.4.4 基因组长度估算和图谱覆盖度估计 |
| 3.4.5 标记偏分离分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 作图群体大小 |
| 4.2 基因组 SSR 与 EST-SSR 比较 |
| 4.3 标记偏分离 |
| 4.4 图谱质量 |
| 第三章 两种作图软件的作图效率分析 |
| 1 试验材料和方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 SSR 与 SRAP 标记分析 |
| 1.3 图谱构建 |
| 1.3.1 利用 FSlinkageMap 2.0 构建美洲黑杨×小叶杨遗传连锁图谱 |
| 1.3.2 利用 JionMap 4.0 构建美洲黑杨×小叶杨遗传连锁图谱 |
| 1.3.2.1 数据整理 |
| 1.3.2.2 美洲黑杨×小叶杨图谱构建 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 两种作图软件所构图谱的连锁群数目 |
| 2.2 两种作图软件所构图谱的标记数目与顺序 |
| 2.3 标记的偏分离 |
| 3 讨论 |
| 3.1 两种作图软件所构图谱的比较 |
| 3.2 适合林木遗传图谱构建的软件 |
| 第四章 杨树遗传图谱比较研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 美洲黑杨×小叶杨与毛果杨×美洲黑杨遗传图谱比较 |
| 2.2 美洲黑杨×小叶杨与美洲黑杨×欧美杨、响叶杨×银白杨图谱比较 |
| 3 讨论 |
| 3.1 杨树图谱比较 |
| 3.2 SSR 标记在比较图谱研究中的应用 |
| 第五章 结论与展望 |
| 1 结论 |
| 1.1 作图群体的构建 |
| 1.2 两种软件构建美洲黑杨‘I-69’×小叶杨遗传连锁图谱 |
| 1.3 图谱比较分析 |
| 2 进一步研究展望 |
| 2.1 增加作图群体数量 |
| 2.2 增加分子标记种类 |
| 2.3 开展杨树 QTLs 定位与 MAS 研究 |
| 2.4 开发适用于林木遗传图谱构建的作图软件 |
| 参考文献 |
（10）栽培花生产量和品质相关性状遗传分析与QTL定位研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 花生概况 |
| 1.1.1 花生的起源、分布和分类 |
| 1.1.2 花生产量相关性状研究 |
| 1.1.3 花生品质相关性状研究 |
| 1.2 植物数量性状遗传模型研究进展 |
| 1.3 分子标记技术研究 |
| 1.3.1 分子标记类型 |
| 1.3.2 分子标记技术的应用 |
| 1.4 分子标记技术在花生中的应用 |
| 1.4.1 种质进化与遗传多样性 |
| 1.4.2 指纹图谱与品种鉴定 |
| 1.4.3 抗性标记发掘 |
| 1.4.4 遗传图谱构建 |
| 1.4.5 QTL 定位研究 |
| 1.4.6 分子标记辅助选择育种及图位克隆 |
| 2 引言 |
| 3 材料和方法 |
| 3.1 亲本选择 |
| 3.2 重组自交系群体构建 |
| 3.3 田间试验 |
| 3.3.1 田间性状调查及室内考种指标和依据 |
| 3.3.2 品质相关性状测定 |
| 3.3.3 数据分析 |
| 3.4 数量性状主基因+多基因混合遗传模型分析 |
| 3.4.1 模型分析软件 |
| 3.4.2 模型选择依据与检验方法 |
| 3.4.3 混合遗传模型类型及遗传参数 |
| 3.5 SSR 分子标记分析 |
| 3.5.1 DNA 提取 |
| 3.5.2 SSR 检测 |
| 3.5.3 带型赋值、统计 |
| 3.5.4 遗传连锁图谱构建 |
| 3.5.5 QTL 定位 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 亲本及RIL 群体各性状的变异 |
| 4.2 RIL 群体各性状间的相关性分析 |
| 4.3 产量性状的遗传分析 |
| 4.3.1 遗传模型构建 |
| 4.3.2 主茎高遗传分析 |
| 4.3.3 侧枝长遗传分析 |
| 4.3.4 总分枝数遗传分析 |
| 4.3.5 结果枝数遗传分析 |
| 4.3.6 单株饱果数遗传分析 |
| 4.3.7 百果重遗传分析 |
| 4.3.8 百仁重遗传分析 |
| 4.3.9 出仁率遗传分析 |
| 4.3.10 单株产量遗传分析 |
| 4.4 品质性状的遗传分析 |
| 4.4.1 蛋白质遗传分析 |
| 4.4.2 脂肪遗传分析 |
| 4.4.3 油酸遗传分析 |
| 4.4.4 亚油酸遗传分析 |
| 4.4.5 油亚比遗传分析 |
| 4.5 SSR 遗传连锁图谱构建 |
| 4.6 QTL 检测分析 |
| 4.6.1 应用WinQTLCart 2.5 检测 |
| 4.6.2 应用QTLNetwork 2.0 检测 |
| 5 结论与讨论 |
| 5.1 主基因+多基因混合遗传模型研究 |
| 5.1.1 利用RIL 群体进行遗传模型分析的优点 |
| 5.1.2 遗传模型在不同环境中的差异 |
| 5.1.3 遗传模型分析的意义 |
| 5.2 SSR 遗传连锁图谱研究 |
| 5.2.1 应用栽培种花生RIL 群体开展研究的必要性 |
| 5.2.2 图谱中标记分布的不均匀性 |
| 5.2.3 图谱与前人构建的野生种和栽培种遗传图谱的相似性 |
| 5.3 产量和品质相关性状QTL 研究 |
| 5.3.1 影响QTL 结果的因素 |
| 5.3.2 不同环境条件下QTL 检测效率 |
| 5.3.3 不同QTL 检测方法研究 |
| 5.4 遗传模型与QTL 的关系 |
| 5.5 产量、品质相关性状QTL 应用前景 |
| 5.5.1 QTL 连锁性状应用 |
| 5.5.2 花生重要性状QTL 定位研究展望 |
| 参考文献 |
| ABSTRACT |
四、三点自交法和两点最大似然法构建水稻F_2群体分子标记连锁图谱的比较（论文参考文献）
- [1]植物遗传连锁图谱构建最新研究进展[J]. 吴龙芬,包莹莹,张青霞,苗贵东. 科学技术创新, 2019(01)
- [2]大豆四向重组自交系群体株高发育动态播期效应的QTL分析[D]. 薛红. 东北农业大学, 2018(02)
- [3]玉米第二染色体雄穗分枝数主效QTLqTBN2-2的精细定位[D]. 林静. 四川农业大学, 2018(02)
- [4]甜叶菊高密度遗传图谱构建及其分子标记筛选[D]. 林明睿. 浙江农林大学, 2018(07)
- [5]向日葵抗旱性QTL定位与鉴定指标筛选研究[D]. 吕品. 内蒙古农业大学, 2016(03)
- [6]春性甘蓝型油菜遗传连锁图谱构建及开花时间的QTL定位分析[D]. 柳海东. 青海大学, 2015(08)
- [7]牡丹高密度遗传图谱构建及重要性状QTL分析[D]. 蔡长福. 北京林业大学, 2015(10)
- [8]花生栽培种SSR遗传连锁图谱构建及重要产量性状QTL定位分析[D]. 吕维娜. 郑州大学, 2014(02)
- [9]美洲黑杨×小叶杨遗传连锁图谱构建[D]. 李旭冉. 南京林业大学, 2012(11)
- [10]栽培花生产量和品质相关性状遗传分析与QTL定位研究[D]. 刘华. 河南农业大学, 2011(06)