一、探讨rDNA ITS区作为果蝇Drosophila nasuta分子系统发育研究的价值（论文文献综述）
李寄仟[1]（2020）在《基于5.8S、28S、ITSrDNA部分序列澜沧江、金沙江水系11种鱼类复殖吸虫的分类及分子系统发育研究》文中进行了进一步梳理复殖亚纲是物种多样性显着、生活史复杂的脊椎动物内寄生虫,全球记载有效编目包括有140多科、1000多属8000余种。我国淡水鱼类寄生复殖吸虫已记载20科35属110余种。我国淡水鱼类寄生复殖吸虫分类及编目研究亟待加强。本研究综合形态学和分子系统发育研究,对云南澜沧江水系（西双版纳和大理部分流域段）和金沙江水系曲靖德泽流域段鱼类寄生的复殖吸虫进行分类鉴定和系统发育研究。研究结果丰富了云南及我国复殖吸虫编目,初步呈现了采集水域复殖吸虫分子系统发育关系,为我国今后鱼类复殖吸虫的物种分布、寄生虫与宿主协同进化、寄生虫地理区系及种群生态学等方面的研究提供重要的科学依据。研究中共采集淡水鱼类3目11科24属27种289鱼,于长臀刀鲇（Platytropius longianalis）,黄颡鱼（Pseudobagrus fulvidraco）,鲶鱼（Parasilurus asotus）,白甲鱼（Onychostoma sima）,云南裂腹鱼（Schizothorax yunnanensis）,小裂腹鱼（Schizothorax parvus）,沼泽云南鳅（Yunnanilus paludosus）,横纹南鳅（Schistura fasciolatus）和宽纹南鳅（Schistura latifasciata）9种鱼的消化道、精巢中检获复殖吸虫6科8属11种,包括新种6种:黄颡东肌吸虫（Orientocreadium fulvidraconis sp.nov.）,版纳鲫吸虫（Carassotrema bannaensis sp.nov.）,版纳棘吻吸虫（Telorhynchus bannaensis sp.nov.）,曲靖外睾吸虫（Exorchis qujingensis sp.nov.）,德泽异肉吸虫（Allocreadium dezeensis sp.nov.）,牛栏江异肉吸虫（A.niulanjiangensis sp.nov.）;1种地理分布新纪录种:O.pseudobagri;1种已记录种:印度东肌吸虫（O.indicum）;以及3种未记录种:长臀刀鲇寄生拟前吻属未记录种（Prosorhynchoides sp.）,横纹南鳅寄生尾睾属未记录种（Urorchis sp.）,沼泽云南鳅寄生新斜孔属未记录种（Neoplagioporus sp.）。基于ITS 1-5.8S-ITS 2、5.8S-ITS 2 rDNA联合序列和28S rDNA部分序列重建了关于东肌属（Orientocreadium）、鲫吸虫属（Carassotrema）、棘吻属（Telorhynchus）、外睾属（Exorchis）和异肉属（Allocreadium）5个属复殖吸虫的系统发育关系。分子标记比对研究厘定了形态学上确定的6个新种和2个记录种。分子系统发育拓扑结构显示:（1）东肌科为斜睾总科中的一个独立的分类单元,与Leptophallidae亲缘关系近;黄颡东肌吸虫新种（O.fulvidraconis sp.nov.）可能为较为晚出现的物种且与印度东肌吸虫（O.indicum）亲缘关系近;（2）鲫吸虫属与Hapalotrema、Skrjabinolecithum亲缘关系较近;版纳鲫吸虫新种（C.bannaensis sp.nov.）可能是比朝鲜鲫吸虫（C.koreanum）更为原始的物种;（3）棘吻属隶属于前吻亚科（Prosorhynchinae）,可能是前吻亚科中较原始的群体;（4）外睾属与Tabascotrema的亲缘关系较近;曲靖外睾吸虫新种（E.qujingensis sp.nov.）与洞庭湖外睾吸虫（E.dongtinghuensis）组成外睾属进化支。（5）德泽异肉吸虫新种（A.dezeensis sp.nov.）和牛栏江异肉吸虫新种（A.niulanjiangensis sp.nov.）以高自举值单独聚为一支,且与A.neotenicum和A.lobatum的亲缘关系较近;A.gotoi与Allocreadium sp.isolate C51可能为较原始的物种;异肉属吸虫可能存在异域性物种形成（allopatric speciation）和同域性物种形成（sympatric speciation）的现象。
张红利[2]（2013）在《4种直翅目蝗虫全线粒体基因组测序及直翅目线粒体基因组比较与系统分析》文中研究指明直翅目属于节肢动物门、六足总纲、昆虫纲,是起源比较早的类群之一,已知有2万多种,广泛分布于世界各地,以热带地区种类较多。直翅目由蝗亚目（Caelifera）和螽亚目（Ensifera）两个亚目组成。目前在GenBank中虽然已经积累了47个直翅目物种的全线粒体基因组,但是主要集中于蝗亚目的蝗总科物种,螽亚目物种相对较少。迄今为止,利用比较基因组手段来探讨直翅目线粒体基因组的结构及进化特征的研究甚少;采用不同的数据集划分策略来探讨线粒体DNA（mtDNA）基因在直翅目系统研究中的作用的研究也很少,且大多研究者集中于直翅目内高级阶元的系统关系即两个亚目是否为单系群,但是利用mtDNA基因数据集对直翅目内中级阶元和低级阶元系统发育的研究甚少。直翅目中癞蝗科和槌角蝗科均属于蝗亚目物种。癞蝗科中疙蝗属同短鼻蝗属在形态上的差别微乎甚微,且均分布于我国的荒漠草原地区；而槌角蝗科大足蝗属内西伯利亚蝗同李氏大足蝗的形态上也仅仅依据前后肘脉是否合并来判定,且二者在地域分布上有交叉。这种形态相似且地域相近的物种在线粒体基因组水平上是否也很保守?本研究测定了蝗总科中3种癞蝗和1种槌角蝗的线粒体基因组全序列,并对其进行了注释和分析。在此基础上,联合GenBank中已测直翅目线粒体基因组全序列,采用生物信息学同比较基因组学相结合的方法分析了直翅目内不同阶元物种mtDNA基因的演化模式。在此基础上,基于线粒体蛋白基因密码子3位点及不同种类蛋白和rRNA不同区域构建的线粒体基因数据集对直翅目内不同分类阶元的系统发育关系进行了研究。主要研究结果如下：1.西伯利亚蝗（Gomphocerus sibiricus）、红胫波腿蝗（Asiotmethis zacharjini）、贺兰短鼻蝗（Filchnerella helanshanensis）和红缘疙蝗（Pseudotmethis rubimarginis）的mtDNA总长度分别为15590bp、15660bp、15657bp和15661bp,均编码昆虫线粒体基因组中典型的37个基因,即13个蛋白编码基因,2个rRNA基因和22个tRNA基因。4种蝗虫的mtDNA基因排序及转录方向同蝗亚目中已测物种的一致。2.从整体mtDNA、22个tRNA基因和2个rRNA基因序列计算大足蝗属内西伯利亚蝗同李氏大足蝗之间的P-距离最小,但从13个蛋白基因计算,西伯利亚蝗和西藏大足蝗间的P-距离最小。无论从核苷酸和氨基酸水平变异率还是从非同义/同义置换率的比率来分析,线粒体蛋白基因cox1、cox2、cox3和nad4L在槌角蝗科内最为保守,进化最慢,受到的净化选择功能约束最少,而atp6、atp8和nad6进化速率最快,受到自然选择压的影响较少。在4个槌角蝗trnThr的TΨC臂中第3对碱基后存在2个碱基A的插入,此特征是否为槌角蝗科的共源性状还有待证明。rrnS在西伯利亚蝗和李氏大足蝗中几乎完全一致。然而在同属的西藏大足蝗物种中rrnS结构域Ⅰ和Ⅱ却存在较大的变异区域。3.无论从线粒体全基因组整体序列还是从13个蛋白基因、22个tRNA基因或2个rRNA基因计算,4个癞蝗物种中,贺兰短鼻蝗同红缘疙蝗的P-距离均为最近。线粒体蛋白基因cox1、cox2、cytb和atp6在癞蝗科内最为保守,而nad5和nad3的进化速率相对比较快。4.在槌角蝗科和癞蝗科两个类群中,nad6和atp8都显示了非常高的AT%,在癞蝗中nad4L的A+T含量也非常高,而3个cox基因的A+T含量都为最低。除ATP8为中度的A-偏斜外,分布于J链的每个线粒体蛋白基因几乎不存在AT-偏斜性。然而由N链编码的4个蛋白基因都有显着的T-偏斜值。在4个槌角蝗和4个癞蝗物种的A+T丰富区中均找到了茎环结构,但是该二级结构在红拟棒角蝗中同其他3个槌角蝗物种中差别较大；宽纹蠢蝗同其他3个癞蝗的茎环结构差异也比较大。而且在癞蝗物种中发现了位于茎环J链序列内部的T簇。5.昆虫纲所选6个目物种的A+T含量集中在75%～80%之间；AT-skew集中于0～0.05之间,GC-skew基本为负值（C>G）,且集中于-0.3～0之间。其中,直翅目物种的A+T含量和AT-skew分布均比较分散,但二者似乎存在正相关性。直翅目碱基组成异质性分析表明,A+T含量相似、AT百分比接近平均值或亲缘关系较近的物种间ID值较小；线粒体蛋白不同密码子位点的差异指数由低到高顺序为：第2位点<第1位点<第3位点。6.线粒体13个蛋白编码基因中,cox1和cox3在直翅目大多数物种中的A+T含量普遍偏低,而atp8, nad4L和nad6的A+T含量基本偏高。在碱基偏斜方面,N-链蛋白基因的AT偏斜均为显着的T偏斜。J-链蛋白基因在螽亚目物种中基本为T偏斜,而在蝗亚目多数物种中为A偏斜。对GC偏斜而言,N链蛋白基因均为正值,而J链蛋白基因则均为负值。基于JC和K2P两种模型对直翅目内两个亚目13个线粒体蛋白基因的平均遗传距离进行分析后发现,在两个亚目中cox2变异程度都为最小,在蝗亚目中nad5变异最大,而在螽亚目中nad1变异最大。13个蛋白基因无论从核苷酸序列还是氨基酸序列的差异性进行分析,cytb基因变异程度都为最小,其次为3个cox基因,而nad6基因变异度最大。通常,氨基酸序列比核酸序列应该更加保守。然而,在13个线粒体蛋白基因中,仅在cox1基因中发现氨基酸序列相似度高于核酸序列,多数蛋白基因的氨基酸序列差异性高于或等于核酸序列,在nad6和atp8中尤为明显。7.22种线粒体tRNA基因在蝗总科各科的保守位点比例表明tRNA基因的核酸保守性有链间偏向性。16种位于J-链的tRNAs在蝗总科中核酸一致度均超过50%,另外,核酸保守度很高的trnLeuUUR, trnAsn和trnLys基因均位于J-链上。tRNA家族在癞蝗科内最为保守,其次为槌角蝗科。rrnS的3个结构域中,结构域Ⅰ在去除5’端后最为保守,其次为结构域Ⅲ,结构域Ⅱ进化速率最快。在rrnL的6个结构域中,结构域Ⅳ和Ⅴ最为保守,而结构域Ⅰ和Ⅱ进化最快。8. PCG1、PCG2、COX、COX+cytb和rRNA （C）这类保守基因或区段主要适用于分析直翅目内高级阶元的系统发育关系,如亚目及总科阶元。进化中等的PCG23及NADH基因则适用于从亚科至亚目任意一个阶元的系统关系研究,且建树方法也至关重要。rRNA （V）这种可变位点较多的区段比较适用于对亚科级阶元的系统关系研究。但是像ATP这种进化速率超快且总长度比较短的基因似乎不太适用于系统关系研究。
李远宁,马朋,刘萍,李琪[3]（2012）在《三疣梭子蟹（Portunustri tuberculatus）4个野生群体ITS1序列分析及系统进化分析》文中进行了进一步梳理对我国沿海4个野生群体三疣梭子蟹的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,获得长度为515—571bp的ITS1核苷酸序列,在4个群体的三疣梭子蟹中共检测到变异位点56个,多态位点比例为9.5%,其中简约信息位点25个,共检测到40种单倍型。通过统计单倍型多态性、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,结果显示:舟山群体多样性指数最高,其次是鸭绿江口群体和海洲湾群体,莱州湾群体最低。在三疣梭子蟹ITS1序列中共发现5种微卫星位点,AMOVA分析结果显示4个群体间的遗传差异显着。另外,将本研究所得序列结合GenBank数据库中十足目12种蟹ITS1序列构建系统进化树,系统树显示同属的不同种各自聚支,与形态学分类吻合。
郭维[4]（2012）在《寄生蚌螨的分子鉴定及线粒体12Sr RNA基因序列分析》文中研究说明蚌螨隶属于蚌螨属,绝大多数营寄生生活,宿主隔离造成了蚌螨成螨形态特征分化。以成螨的形态特征对蚌螨进行种属分类存在较大争议,而通过对蚌螨幼螨形态特征的比较,可以对成螨的分类地位更准确地判定。蚌螨幼螨个体较小,利用常规的形态学方法难以分辨其具体种属,本研究利用分子生物学技术对寄生在褶纹冠蚌上的蚌螨虫卵12S rRNA基因片段加以扩增,测序并结合GenBank数据库中的蚌螨12S rRNA基因片段序列进行比对分析,鉴定出蚌螨卵,并对孵化后的幼螨、若螨进行形态描述。结果显示所测蚌螨卵12S rRNA基因片段与Unionicola sp的序列同源性达到了94.8%,遗传距离最小（0.052）,属于种内遗传差异,推测蚌螨卵是蚌螨Unionicola sp子代。同时比较寄生蚌螨Unionicola sp与弯弓蚌螨U. arcuata12S rRNA基因片段遗传差异与形态学特征,推断出Unionicola sp是弯弓蚌螨的一个隐藏种。此外,本研究还对寄生在褶纹冠蚌身上的短足蚌螨U. brevipedalis12S rRNA基因全序列加以扩增、测序与分析,获得短足蚌螨12S rRNA基因全序列648bp长的碱基序列,与鳌爪蚌螨U. chelata的遗传差异最小,为0.987；与台湾蚌螨U. ypsilophora最大,为1.073。进化树显示短足蚌螨单独聚为一支,靠近今村蚌螨U. imamurai;根据短足蚌螨殖吸盘板的特别的形态特征,推断短足蚌螨是较为古老的蚌螨种。
贾玉迪[5]（2011）在《基于线粒体COI基因研究松毛虫部分种类亲缘关系》文中研究指明为了研究松毛虫属7个主要种类的系统发育和亲缘关系,作者总结了前人的研究方法,对近年来的技术进展和应用情况做了综述,并对7个种类的松毛虫线粒体COI基因进行了测序。另外,对部分松毛虫线粒体基因COII、ND1、Cytb、16S和核糖体内转录间隔区ITS1和ITS2部分序列以及核基因延伸因子EF-1a进行了初步研究,结果如下:马尾松毛虫、油松毛虫、赤松毛虫和落叶松毛虫的线粒体COI基因部分序列均为636bp,碱基的平均频率为A=34.75%,T/U=34.75%,C=15.25%,G=15.25%。马尾松毛虫遗传多样性最高（核酸多样度为3.93%）,落叶松毛虫最低（0.629%）。4种松毛虫间的遗传距离由远及近为落叶×赤（0.083）>落叶×马尾（0.068）>落叶×油（0.066）>赤×油（0.057）>马尾×赤（0.054）>马尾×油（0.012）。系统树上不能显着区分油松毛虫和马尾松毛虫,两者为同一物种。COI结果支持目前的分类系统。COI基因能够用于4种松毛虫之间的亲缘关系研究,适合作为种间的分子分类标记应用于松毛虫属昆虫分类鉴定。利用COI序列推测马尾松毛虫、文山松毛虫、油松毛虫、赤松毛虫、落叶松毛虫、思茅松毛虫和云南松毛虫的进化顺序。经过替代模型和参数筛选,最佳模型和参数为T92+G （Tamura 3-parameter）。将黄褐天幕毛虫作为外群,用MEGA5.0软件分别使用NJ和MP方法构建系统发育树,结果显示两个系统树是一致的。7种松毛虫形成两个分支,一支为思茅松毛虫和云南松毛虫,其余的5种松毛虫形成另一个分支,马尾松毛虫和其它3个地理亚种聚到一起,再和落叶松毛虫聚到一起。结合COI的遗传距离,七种松毛虫演化顺序推测如下:马尾松毛虫、油松毛虫、赤松毛虫和落叶松毛虫拥有共同的祖先;思茅松毛虫和云南松毛虫拥有共同的祖先。油松毛虫和云南松毛虫出现的时间接近;赤松毛虫、落叶松毛虫和思茅松毛虫出现的时间接近,比油松毛虫晚;思茅松毛虫和马尾松毛虫不是由同一祖先演化而来。结合杂交遗传学、化学生态学和地统计学证实,松毛虫属昆虫的系统进化和地理分布有着必然的联系。线粒体基因COII结果和COI一致,均可以用于松毛虫种间的系统发育研究;而Cytb的结果和其他基因有较大差异。ND1得到的序列太短,包含的信息少,需要重新设计引物再进行研究。核糖体基因ITS1序列和ITS2序列相比较,ITS2更适合于松毛虫种下分化的研究。而16S由于较高的保守性,不适合应用在松毛虫种间水平的研究。
廖芳[6]（2010）在《重要植物疫害的检测鉴定及分子系统学研究》文中指出有害生物入侵已成为对生物多样性构成严重威胁的第二大因素,仅次于生态环境的破坏,引起世界各国普遍关注。我国是农产品贸易的第四大进口国和第五大出口国,是全球受外来生物入侵影响最大的国家之一,随着我国对外贸易的进一步扩大,植物及其产品的调运日趋频繁,伴随着旅游业的大发展,外来有害生物入侵的形势愈加严峻,已经成为危害我国生物多样性、生态环境和国民经济的一个十分重要和紧迫的问题。加强口岸检疫,构筑防范外来疫害入侵的第一道屏障,对保障我国农业生产安全,服务于农产品的出口和国内贸易具有重大的现实意义。近年来,顺应城市园林绿化和农牧业的需求,国外大量草种进入我国,尤其早熟禾、黑麦草、雀麦、紫羊茅和翦股颖等禾本科草种进口量大,它们是腥黑粉菌的重要寄主,腥黑粉菌严重影响其产量和品质,其中小麦矮腥黑穗病（Tilletia controversa Kuhn, TCK）是我国规定禁止进境的植物检疫性有害生物,既为害小麦,又感染多种禾本科草种。这些草种还传带其它在我国尚未发生的腥黑粉菌,作为土传种带真菌病害,一旦传入,防治、根除非常困难。本研究建立了黑麦草上3种具网纹状、冬孢子形态相似的腥黑粉菌TCK、T. lolii及T. vankyi的三重PCR检测方法,用于检测菌丝和冬孢子基因组DNA,实现对三种腥黑粉菌的同时检测,降低了检测成本,便于口岸推广应用；建立了雀麦上T.bromi的分子检测方法,用于检测菌丝和冬孢子基因组DNA；建立了翦股颖上T. sphaerococca和TCT菌丝的双重PCR和冬孢子的套式双重PCR检测方法；建立了紫羊茅上T. vankyi分子检测方法,用于检测菌丝和冬孢子基因组DNA；建立了早熟禾上T.sp.和T. fusca菌丝的双重PCR和冬孢子的套式双重PCR检测方法,并基于IGS1基因的Tilletia属的系统进化分析显示T.sp.与T. bromi的亲缘关系较近,与T. fusca亲缘关系相对较远；针对禾本科草籽上2种腥黑粉菌新种T. vankyi和T. puccinelliae进行了形态学及萌发生理特性的研究。研究结果被纳入2篇新种发布的文献；并进行了2个新种基于IGS1基因序列的系统进化分析,结果与2篇新种发布文献的结论一致；建立了黑麦草、雀麦、翦股颖、紫羊茅和早熟禾5类禾本科草种上腥黑粉菌的检疫鉴定程序。大豆是我国重要的粮食作物,近年来进口量激增。菜豆荚斑驳病毒（Bean pod mottle virus,bpMV）是我国规定禁止进境的植物检疫性病毒,能导致大豆品质降低和产量下降,可随种子进行远距离传播,是大豆上一种非常重要的种传病害,我国未分布。本研究针对进口大豆BPMV的检测,建立了一步法RT-PCR和一步法实时荧光RT-PCR检测方法。依据BPMV的外壳蛋白编码基因设计了特异引物和特异Taqman探针,特异引物的扩增片段约为500bp,阳性质粒的实时荧光PCR方法的检测下限为20fg/μL,是一步法RT-PCR方法的100倍,检测时间由至少8h缩短至4h,一步法实时荧光RT-PCR方法具有快捷、灵敏、准确和简便的特点,适于口岸检测；种脐色斑与病毒携带相关性分析表明,种脐褐色斑驳的大豆种子BPMV检测呈阳性,大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus, SMV）检测呈阴性,种脐黑色斑驳的大豆种子SMV检测呈阳性,BPMV检测呈阴性,种脐褐色斑驳的大豆种子DAS-ELISA检测表明不携带其它8种大豆种传病毒；基于BPMV的外壳蛋白编码基因的系统进化分析表明从进境美国大豆截获的BPMV分离物可能归属于亚组Ⅱ。美国白蛾（Hypantria cunea Drury）是世界性检疫害虫,适应性强,食性杂,给森林树种、园林绿化树种及果树造成严重危害。线粒体基因组具有基因组小、基因组成稳定、普遍为母性遗传和较少发生重组等特点,成为基因组学和进化研究的理想材料。相对于鳞翅目庞大的类群,已测定的鳞翅目线粒体基因组的种类非常有限,因此,对鳞翅目线粒体基因组进行测序和分析,对揭示鳞翅目线粒体基因组的进化以及研究鳞翅目超家族间复杂的系统发育关系具有重要意义。本研究对美国白蛾进行了线粒体基因组全序列的测定,其线粒体全基因组序列为15481bp,环状双链,具有鳞翅目线粒体基因组典型的基因构成和顺序；其tRNAMet基因易位到tRNAIle基因的5′端上游位置,与果蝇中推定的昆虫祖先基因排列存在差异；mtDNA组成偏好于碱基A和T,AT含量高达80.38%,其AT组成偏好性呈现出弱阳性（0.010）,表明AT碱基中偏好使用A；13个蛋白编码基因中,除COI之外的所有蛋白编码基因均以典型的ATN作为起始密码子,美国白蛾的COI基因起始密码子暂定为CGA,13个蛋白编码基因中有4个采用了不完整的T或者TA作为终止密码子；tRNASer（AGN）的二氢尿嘧啶臂（DHU）不能形成稳定的茎环结构,其他所有的tRNAs都具有线粒体tRNA典型的三叶草二级结构；在tRNASer（AGN）和ND1之间的基因间隔区序列具有鳞翅目保守的ATACTAA模序；美国白蛾357bp的A+T富集区由非重复性序列构成,其特征序列包括ATAGA模序后紧随18bp的poly-T stretch, ATTTA模序后紧随的微卫星样的（AT）8单元,最后是一个11bp的poly-A位于tRNAMet基因上游；根据已有鳞翅目昆虫线粒体基因组序列进行的系统发育分析表明,三种夜蛾总科昆虫中,美国白蛾与舞毒蛾亲缘关系较近,与大袋蛾亲缘关系较远,结果还支持夜蛾总科（美国白蛾、舞毒蛾和大袋蛾）与尺蛾总科（桑尺蠖）是单系发生的假说,然而凤蝶总科（褐脉粉蝶、苎麻珍蝶和纹蝶）处于鳞翅目单系的基部,这一结果与传统分类结论不同。高梁属中有重要的粮食作物和优良牧草,也有我国规定禁止进境的三种检疫性杂草假高粱、黑高粱和丝克高粱。根据GenBank中高粱Sorghum bicolor的adh1全基因设计引物,扩增并测定了8个植物材料约2000bp的adhl基因部分序列,结合GenBank中24个Sorghum属种的同源序列,分别构建了MP、ML和NJ三种分子进化树,得到了基本相同的拓扑结构,结果表明：（1）高梁属可明显分为三大支,一支是Eusorghum亚属,一支是Chaetosorghum和Heterosorghum两个亚属,这两个分支包含2n=20、40,染色体较小的种类,另一分支包括Parasorghum和Stiposorghum两个亚属,包含2n=10的种类和它们的多倍体近缘种,染色体相对较大；（2）Eusorghum亚属中,三种检疫性杂草S. halepense、S. almum、S. silk与其它形态近似种S. bicolor及其亚种S. arundinaceum、S.sudanense、S. propinquum聚为一类,与形态学的研究结论一致,S. silk、S. sudanense和S. almum表现出较近的亲缘关系；（3）S. almum的Adh1基因表现出明显的地理分化；（4）Parasorghum亚属的S. purpureosericeum和S. versicolor、S. nitidum和S. leiocladum聚在一起,而该亚属中的S. matarankense、S. grande、S. timorense却与亚属Stiposorghum的种聚在一起,表现出更近的亲缘关系；（5）S. macrospermum和S. laxiflorum之间具有最近的亲缘关系。本研究建立了口岸经常截获、已对我国农业生产造成现实威胁的5类禾本科草种上腥黑粉菌、大豆种传菜豆荚斑驳病毒的分子检测技术,用于口岸近缘种及株系的甄别、国内田间病害早期诊断和疫情动态监测,并对网状腥黑粉菌、菜豆荚斑驳病毒、美国白蛾、高粱属中3种检疫性杂草进行了分子系统学研究。研究结果有助于从分子水平阐明种间的系统进化关系及病毒的株系分化,不仅具有重大的理论意义,同时在农业植保实践中也具有重要的应用价值,以明确其分类地位,补充和完善传统分类方法,为检疫提供分子水平依据。本研究对于增强我国防范农业植物外来疫害入侵和扩散的检疫监控能力,提高我国农业植物疫害生物检验检疫整体水平,确保农产品的生产安全,促进农产品顺利出口具有重要的政治意义和经济意义。
于志辉[7]（2010）在《秦岭地区橄榄秦岭蝗的谱系地理学研究》文中提出橄榄秦岭蝗（Qinlingacris elaeodes）是我国特有属秦岭蝗属（Qinlingacris Yin et Chou）的代表种类,仅分布在秦岭山脉海拔2300m以上的低温地区,其在秦岭山区呈离散的岛屿状分布。在地质历史上,这一高海拔地区曾经历了四次冰川作用,至今在海拔3000m以上地带,仍保存着末次冰期的完整遗迹。由于刚脱离末次冰期不久,这些中高山地带仍被冰缘气候笼罩。因此,对秦岭蝗属的种群分化及遗传多样性进行研究,可以揭示秦岭地区的环境变化对生物进化,特别是种下进化的影响。同时,也能为蝗虫（特别是短翅类蝗虫）的物种形成机制的研究提供参考。本研究选取橄榄秦岭蝗的10个地理种群进行研究。首先,选取线粒体COII基因和核ITS基因作为分子标记,通过PCR产物的测序得到基因序列,并对三个数据集（COII、ITS、COII+ITS）采用邻近结合法（neighborjoining, NJ）、最大简约法（maximum parsimony, MP）和最大似然法（maximum-likelihood, ML）进行种群系统发育关系的重建。其次,通过形态测量数据的聚类分析与方差分析,对8个种群的地理演化关系进行研究。此外,本文还对橄榄秦岭蝗的AFLP反应体系进行探索和优化,建立了适合于橄榄秦岭蝗的AFLP反应体系,成功筛选出8对多态性良好的引物,获得条带清晰的指纹图谱。实验结论如下：1、本研究对橄榄秦岭蝗COII基因、ITS基因以及COII&ITS联合数据三个数据集采用NJ法、MP法和ML法构建系统发育树。结果显示：橄榄秦岭蝗10个种群30个个体的聚类情况与其所处的地理位置基本一致。牛背梁光头山种群和秦岭太白山种群被明显分开,太白山9个种群又分为南坡和北坡种群。南坡种群的个体优先按照其分布位置聚为一支,北坡种群虽聚为一支,但各种群的个体表现出一定的混聚现象。本研究所得结论：①秦岭对橄榄秦岭蝗的分布及南北坡种群的基因交流确有一定的阻隔作用；②在第四季冰期期间,太白山南北坡低海拔地区,至少各有一个避难所：③太白山南北坡分界线在大爷海和大文公庙之间的拔仙台一带。2、基于橄榄秦岭蝗雌雄个体的形态特征及雄性肛上板特征的聚类结果显示：橄榄秦岭蝗形态特征的聚类结果虽没有完全按照各个种群的地理分布位置相聚,但部分种群还是明显分为南坡种群与北坡种群两个分支,说明秦岭对南北坡橄榄秦岭蝗的分布及基因交流确有阻隔作用。牛背梁光头山种群没有被明显分出,且总是与北坡小文公庙种群聚为一支,需要进一步研究来解释该现象。3、橄榄秦岭蝗AFLP反应体系的探索研究表明：①DNA提取过程中增加RNA酶消化步骤和延长酚／氯仿抽提时间,可以得到高纯度DNA；②使用EcoRⅠ和MseⅠ进行双酶切、两步法AFLP扩增及所筛选的8对选择性引物,可以得到清晰的AFLP指纹图谱：③凝胶银染过程中,55℃染色、显色效果较好,氢氧化钠显色液比碳酸钠显色液效果好。
程剑[8]（2008）在《基于COI基因和ITS2基因序列对寄生蚌螨系统发育的研究》文中研究指明寄生蚌螨是一类在淡水水域中营寄生生活的水生螨类,是淡水贝类主要的寄生虫。我国已知的寄生蚌螨主要有:弯弓蚌螨Unionicola arcuata、Y纹蚌螨Unionicola ypsilophora、螯爪蚌螨Unionicola chelata、敏捷蚌螨Unionicola agilex等。各种寄生蚌螨在外部形态上差异很小,其分类往往是基于形态特征。此外,其繁殖力强、世代周期短、发育进度快、能与宿主产生协同进化而造成在形态上的差异。因此,寄生蚌螨分类的各个阶元或多或少存在系统学的争议。本研究从长江中下游主要湖泊（鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪湖）采集到的寄生于淡水贝类中的5种寄生蚌螨和1种自由生活的厚蚌螨Unionicolacrassipes,测定了17个样品的线粒体COI基因和核糖体ITS2区段部分序列,通过对其基因序列的分析来探讨其系统发育,主要结论如下:1.基于mtDNA COI基因序列分析表明,螯爪蚌螨和弯弓蚌螨之间的亲缘关系最远,壮肢蚌螨和螯爪蚌螨之间的亲缘关系最近。从系统发育树上可以看出弯弓蚌螨在所研究的寄生蚌螨中为相对进化种,而敏捷蚌螨可能是最早从自由生活的蚌螨祖先中分化出来的种,为相对原始种。2.基于rDNA ITS2区段序列分析表明,敏捷蚌螨和壮肢蚌螨之间的亲缘关系最远,壮肢蚌螨和弯弓蚌螨之间的亲缘关系最近。从系统发育树上可以看出弯弓蚌螨在所研究的寄生蚌螨中为相对进化种,而Y纹蚌螨可能是最早从蚌螨祖先中分化出来的种,为相对原始种。3.结合这两个分子标记综合分析显示,COI基因和ITS2基因均富含A+T。长江中下游不同湖泊对寄生蚌螨的遗传差异较小,而宿主的特异性是影响寄生蚌螨遗传分化的主要因素。弯弓蚌螨在所研究的寄生蚌螨中为相对进化种,鉴于相对原始种及其亲缘关系在COI和ITS2分子标记中不稳定,需要借助于形态鉴定和分子标记相结合来确定,这也是解决物种分类和鉴定难题的必然途径。
王俊杰[9]（2008）在《骆驼生活环境蝇种鉴定及角蝇ITS序列检测与分析》文中提出为了调查我国骆驼斯氏副柔线虫病传播媒介的种类,并建立一种能快速准确筛选疑似传播媒介的分子生物学方法,本研究采集内蒙古戈壁地区骆驼主产地骆驼生活环境中的蝇类,利用传统的形态学分类方法进行了种属鉴定;并根据斯氏副柔线虫的ITS全序列设计引物,从各种蝇体内扩增斯氏副柔线虫的ITS序列,进行可疑传播媒介的筛选;并对疑似传播媒介-西方角蝇和截脉角蝇rDNA的ITS基因序列进行了扩增和测序,用DNAStar5.0软件进行了比对分析。结果表明:内蒙古戈壁地区骆驼主产地骆驼生活环境中有3科5属11种蝇;从其中的西方角蝇中扩增出一段与斯氏副柔线虫ITS序列同源性达99.2%的片段;西方角蝇和截脉角蝇的ITS基因片段大小分别为994bp和962bp,两种角蝇ITS基因序列的遗传相似性为86.8%,差异性为14.9%,差异包括碱基的插入与缺失、替换与颠换,共有190个识别位点,并全部集中在ITS1和ITS2区。论文详细描述了骆驼生活环境中各种蝇的形态学特征,附有各蝇种的整体彩图和具有鉴定意义的局部彩图,弥补了一般检索工具书只有文字描述而没有图片的缺陷,编制了骆驼生活环境蝇种检索表;探索出了比传统方法省时省力,且能快速筛选斯氏副柔线虫可疑传播媒介的分子生物学方法;填补了国内外在西方角蝇和截脉角蝇分子生物学研究方面的一些空白,为西方角蝇和截脉角蝇及其幼虫的种类鉴定提供了分子识别标记,对今后角蝇属种系发生关系和分类的研究具有重要的意义。上述研究成果为弄清我国骆驼斯氏副柔线虫病的确切传播媒介奠定了重要基础。
杨慧[10]（2008）在《福建橘小实蝇种群分化的初步研究》文中提出橘小实蝇Bactrocera dorsalis（Hendel）,可为害40科的250多种果蔬,是许多具有重要经济价值的热带和亚热带水果的主要害虫。在我国,橘小实蝇主要分布于长江以南诸省区,福建省是严重为害地之一,每年损失上亿元。因此,有必要深入开展研究,为橘小实蝇的持续控制和综合治理提供科学依据。本研究测定了橘小实蝇的mtDNA COI基因序列、核rDNA-ITS1基因序列和室内人工饲养种群的mtDNA COI基因序列,共获得47条基因片段。综合运用MEGA和DnaSP等分子遗传分析软件分析所获得序列,并与已发表的橘小实蝇及其近缘种的相关序列进行比较,结合福建地理状况,得出了福建橘小实蝇的种群遗传分化情况;饲养种群与野生种群的遗传差异;福建橘小实蝇种群与其他国家、地区的橘小实蝇及橘小实蝇近缘种之间的遗传差异情况。分析橘小实蝇的mtDNA COI基因序列,得到了32个单倍型,各个种群均具各自独享的单倍型,已存在一定的分化,但单倍型的分布较散乱,单倍型间的基因流较大,分化程度较低,种群间的交流较为频繁。分析遗传变异指数、遗传距离等参数可知:沿海分布的橘小实蝇种群分化较小,厦门、泉州种群间的遗传变异指数Fst值最低;而沿山带分布的龙岩种群的种内遗传距离较大,存在较大的遗传分化;饲养种群的各个参数值均较高,与野生种群的差异较大。结果表明,福建境内不同发生区的橘小实蝇种群之间已经存在一定的分化,但分化程度不高,也存在较大的基因交流;室内饲养种群与野生种群之间存在较大遗传分化,但仍属于种内分化,在今后的饲养中要注意质量控制。采用核rDNA-ITS1基因序列的分析表明,橘小实蝇各个地理种与其近缘种的核rDNA-ITS1基因相似度均在94.6%以上,遗传距离为0.01,均表明遗传差异甚小,遗传分化程度很低。初步探讨了rDNA-ITS1基因序列在橘小实蝇种下及近缘种间的遗传研究应用价值,认为橘小实蝇核rDNA-ITS1基因序列较mtDNA COI保守,在橘小实蝇及其复合体的研究中并不是良好的遗传标记。同时,橘小实蝇是橘小实蝇复合体的主要成员,与橘小实蝇复合体内的近缘种之间联系密切。本研究概述了橘小实蝇复合体的分类鉴定,特别是分子遗传鉴定的进展。在橘小实蝇复合体系统发育研究的背景下,进行橘小实蝇种群分化,地理种群的遗传关系的研究,才具有更确切的遗传学依据。
二、探讨rDNA ITS区作为果蝇Drosophila nasuta分子系统发育研究的价值（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、探讨rDNA ITS区作为果蝇Drosophila nasuta分子系统发育研究的价值（论文提纲范文）
（1）基于5.8S、28S、ITSrDNA部分序列澜沧江、金沙江水系11种鱼类复殖吸虫的分类及分子系统发育研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 复殖吸虫及其分类学研究 |
| 1.1 鱼类复殖吸虫概述 |
| 1.2 鱼类复殖吸虫的分类学研究概述 |
| 1.2.1 复殖吸虫的分类系统研究 |
| 1.2.2 复殖吸虫多样性及形态学分类鉴定 |
| 1.2.3 复殖吸虫核糖体序列研究概述 |
| 1.3 我国淡水鱼类复殖吸虫的分类学研究 |
| 1.3.1 我国淡水鱼类复殖吸虫研究概述 |
| 1.3.2 我国淡水鱼类复殖吸虫分子生物学研究概述 |
| 1.4 云南澜沧江、金沙江水系鱼类多样性概述 |
| 第2章 澜沧江、金沙江水系11种鱼类复殖吸虫的形态分类学研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和实验方法 |
| 2.2.1 标本材料获取 |
| 2.2.2 实验试剂及器材 |
| 2.2.3 宿主鱼类的分类鉴定及保存 |
| 2.2.4 复殖吸虫样本的获取及装片制作 |
| 2.2.5 复殖吸虫的形态学鉴定依据和方法 |
| 2.3 澜沧江、金沙江水系11种鱼类复殖吸虫的形态分类 |
| 2.3.1 东肌科(Orientocreadiidae Skrjabin et Koval,1960) |
| 2.3.2 单孔科(Haploporidae Nicoll,1914) |
| 2.3.3 牛首科(Bucephalidae Poche,1907) |
| 2.3.4 隐殖科(Cryptogonimidae Ward,1917) |
| 2.3.5 异肉科(Allocreadiidae Looss,1902) |
| 2.3.6 孔肠科(Opecoelidae Ozaki,1925) |
| 2.4 复殖吸虫形态分类学研究讨论 |
| 2.4.1 东肌属(Orientocreadium Tubangui,1931)的形态分类学 |
| 2.4.2 鲫吸虫属(Carassotrema Park,1938)的形态分类学 |
| 2.4.3 拟前吻属(Prosorhynchoides Dollfus,1929)的形态分类学 |
| 2.4.4 棘吻属(Telorhynchus Crowcroft,1947)的形态分类学 |
| 2.4.5 外睾属(Exorchis Kobayashi,1921)的形态分类学 |
| 2.4.6 异肉属(Allocreadium Looss,1900)的形态分类学 |
| 2.4.7 尾睾属(Urorchis Ozaki,1927)的形态分类学 |
| 2.4.8 新斜孔属(Neoplagioporus Shimazu,1990)的形态分类学 |
| 2.4.9 本研究中我国6属鱼类复殖吸虫检索表 |
| 第3章 澜沧江、金沙江水系11种鱼类复殖吸虫的分子鉴定及系统发育研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 分子鉴定和系统发育研究实验方法 |
| 3.2.1 实验试剂及器材 |
| 3.2.2 复殖吸虫总DNA的提取 |
| 3.2.3 PCR扩增及序列分析方法 |
| 3.3 鱼类复殖吸虫的分子鉴定及系统发育研究 |
| 3.3.1 基于28S rDNA部分序列东肌属(Orientocreadium)3 种复殖吸虫的分子鉴定及系统发育 |
| 3.3.2 基于ITS1-5.8S-ITS2rDNA联合序列鲫吸虫属(Carassotrema)1 新种的分子鉴定及系统发育 |
| 3.3.3 基于28SrDNA部分序列棘吻吸虫属(Telorhynchus)1 新种的分子鉴定及系统发育 |
| 3.3.4 基于5.8S-ITS2 rDNA联合序列外睾属(Exorchis)1 新种的分子鉴定及系统发育 |
| 3.3.5 基于28S rDNA部分序列异肉属(Allocreadium)1 新种的分子鉴定及系统发育 |
| 3.4 分子鉴定及系统发育研究讨论 |
| 3.4.1 基于28S rDNA部分序列东肌属(Orientocreadium)的分子鉴定及系统发育 |
| 3.4.2 基于ITS1-5.8S-ITS2 rDNA联合序列鲫吸虫属(Carassotrema)的分子鉴定及系统发育 |
| 3.4.3 基于28S rDNA部分序列棘吻属(Telorhynchus)的分子鉴定及系统发育 |
| 3.4.4 基于5.8S-ITS2 rDNA联合序列外睾属(Exorchis)的分子鉴定及系统发育 |
| 3.4.5 基于28S rDNA部分序列异肉属(Allocreadium)的分子鉴定及系统发育 |
| 第4章 结论与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1:本研究获得复殖吸虫的核糖体基因部分序列 |
| 附录2:本研究记述的11种鱼类复殖吸虫名录 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 基金项目资助情况 |
| 致谢 |
（2）4种直翅目蝗虫全线粒体基因组测序及直翅目线粒体基因组比较与系统分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 线粒体基因组的基本特征 |
| 1.1.1 结构特征 |
| 1.1.2 各组分特征 |
| 1.1.3 应用价值 |
| 1.2 比较基因组学概述 |
| 1.2.1 全基因组的比较研究 |
| 1.2.2 系统发生的进化关系分析 |
| 1.3 系统进化 |
| 1.3.1 不同的数据集对系统的影响 |
| 1.3.2 数据处理对系统构建的影响 |
| 1.4 论文的研究意义与总体思路 |
| 1.4.1 论文的研究背景及意义 |
| 1.4.2 论文的总体思路与框架 |
| 第2章 四种直翅目蝗虫线粒体全基因组结构分析 |
| 2.1 基本材料和方法 |
| 2.1.1 昆虫样品采集与形态学鉴定 |
| 2.1.2 主要仪器与试剂 |
| 2.1.3 实验方法 |
| 2.2 结果分析 |
| 2.2.1 西伯利亚蝗线粒体基因组的基本特征 |
| 2.2.2 红胫波腿蝗线粒体基因组的基本特征 |
| 2.2.3 贺兰山短臂蝗线粒体基因组的基本特征 |
| 2.2.4 红缘疙蝗线粒体基因组的基本特征 |
| 第3章 直翅目线粒体基因组碱基组成演化模式 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 序列来源 |
| 3.1.2 分析方法 |
| 3.2 结果分析 |
| 3.2.1 昆虫纲线粒体基因组碱基组成演化模式 |
| 3.2.2 直翅目线粒体总蛋白基因的碱基组成异质性分析 |
| 3.2.3 蛋白编码基因碱基组成的链间偏向性 |
| 3.2.4 13个线粒体蛋白基因的序列特征 |
| 3.2.5 tRNA基因的长度变异及序列分化 |
| 3.2.6 rRNA基因的长度变异及序列分化 |
| 第4章 槌角蝗科线粒体基因组比较研究 |
| 4.1 13个线粒体蛋白基因的长度变异及序列分化 |
| 4.1.1 长度变异 |
| 4.1.2 核苷酸和氨基酸序列变异 |
| 4.1.3 遗传P-距离分析 |
| 4.1.4 非同义与同义置换率的比率分析 |
| 4.2 线粒体蛋白基因碱基组成的链间偏向性 |
| 4.3 全线粒体基因组分区域的碱基组成比较 |
| 4.3.1 A+T含量(AT%) |
| 4.3.2 AT-偏斜和GC-偏斜 |
| 4.4 线粒体各蛋白基因的碱基组成 |
| 4.4.1 A+T含量(AT%) |
| 4.4.2 AT-偏斜和GC-偏斜 |
| 4.5 tRNA二级结构的比较 |
| 4.6 rrnS和rrnL二级结构的比较 |
| 4.6.1 rrnS的比较 |
| 4.6.2 rrnL的比较 |
| 4.7 A+T丰富区的比较 |
| 第5章 癞蝗科线粒体基因组比较研究 |
| 5.1 13个线粒体蛋白基因的长度变异及序列分化(每个PCG) |
| 5.1.1 长度变异 |
| 5.1.2 核苷酸和氨基酸序列变异 |
| 5.1.3 遗传P-距离及非同义与同义置换率的比率分析 |
| 5.2 线粒体蛋白基因碱基组成的链间偏向性 |
| 5.3 全线粒体基因组分区域的碱基组成比较 |
| 5.3.1 A+T含量(AT%) |
| 5.3.2 AT-偏斜和GC-偏斜 |
| 5.4 线粒体各蛋白基因的碱基组成 |
| 5.4.1 A+T含量(AT%) |
| 5.4.2 AT-偏斜和GC-偏斜 |
| 5.5 A+T丰富区的比较 |
| 第6章 基于线粒体基因组序列的直翅目昆虫系统发育关系 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 外类群的选择 |
| 6.1.2 参考数据序列来源 |
| 6.1.3 序列比对及修饰 |
| 6.1.4 构建系统发育树 |
| 6.2 结果分析 |
| 6.2.1 基于蛋白密码子位点数据集构建系统树 |
| 6.2.2 基于不同蛋白类型及rRNA不同区段数据集构建系统树 |
| 第7章 总结 |
| 7.1 结果与讨论 |
| 7.1.1 槌角蝗科线粒体基因的序列特征 |
| 7.1.2 癞蝗科 |
| 7.1.3 两科内整体碱基组成共同特性 |
| 7.1.4 昆虫纲线粒体基因组碱基组成演化 |
| 7.1.5 不同数据集的系统建树分析 |
| 7.2 创新之处 |
| 7.3 不足之处 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间研究成果 |
（3）三疣梭子蟹（Portunustri tuberculatus）4个野生群体ITS1序列分析及系统进化分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 基因组DNA的提取与检测 |
| 1.2.2 PCR扩增 |
| 1.2.3 序列测定 |
| 2 结果 |
| 2.1 序列分析 |
| 2.2 群体间的遗传结构分析 |
| 2.3 遗传距离与系统进化关系 |
| 3 讨论 |
| 3.1 目的片段序列分析 |
| 3.2 遗传多样性分析 |
| 3.3 系统进化关系 |
（4）寄生蚌螨的分子鉴定及线粒体12Sr RNA基因序列分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩写语表 |
| 目录 |
| 第一章 文献综述 |
| 1. 蚌螨的研究进展 |
| 2. 蚌螨生活史 |
| 2.1 幼螨的形态结构 |
| 2.2 若螨的形态结构 |
| 2.3 螨类幼螨、若螨形态学研究状况 |
| 3. 弯弓蚌螨U.arcuata和短足蚌螨U.brevipedalis |
| 4. 线粒体基因组研究现状 |
| 4.1 12S rRNA基因 |
| 4.2 12S rRNA基因在分子鉴定中的应用 |
| 5. 本研究的目的与意义 |
| 第二章 背瘤丽蚌Lamprotula leai(Gray)弯弓蚌螨Unionicola arcuata隐藏种的分子鉴定 |
| 1. 前言 |
| 2. 实验材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 主要仪器与材料 |
| 2.3 蚌螨基因组DNA的提取 |
| 2.4 PCR扩增 |
| 2.5 序列分析及系统发育树的构建 |
| 3. 结果 |
| 3.1 6种蚌螨遗传差异 |
| 3.2 6种蚌螨系统发育树 |
| 4. 讨论 |
| 第三章 蚌螨Unionicola sp.幼螨、若螨的分子鉴定及形态描述 |
| 1. 前言 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 主要仪器与材料 |
| 2.3 基因组DNA的提取 |
| 2.4 PCR扩增 |
| 2.5 PCR产物纯化、测序和拼接 |
| 2.6 序列分析 |
| 2.7 系统发育树的构建 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 12S rRNA基因片段 |
| 3.2 鄱阳湖淡水贝类寄生蚌螨卵分布情况 |
| 3.3 系统进化树 |
| 3.3.1 Unionicola sp.幼螨形态描述 |
| 3.3.2 Unionicola sp.若螨的形态描述 |
| 4. 讨论 |
| 4.1 12S rRNA基因序列分析 |
| 4.2 系统进化树 |
| 4.3 幼螨、若螨形态分析 |
| 4.4 蚌螨虫卵寄生性 |
| 第四章 短足蚌螨U brevipedalis线粒体12S rRNA基因的序列分析 |
| 1. 前言 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 主要仪器与材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 短足蚌螨基因组DNA的提取 |
| 2.3.2 PCR扩增 |
| 2.3.3 PCR产物纯化,测序和序列拼接 |
| 2.3.4 序列分析 |
| 2.3.5 系统发育树的构建 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 PCR扩增产物 |
| 3.2 测得序列拼接分析 |
| 3.3 短足蚌螨12S rRNA基因全序列分析 |
| 3.4 短足蚌螨12S rRNA基因与其他寄生蚌螨的遗传差异 |
| 3.5 系统进化关系 |
| 4. 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 展望 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
（5）基于线粒体COI基因研究松毛虫部分种类亲缘关系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 遗传多样性和系统发育的研究方法综述 |
| 1.2.1 遗传多样性的概念 |
| 1.2.2 遗传标记 |
| 1.2.3 基因标记 |
| 1.2.4 小结 |
| 1.2.5 常用的分子生物学分析软件 |
| 1.3 rDNA-ITS 在昆虫学中的应用综述 |
| 1.4 松毛虫属部分种类亲缘关系和遗传变异研究进展 |
| 1.4.1 松毛虫主要种类及分布 |
| 1.4.2 松毛虫亲缘关系研究方法 |
| 1.4.3 小结 |
| 1.5 研究目标与内容 |
| 1.5.1 目标与内容 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 1.5.3 项目来源与经费支持 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 供试材料 |
| 2.2 DNA 提取、扩增 |
| 2.2.1 DNA 提取 |
| 2.2.2 PCR 扩增的引物和条件 |
| 2.2.3 产物检测、序列测定与分析方法 |
| 第三章 基于线粒体COI 基因序列差异探讨4 种松毛虫的分类地位 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 序列碱基组成 |
| 3.3.2 系统发育分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 根据COI 序列差异推测4 种松毛虫的演化顺序 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 模型筛选和中性检验 |
| 4.2.2 系统发育树的构建 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 马尾松毛虫及近缘种ITS1 和ITS2 的基因差异初步研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 基于ITS1 的序列分析 |
| 5.2.2 基于ITS2 的序列分析 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 其它几种基因的初步研究 |
| 6.1 COII |
| 6.2 Cytb |
| 6.3 ND1 |
| 6.4 16S |
| 6.5 EF-1a |
| 第七章 结论与讨论 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 讨论及展望 |
| 参考文献 |
| 在读期间的学术研究 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
（6）重要植物疫害的检测鉴定及分子系统学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 第一节 植物外来有害生物的入侵及防范 |
| 1.1.1 植物检疫 |
| 1.1.1.1 植物检疫概述 |
| 1.1.1.2 几个概念及其相互关系 |
| 1.1.1.3 我国进境植物检疫性有害生物名录的修订 |
| 1.1.2 植物外来有害生物入侵 |
| 1.1.2.1 我国植物外来有害生物入侵形势严峻 |
| 1.1.2.2 植物外来有害生物的特点、危害及入侵途径 |
| 1.1.3 加强口岸检疫构筑有效防控屏障 |
| 第二节 六种禾本科草种腥黑粉菌的研究进展 |
| 1.2.1 腥黑粉菌属 |
| 1.2.1.1 腥黑粉菌属概述 |
| 1.2.1.2 腥黑粉菌的分类鉴定 |
| 1.2.2 TCK的研究进展 |
| 1.2.2.1 分类地位、分布、寄主及危害 |
| 1.2.2.2 菌瘿及冬孢子形态 |
| 1.2.2.3 发病规律 |
| 1.2.2.4 TCK的检疫处理 |
| 1.2.2.5 TCK的基础研究及在检疫鉴定上的应用 |
| 1.2.3 六种禾本科草种腥黑粉菌的研究进展 |
| 1.2.3.1 寄生黑麦草腥黑粉菌的研究进展 |
| 1.2.3.2 寄生雀麦腥黑粉菌的研究进展 |
| 1.2.3.3 寄生翦股颖腥黑粉菌的研究进展 |
| 1.2.3.4 寄生早熟禾腥黑粉菌的研究进展 |
| 1.2.3.5 寄生紫羊茅腥黑粉菌的研究进展 |
| 1.2.3.6 寄生碱茅腥黑粉菌的研究进展 |
| 第三节 大豆种传菜豆荚斑驳病毒的研究进展 |
| 1.3.1 植物种传病毒及其检疫重要性 |
| 1.3.2 大豆种传病毒 |
| 1.3.3 菜豆荚斑驳病毒的生物学特性 |
| 1.3.3.1 寄主及地理分布 |
| 1.3.3.2 病毒形态及基因组特征 |
| 1.3.3.3 株系的分化 |
| 1.3.3.4 协同作用 |
| 1.3.3.5 传毒介体 |
| 1.3.3.6 种子携带及传播 |
| 1.3.3.7 初侵染源和转主寄主 |
| 1.3.4 BPMV对大豆的危害 |
| 1.3.5 BPMV检测技术研究进展 |
| 1.3.6 检疫措施及防治 |
| 第四节 美国白蛾线粒体基因组的研究进展 |
| 1.4.1 线粒体基因组 |
| 1.4.1.1 线粒体基因组的基本特征 |
| 1.4.1.2 线粒体基因组的碱基组成偏向性 |
| 1.4.1.3 线粒体基因组的进化 |
| 1.4.1.4 线粒体基因组中的分子标记 |
| 1.4.2 鳞翅目昆虫的线粒体基因组 |
| 1.4.2.1 鳞翅目简介 |
| 1.4.2.2 鳞翅目线粒体基因组测序进展 |
| 1.4.2.3 鳞翅目昆虫线粒体DNA结构 |
| 1.4.2.4 mtDNA在分子系统学上的应用 |
| 1.4.2.5 线粒体基因组全序列测定方法 |
| 1.4.3 美国白蛾及其线粒体基因组的研究进展 |
| 1.4.3.1 美国白蛾的入侵与扩散 |
| 1.4.3.2 美国白蛾的种群特点及危害 |
| 1.4.3.3 美国白蛾的检疫及鉴别 |
| 1.4.3.4 美国白蛾线粒体基因组的研究进展 |
| 第五节 高粱属中检疫性杂草的研究进展 |
| 1.5.1 高粱属概述 |
| 1.5.2 高粱属中的检疫性杂草 |
| 1.5.2.1 假高粱 |
| 1.5.2.2 黑高粱 |
| 1.5.2.3 丝克高粱 |
| 1.5.2.4 高粱属中三种杂草的检疫 |
| 1.5.3 高粱属的分子系统学研究进展 |
| 第六节 现代生物技术在植物检疫上的应用 |
| 1.6.1 PCR技术在植物检疫上的应用 |
| 1.6.1.1 多重PCR |
| 1.6.1.2 实时荧光PCR |
| 1.6.1.3 巢式PCR |
| 1.6.1.4 PCR-ELISA |
| 1.6.2 环介导等温扩增法(LAMP)在植物检疫上的应用 |
| 1.6.3 基因芯片技术在植物检疫上的应用 |
| 1.6.4 其它检验检疫技术在植物检疫上的应用 |
| 1.6.4.1 植物害虫检疫中的近红外光谱检测技术 |
| 1.6.4.2 昆虫表皮碳氢化合物分析在昆虫检疫中的应用 |
| 1.6.4.3 DHPLC在植物检疫工作中的应用 |
| 第七节 分子系统学研究方法 |
| 1.7.1 分子系统学概述 |
| 1.7.2 分子系统学常用的研究方法 |
| 1.7.3 系统树的构建方法 |
| 1.7.3.1 邻接法 |
| 1.7.3.2 最小进化法 |
| 1.7.3.3 最大简约法 |
| 1.7.3.4 极似然法 |
| 1.7.3.5 贝叶斯法 |
| 1.7.4 分子系统学的局限性 |
| 第八节 本研究的目的和意义 |
| 第二章 寄生六种禾本科草种的腥黑粉菌检疫鉴定及分子系统学研究 |
| 第一节 寄生黑麦草三种腥黑粉菌近似种的分子检测 |
| 2.1.1 实验材料、引物及试剂 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.1.2.1 菌丝的培养及基因组DNA的提取 |
| 2.1.2.2 冬孢子的挑取及破碎 |
| 2.1.2.3 菌丝基因组DNA多重PCR检测 |
| 2.1.2.4 冬孢子多重套式PCR检测 |
| 2.1.3 结果与分析 |
| 2.1.3.1 菌丝基因组DNA多重PCR检测 |
| 2.1.3.2 冬孢子多重套式PCR检测 |
| 第二节 寄生雀麦的雀麦腥黑粉菌分子检测 |
| 2.2.1 实验材料、引物及试剂 |
| 2.2.2 方法 |
| 2.2.2.1 冬孢子形态观察和形态测定 |
| 2.2.2.2 冬孢子萌发试验 |
| 2.2.2.3 DNA的提取与冬孢子的挑取 |
| 2.2.2.4 菌丝基因组DNA的PCR检测 |
| 2.2.2.5 冬孢子套式PCR检测 |
| 2.2.2.6 分子检测方法的灵敏度 |
| 2.2.3 结果与分析 |
| 2.2.3.1 病原菌形态特征及萌发特性 |
| 2.2.3.2 菌丝基因组DNA的PCR检测 |
| 2.2.3.3 冬孢子的套式PCR检测 |
| 2.2.3.4 分子检测方法的灵敏度 |
| 第三节 多重分子检测寄生翦股颖的腥黑粉菌近似种 |
| 2.3.1 试验材料、引物及试剂 |
| 2.3.2 试验方法 |
| 2.3.2.1 冬孢子形态学和萌发生理特性研究 |
| 2.3.2.2 DNA的提取与冬孢子的挑取 |
| 2.3.2.3 菌丝基因组DNA双重PCR检测 |
| 2.3.2.4 冬孢子双重套式PCR检测 |
| 2.3.3 结果与分析 |
| 2.3.3.1 冬孢子形态特征及萌发特性 |
| 2.3.3.2 菌丝基因组DNA双重PCR检测 |
| 2.3.3.3 冬孢子的双重套式PCR检测 |
| 第四节 早熟禾寄生Tilletia sp.的研究及与禾草腥黑穗菌的分子检测 |
| 2.4.1 实验材料、引物及试剂 |
| 2.4.2 方法 |
| 2.4.2.1 冬孢子形态学和萌发生理特性试验 |
| 2.4.2.2 DNA的提取与冬孢子的挑取 |
| 2.4.2.3 IGS1序列的扩增 |
| 2.4.2.4 序列测定及序列分析 |
| 2.4.2.5 分子系统进化树的构建 |
| 2.4.2.6 菌丝基因组DNA双重PCR检测 |
| 2.4.2.7 冬孢子套式双重PCR检测 |
| 2.4.3 结果与分析 |
| 2.4.3.1 冬孢子形态 |
| 2.4.3.2 萌发试验结果 |
| 2.4.3.3 IGS1序列的扩增及测序 |
| 2.4.3.4 分子系统树的构建 |
| 2.4.3.5 菌丝基因组DNA双重PCR检测 |
| 2.4.3.6 冬孢子双重套式PCR检测 |
| 第五节 寄生紫羊茅的新种Tilletia vankyi分子检测 |
| 2.5.1 实验材料、引物及试剂 |
| 2.5.2 方法 |
| 2.5.2.1 DNA的提取与冬孢子的挑取 |
| 2.5.2.2 菌丝基因组DNA的PCR检测 |
| 2.5.2.3 冬孢子套式PCR检测 |
| 2.5.3 结果与分析 |
| 2.5.3.1 菌丝基因组DNA的PCR检测 |
| 2.5.3.2 冬孢子套式PCR检测 |
| 第六节 寄生黑麦草和紫羊茅新种Tilletia Vankyi的研究 |
| 2.6.1 实验材料、引物及试剂 |
| 2.6.2 方法 |
| 2.6.2.1 冬孢子形态学和萌发生理特性试验 |
| 2.6.2.2 DNA的提取与冬孢子的挑取 |
| 2.6.2.3 IGS1序列的扩增及电泳检测 |
| 2.6.2.4 序列测定及序列分析 |
| 2.6.2.5 分子系统进化树的构建 |
| 2.6.3 结果与分析 |
| 2.6.3.1 冬孢子形态及其萌发 |
| 2.6.3.2 IGS基因的扩增 |
| 2.6.3.3 分子系统进化树的构建 |
| 第七节 寄生碱茅的新种Tilletia puccinelliae的研究 |
| 2.7.1 实验材料、引物及试剂 |
| 2.7.2 方法 |
| 2.7.2.1 冬孢子形态学和萌发生理特性试验 |
| 2.7.2.2 DNA的提取与冬孢子的挑取 |
| 2.7.2.3 IGS1序列的扩增及电泳检测 |
| 2.7.2.4 序列测定及序列分析 |
| 2.7.2.5 分子系统进化树的构建 |
| 2.7.3 结果与分析 |
| 2.7.3.1 病原菌形态特征 |
| 2.7.3.2 萌发特性 |
| 2.7.3.3 IGS基因的扩增 |
| 2.7.3.4 系统进化树的构建 |
| 第八节 五类禾本科草种腥黑粉菌检疫鉴定程序 |
| 2.8.1 寄生黑麦草的腥黑粉菌检疫鉴定程序 |
| 2.8.2 寄生雀麦的腥黑粉菌检疫鉴定程序 |
| 2.8.3 寄生紫羊茅的腥黑粉菌检疫鉴定程序 |
| 2.8.4 寄生翦股颖的腥黑粉菌检疫鉴定程序 |
| 2.8.5 寄生早熟禾的腥黑粉菌检疫鉴定程序 |
| 第九节 小结 |
| 第十节 讨论 |
| 2.10.1 腥黑粉菌的检疫鉴定 |
| 2.10.2 分子检测方法的灵敏度 |
| 2.10.3 黑麦草三种腥黑粉菌近似种的分子检测 |
| 2.10.4 腥黑粉菌ITS和IGS基因序列 |
| 2.10.5 寄生早熟禾的Tilletia sp.的分类地位 |
| 2.10.6 腥黑粉菌新种Tilletia vankyi的研究 |
| 2.10.7 腥黑粉菌新种Tilletia puccinelliae的研究 |
| 第三章 侵染大豆的菜豆荚斑驳病毒分子检测及株系分化 |
| 第一节 实验材料、引物及试剂 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 BPMV引物及探针的设计 |
| 3.1.3 生化和分子生物学试剂 |
| 第二节 实验方法 |
| 3.2.1 DAS-ELISA检测 |
| 3.2.1.1 DAS-ELISA样品制备 |
| 3.2.1.2 DAS-ELISA检测 |
| 3.2.2 病毒核酸的提取 |
| 3.2.3 BPMV的cp基因RT-PCR扩增 |
| 3.2.4 BPMV的快速分子检测 |
| 3.2.4.1 RT-PCR一步法检测BPMV |
| 3.2.4.2 实时荧光RT-PCR一步法检测BPMV |
| 3.2.4.3 两种检测方法的灵敏度测试 |
| 3.2.5 色斑与病毒携带的相关性研究 |
| 3.2.5.1 褐色和黑色种脐的BPF5/BPR5 RT-PCR扩增 |
| 3.2.5.2 褐色和黑色种脐的SMV cp基因RT-PCR扩增 |
| 3.2.5.3 褐色、黑色和健康种子上黄色部分的扩增 |
| 3.2.6 BPMV株系分化的研究 |
| 第三节 研究结果 |
| 3.3.1 DAS-ELISA检测结果 |
| 3.3.2 BPF2/BPR2引物对的RT-PCR扩增 |
| 3.3.3 BPMV的RT-PCR一步法检测 |
| 3.3.4 BPMV的实时荧光RT-PCR一步法检测 |
| 3.3.5 检测方法的灵敏度测试 |
| 3.3.6 色斑与病毒携带的相关性 |
| 3.3.6.1 褐色和黑色的BPF5/BPR5 RT-PCR扩增 |
| 3.3.6.2 褐色和黑色的SMV cp基因RT-PCR扩增 |
| 3.3.6.3 褐色、黑色和健康种子上黄色部分的扩增 |
| 3.3.7 BPMV的株系分化 |
| 第四节 小结 |
| 第五节 讨论 |
| 3.5.1 侵染大豆的菜豆荚斑驳病毒检测 |
| 3.5.2 种脐色斑与病毒携带的相关性分析 |
| 3.5.3 BPMV的株系分化 |
| 第四章 美国白蛾线粒体基因组全序列的测定及分析 |
| 第一节 实验材料、试剂及mtDNA的提取 |
| 4.1.1 实验标本的采集和保存 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 美国白蛾mtDNA的提取 |
| 第二节 实验方法 |
| 4.2.1 引物的设计及PCR扩增和测序 |
| 4.2.1.1 全序列扩增的引物 |
| 4.2.1.2 F1和F2片段的扩增及测序 |
| 4.2.1.3 F3和F4片段的扩增及测序 |
| 4.2.1.4 美国白蛾mtDNA全序列的拼接 |
| 4.2.2 序列分析 |
| 4.2.3 系统发育分析 |
| 第三节 结果与讨论 |
| 4.3.1 基因组的结构 |
| 4.3.2 基因组的组成及偏好性 |
| 4.3.3 蛋白编码基因 |
| 4.3.4 rRNA基因和tRNA基因 |
| 4.3.5 非编码及重叠序列 |
| 4.3.6 A+T富集区 |
| 4.3.7 系统发育关系 |
| 第四节 小结 |
| 第五章 高粱属中检疫性杂草的分子系统学研究 |
| 第一节 实验材料、引物及试剂 |
| 5.1.1 供试植物材料 |
| 5.1.2 引物和试剂 |
| 第二节 实验方法 |
| 5.2.1 DNA的提取 |
| 5.2.2 Adh1基因的扩增及电泳检测 |
| 5.2.3 序列测定及对位排列 |
| 5.2.4 序列分析及分子系统树的重建 |
| 第三节 实验结果 |
| 5.3.1 Adh1基因的扩增 |
| 5.3.2 序列特征 |
| 5.3.3 系统发生树的构建 |
| 第四节 小结 |
| 第五节 讨论 |
| 5.5.1 高粱属的Adh1基因及其扩增 |
| 5.5.2 三种建树方法 |
| 5.5.3 三种检疫性杂草的亲缘关系 |
| 5.5.4 Parasorghum亚属和Stiposorghum亚属的亲缘关系 |
| 5.5.5 Chaetosorghum亚属和Heterosorghum亚属的亲缘关系 |
| 5.5.6 作为外群的Cleistachne sorghoides |
| 5.5.7 分子系统学研究的现实意义 |
| 第六章 结论、创新点及展望 |
| 第一节 结论 |
| 第二节 创新点及展望 |
| 6.2.1 创新点 |
| 6.2.2 问题与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录A 席尔氏浮载液和PDA培养基的配制 |
| 附录B 主要仪器设备 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（7）秦岭地区橄榄秦岭蝗的谱系地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 前言 |
| 1.1 谱系生物地理学概述 |
| 1.1.1 谱系生物地理学的概念 |
| 1.1.2 谱系生物地理学的研究现状 |
| 1.1.3 分子生物学技术在谱系地理学研究中的运用 |
| 1.2 中国第四季冰期研究现状 |
| 1.3 秦岭地区的自然环境概况及生物地理研究 |
| 1.4 橄榄秦岭蝗概述 |
| 1.4.1 橄榄秦岭蝗分类学地位 |
| 1.4.2 橄榄秦岭蝗分类特征 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第2章 橄榄秦岭蝗地理种群数值分类学研究 |
| 2.1 数值分类学概述 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 标本信息 |
| 2.2.2 研究方法 |
| 2.2.3 聚类分析 |
| 2.3 聚类结果 |
| 2.3.1 雌性橄榄秦岭蝗基于形态特征的聚类结果 |
| 2.3.2 雄性橄榄秦岭蝗基于形态特征的聚类结果 |
| 2.3.3 雄性橄榄秦岭蝗基于肛上板特征的聚类结果 |
| 2.3.4 雄性橄榄秦岭蝗基于外部形态和肛上板特征的聚类结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第3章 橄榄秦岭蝗地理种群分子系统学研究 |
| 3.1 分子系统学概述 |
| 3.1.1 线粒体基因组简介 |
| 3.1.2 核基因简介 |
| 3.2 实验材料与方法 |
| 3.2.1 实验仪器和试剂 |
| 3.2.2 总DNA提取 |
| 3.2.3 总DNA样品检测 |
| 3.2.4 PCR扩增 |
| 3.2.5 纯化与测序 |
| 3.3 实验数据分析 |
| 3.3.1 序列编辑 |
| 3.3.2 序列比对 |
| 3.3.3 序列组成分析 |
| 3.3.4 系统发育分析 |
| 3.4 结果分析与讨论 |
| 3.4.1 基因组总DNA的提取结果 |
| 3.4.2 PCR扩增结果 |
| 3.4.3 线粒体COII基因序列组成分析 |
| 3.4.4 ITS核基因序列组成分析 |
| 3.4.5 ITS核基因&COII基因序列组成分析 |
| 3.5 橄榄秦岭蝗系统发育分析 |
| 3.5.1 邻接法建树(NJ树) |
| 3.5.2 简约法建树(MP树) |
| 3.5.3 极似然法法建树(ML树) |
| 3.6 讨论 |
| 3.6.1 目的基因的获得 |
| 3.6.2 橄榄秦岭蝗COII基因和ITS基因序列的进化特征分析 |
| 3.6.3 橄榄秦岭蝗的系统发育分析 |
| 第4章 橄榄秦岭蝗AFLP反应体系的建立 |
| 4.1 AFLP技术概述 |
| 4.1.1 AFLP的原理及步骤 |
| 4.1.2 AFLP技术的优缺点 |
| 4.1.3 AFLP技术在昆虫学研究中的应用 |
| 4.2 实验材料与方法 |
| 4.2.1 实验仪器、试剂 |
| 4.2.2 部分溶液配制 |
| 4.2.3 接头及引物处理 |
| 4.2.4 酶切及连接 |
| 4.2.5 预扩增反应 |
| 4.2.6 选择性扩增反应 |
| 4.2.7 产物的凝胶分离 |
| 4.2.8 银染检测 |
| 4.3 结果分析 |
| 4.3.1 酶切连接结果 |
| 4.3.2 预扩增结果 |
| 4.3.3 选择性扩增结果 |
| 4.3.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 增加RNA酶消化步骤、延长抽提时间提高DNA质量 |
| 4.4.2 EcoR Ⅰ和Mse Ⅰ对基因组DNA进行双酶切 |
| 4.4.3 引物选择及接头的过夜连接 |
| 4.4.4 两步法AFLP扩增 |
| 4.4.5 聚丙烯酰胺凝胶的制备 |
| 4.4.6 55℃NaOH显色液银染显色 |
| 第5章 总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
（8）基于COI基因和ITS2基因序列对寄生蚌螨系统发育的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章文献综述 |
| 1.1 蚌螨分类地位 |
| 1.2 蚌螨分类研究 |
| 1.3 系统发育与分子系统学 |
| 1.4 DNA标记在分子系统学中的应用 |
| 1.5 本研究的目的 |
| 第二章 利用COI基因序列探讨寄生蚌螨的系统发育 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 利用ITS2基因序列探讨寄生蚌螨的系统发育 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
（9）骆驼生活环境蝇种鉴定及角蝇ITS序列检测与分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 骆驼的分类 |
| 1.2 全球骆驼的数量及分布 |
| 1.3 骆驼的饲养价值 |
| 1.4 中国骆驼资源概况 |
| 1.4.1 中国骆驼分布及现状 |
| 1.4.2 中国骆驼品种及特点 |
| 1.4.3 骆驼数量急剧下降的原因 |
| 1.5 骆驼斯氏副柔线虫病概况 |
| 1.6 蝇类概况 |
| 1.6.1 蝇类分类地位 |
| 1.6.2 蝇类对人畜的危害 |
| 1.7 分子生物学的发展及其在昆虫学研究中的应用 |
| 1.7.1 分子生物学在昆虫学研究中的应用概述 |
| 1.7.2 核糖体DNA 的结构和特点 |
| 1.7.3 RDNA 在昆虫学研究中的应用 |
| 1.8 本研究的目的与意义 |
| 2 骆驼生活环境蝇类种属鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 主要仪器 |
| 2.1.2 主要器具及试剂 |
| 2.1.3 蝇类样本的采集 |
| 2.1.4 蝇类翅膀标本片制备 |
| 2.1.5 蝇类种属鉴定 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 蝇类种属鉴定结果 |
| 2.2.2 蝇类形态特征描述 |
| 2.3 讨论 |
| 3 骆驼斯氏副柔线虫病传播媒介的分子生物学初筛 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 蝇子样本 |
| 3.1.2 主要仪器设备 |
| 3.1.3 主要试剂与试剂盒 |
| 3.1.4 主要试剂和溶液的配制 |
| 3.1.5 蝇DNA 的提取 |
| 3.1.6 PCR 反应 |
| 3.1.7 PCR 产物的检测 |
| 3.1.8 PCR 产物的回收与纯化 |
| 3.1.9 PCR 回收产物的测序 |
| 3.1.10 PCR 回收产物测序结果分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 PCR 产物的检测结果 |
| 3.2.2 PCR 回收产物测序结果 |
| 3.2.3 PCR 回收产物序列分析结果 |
| 3.3 讨论 |
| 4 西方角蝇和截脉角蝇RDNA 的ITS 基因序列检测 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 角蝇样本 |
| 4.1.2 主要仪器设备 |
| 4.1.3 主要试剂与试剂盒 |
| 4.1.4 菌株和克隆载体 |
| 4.1.5 主要试剂和溶液的配制 |
| 4.1.6 角蝇DNA 的提取 |
| 4.1.7 PCR 反应 |
| 4.1.8 西方角蝇和截脉角蝇ITS 基因的克隆与测序 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 PCR 产物电泳检测结果 |
| 4.2.2 目的片段的回收结果 |
| 4.2.3 菌液的PCR 鉴定结果 |
| 4.2.4 重组质粒酶切鉴定结果 |
| 4.2.5 测序结果与比对分析 |
| 4.3 讨论 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（10）福建橘小实蝇种群分化的初步研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 文献综述 |
| 1 橘小实蝇的分子遗传学研究概况 |
| 1.1 国外研究概况 |
| 1.2 国内研究概况 |
| 2 橘小实蝇的相关概述 |
| 2.1 橘小实蝇的分布 |
| 2.2 橘小实蝇的形态特征 |
| 2.3 橘小实蝇的生物学特性 |
| 2.4 橘小实蝇的防治 |
| 3 本研究的目的和意义 |
| 第二部分 福建橘小实蝇地理种群及饲养种群的mtDNA COI序列分析 |
| 1 昆虫线粒体DNA |
| 1.1 昆虫mtDNA的组成与特点 |
| 1.2 昆虫:mtDNACOI基因在实蝇研究中的应用 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验标本 |
| 2.2 主要设备(表) |
| 2.3 主要试剂 |
| 2.4 实验方法与步骤 |
| 2.4.1 基因组DNA提取 |
| 2.4.2 目标基因片段的扩增 |
| 2.4.3 目标片段回收 |
| 2.4.4 纯化片段的连接 |
| 2.4.5 转化(连接产物转入大肠杆菌) |
| 2.4.6 挑克隆 |
| 2.4.7 阳性克隆的PCR检测 |
| 2.4.8 DNA序列测定 |
| 2.5 数据处理和序列分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 序列:基本分析 |
| 3.2 序列变异分析 |
| 3.3 遗传多样性分析 |
| 4 小结与讨论 |
| 4.1 橘小实蝇实验饲养种群与野生种群间的遗传分化 |
| 4.2 橘小实蝇地理种群间的遗传分化 |
| 第三部分 福建橘小实蝇种群核rDNA-ITS1序列分析 |
| 1 核rDNA-ITS基因 |
| 1.1 核rDNA-ITS1基因的组成与特点 |
| 1.2 核rDNA-ITS1基因的应用 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验标本 |
| 2.2 主要设备(与第二部分相同) |
| 2.3 主要试剂(与第二部分相同) |
| 2.4 实验方法与步骤 |
| 2.4.1 基因组DNA的提取 |
| 2.4.2 目标基因片段的扩增 |
| 2.5 数据处理和序列分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 序列基本分析 |
| 3.2 橘小实蝇地理种群及其近缘种rDNA-ITS1基因相似度 |
| 3.2.1 橘小实蝇地理种群之间的rDNA-ITS1基因相似度 |
| 3.2.2 橘小实蝇地理种群及其近缘种之间的rDNA-ITS1基因相似度 |
| 3.3 橘小实蝇地理种群及其近缘种之间的遗传距离 |
| 3.4 橘小实蝇地理种群及其近缘种rDNA-ITS1基因聚类分析 |
| 3.4.1 橘小实蝇地理种群之间的rDNA-ITS1基因聚类分析 |
| 3.4.2 橘小实蝇地理种群及其近缘种之间的rDNA-ITS1基因聚类分析 |
| 4 结果与讨论 |
| 第四部分 结论 |
| 1 福建橘小实蝇的种群分化 |
| 1.1 福建橘小实蝇不同地理种群的分化 |
| 1.2 福建橘小实蝇地理种群与橘小实蝇实验室饲养品系的分化 |
| 1.3 小结 |
| 2 mtDNA COI基因与核rDNA-ITS1基因在橘小实蝇种群分化研究中的应用 |
| 第五部分 橘小实蝇复合体的分类研究概述 |
| 1 橘小实蝇复合体概述 |
| 2 橘小实蝇复合体的分类历程 |
| 2.1 基本分类研究 |
| 2.2 系统分类研究 |
| 3 橘小实蝇复合体的形态鉴定 |
| 4 橘小实蝇复合体的遗传学鉴定 |
| 4.1 早期鉴定研究 |
| 4.2 应用遗传标记的鉴定研究 |
| 5 橘小实蝇复合体的进化历史 |
| 6 研究展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
四、探讨rDNA ITS区作为果蝇Drosophila nasuta分子系统发育研究的价值（论文参考文献）
- [1]基于5.8S、28S、ITSrDNA部分序列澜沧江、金沙江水系11种鱼类复殖吸虫的分类及分子系统发育研究[D]. 李寄仟. 云南师范大学, 2020
- [2]4种直翅目蝗虫全线粒体基因组测序及直翅目线粒体基因组比较与系统分析[D]. 张红利. 陕西师范大学, 2013(03)
- [3]三疣梭子蟹（Portunustri tuberculatus）4个野生群体ITS1序列分析及系统进化分析[J]. 李远宁,马朋,刘萍,李琪. 海洋与湖沼, 2012(04)
- [4]寄生蚌螨的分子鉴定及线粒体12Sr RNA基因序列分析[D]. 郭维. 南昌大学, 2012(01)
- [5]基于线粒体COI基因研究松毛虫部分种类亲缘关系[D]. 贾玉迪. 中国林业科学研究院, 2011(04)
- [6]重要植物疫害的检测鉴定及分子系统学研究[D]. 廖芳. 南开大学, 2010(07)
- [7]秦岭地区橄榄秦岭蝗的谱系地理学研究[D]. 于志辉. 陕西师范大学, 2010(03)
- [8]基于COI基因和ITS2基因序列对寄生蚌螨系统发育的研究[D]. 程剑. 南昌大学, 2008(05)
- [9]骆驼生活环境蝇种鉴定及角蝇ITS序列检测与分析[D]. 王俊杰. 内蒙古农业大学, 2008(11)
- [10]福建橘小实蝇种群分化的初步研究[D]. 杨慧. 福建农林大学, 2008(08)