一、Current Status and Progresses in Chinese Cotton Genomic Research（论文文献综述）
黄莎[1]（2021）在《陆地棉优质早熟群体产量与纤维品质性状QTL定位》文中研究表明棉花是世界首要的天然纤维作物,同时也是重要的蛋白作物和油料作物。棉花的产量和纤维品质是棉花研究中最受关注的部分,棉花的产量与纤维品质性状都是数量性状,且两者之间呈一定的负相关关系,所以需要研究者对棉花产量性状和纤维品质进行不断深入研究。本研究以陆地棉优质品种渝棉1号为母本与早熟品种超早3号为父本进行杂交,构建了一个包含184个单株的（渝棉1号×超早3号）RIL F2:6群体。利用SSR分子标记和SLAF-seq SNP标记共同构建高密度遗传图谱,在多环境鉴定产量和纤维品质性状基础上,定位棉花产量性状和纤维品质性状的QTL。主要研究结果如下:1.产量、纤维品质性状表型分析鉴定的9个性状在4个环境中均呈正态分布。除纤维断裂比强度外,其它性状均存在超亲分离现象。方差分析结果显示,各性状基因型和环境效应均达极显着。相关性分析显示,纤维整齐度、纤维断裂比强度、纤维伸长率都与纤维长度呈显着正相关,纤维断裂比强度、纤维伸长率都与纤维整齐度呈显着正相关,纤维伸长率与纤维断裂比强度,籽指和衣分两两呈显着正相关,纤维长度、纤维断裂比强度都与马克隆值呈显着负相关。2.遗传图谱利用3578对SSR引物对亲本进行多态性筛选,筛选出有多态性的引物145对,多态性比率为4.05%。对分布于26条染色体的8020个SSR与SNP标记进行遗传连锁分析,构建的遗传图谱共2945个位点,包括41个SSR位点和2904个SNP位点,图谱遗传长度4650.71 cM,两个位点之间的平均遗传距离为1.58 cM,覆盖陆地棉基因组总长的98.30%。At亚组1525个位点,遗传长度为2415.27 cM,覆盖At亚基因组的98.42%;Dt亚组1420个位点,遗传长度为2235.44 cM,覆盖Dt亚基因组的98.10%。3.产量和纤维品质性状QTL定位共定位到78个与产量和纤维品质性状相关的QTL,分布于26条染色体,包括37个产量性状QTL,41个纤维品质性状QTL,LOD值分布在2.50～7.76,解释表型变异6.4%～23.4%。At亚组共定位到38个QTL,Dt亚组共定位到40个QTL。42个QTL有利等位基因来源于渝棉1号,36个QTL有利等位基因来源于超早3号。有10个QTL在两个以上环境中检测到,纤维长度QTL qFL-D11-1在四个环境均检测到。在4条染色体上共检测到5个QTL簇,包含17个QTL。定位环境稳定QTL将有助于后续开展棉花产量和纤维品质性状QTL的精细定位和图位克隆研究,同时也可用于高产优质棉花新品种培育。
杨乐[2]（2021）在《陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位》文中研究表明棉花是我国重要的经济作物,在我国国民经济中占有不可替代的作用。目前,陆地棉种内种质资源匮乏,遗传基础相对狭窄,棉花纤维产量和品质之间存在一定的负相关,同步改良产量和品质有困难。利用远缘杂交,将陆地棉栽培品种与野生种系杂交,对后代进行选育,能使野生种系的有益性状转移到栽培陆地棉中,从而培育棉花新品种。本研究以高产、适应性广的陆地棉栽培品种中棉所35号为母本,以具有抗黄萎病、耐寒、耐旱等特点的陆地棉野生种系帕默尔棉TX-832为父本,构建了包含182个家系的（中棉所35号×TX-832）F2:6重组自交系群体。利用SSR标记和SLAF-seq测序获得的SNP标记构建了覆盖陆地棉全基因组的高密度遗传图谱,结合六个环境下重组自交系群体的产量性状和纤维品质表型数据,鉴定了产量和纤维品质性状QTL。主要研究结果如下:1.遗传图谱构建将SLAF-seq测序获得的15765个SNP标记和亲本间具有多态性的153个SSR标记,共计15918个标记,利用作图软件进行遗传图谱构建,将共分离标记整合,最终获得一张包含3311个位点的陆地棉种内高密度遗传图谱,覆盖全长4690.73c M（A亚组2603.84 c M,D亚组2086.90 c M）,位点间平均距离为1.46 c M。其中,SNP位点3158个,SSR位点153个;A亚组位点1758个（1679个SNP位点,79个SSR位点）,D亚组位点1553个（1479个SNP位点,74个SSR位点）;该图谱各条染色体覆盖陆地棉TM-1基因组比率均达95.97%以上。2.群体产量和纤维品质的性状表现（中棉所35号×TX-832）F2:6重组自交系各产量性状和纤维品质变异范围较广,整体上都呈连续的正态分布。群体在铃重、籽指、衣分、衣指、纤维长度、整齐度和断裂比强度等性状中都表现出明显的超亲分离现象。相关性分析表明:籽指、衣指、铃重、纤维长度、断裂比强度、整齐度、伸长率等指标两两之间在至少一个环境下呈显着或极显着正相关;马克隆值、衣分、衣指等指标两两之间在多个环境下呈极显着正相关。3.产量、纤维品质QTL定位利用构建的高密度遗传图谱,结合多年多点产量和纤维品质性状,在26条染色体鉴定到了68个产量QTL和180个纤维品质QTL。有24个QTL有利等位基因来自帕默尔棉,其余224个QTL有利等位基因均来自中棉所35号。68个产量性状QTL中包括30个铃重QTL、10个衣指QTL、15个衣分QTL、13个籽指QTL,LOD值介于2.5-10.57,解释表型变异介于6.2%-23.5%;180个纤维品质QTL包含55个长度QTL、45个整齐度QTL、51个断裂比强度QTL、9个马克隆值QTL、20个伸长率QTL,LOD值介于2.5-15.31,解释6.1%-33.8%的表型变异。有57个QTL在三个及三个以上环境下均检测到,q LPA07.1在六个环境下都稳定存在,解释表型变异为6.4%-11.8%,中棉所35号使其表型效应值增加;q FMD03.1在四个环境下均检测到,解释10.5%-33.8%的表型变异,增效基因来自中棉所35号。有154个QTL密集分布在除A06、D02、D06外的23条染色体的42个QTL簇内。这些稳定QTL和QTL簇对候选基因克隆、功能分析等研究奠定了基础。
欧云灿[3]（2021）在《陆地棉产量和纤维品质性状QTL分析》文中提出棉花是世界上重要的经济作物,也是纺织工业的重要原料之一,棉属包括45个二倍体种和7个异源四倍体种,其中有2个四倍体栽培棉种,分别是陆地棉和海岛棉。陆地棉产量占世界棉花总产量的95%以上,但陆地棉纤维品质比海岛棉差,缺乏纺高档棉纱的品种。棉花产量和纤维品质性状之间存在负相关,因此利用传统的育种方法很难满足纤维品质与产量性状同步改良。随着生物技术的迅速发展,基因组测序技术已广泛应用于棉花分子育种研究中,这为陆地棉产量和纤维品质性状的遗传改良和有利等位基因挖掘奠定了基础。本研究采用SSR分子标记技术和简化基因组测序技术（SLAF-seq）检测（渝棉1号×N274）F2:7重组自交系（RIL）群体180个家系基因型,构建遗传连锁图谱,结合该群体产量和纤维品质表型数据,进行产量和纤维品质性状有利等位基因的挖掘。主要研究结果如下:1.SSR基因型检测本研究以陆地棉优质品种渝棉1号为母本,N274为父本构建（渝棉1号×N274）F2:7重组自交系群体,利用实验室前期筛选的260对多态性SSR引物对RIL群体进行基因型检测,共获得了78个有效的SSR多态性位点。2.SLAF-seq基因型检测利用SLAF-seq技术对RIL群体进行简化基因组测序,共得到1246.78M的reads,亲本平均测序深度为59.29×,子代平均测序深度为27.36×,测序结果共开发获得354046个SLAF标签,其中表现出多态性的有8732个SLAF标签,多态性比例为2.47%。8732个多态性SLAF标签经过多重过滤剔除,共计获得2127个有效SNP位点。3.遗传图谱构建利用Joinmap4.0软件对78个SSR多态性位点和2127个SNP位点进行遗传连锁分析,构建了一张包含78个SSR标记和2127个SNP标记的高密度遗传连锁图谱,该图谱重组长度为3195.8 c M,标记间平均距离为1.4 5c M。其中,A亚基因组包含39个SSR标记和1216个SNP标记,覆盖长度为1683.65 c M,标记间平均距离为1.34 c M;D亚基因组包含39个SSR标记和911个SNP标记,覆盖长度为1512.15 c M,标记间平均距离为1.59 c M。4.产量及纤维品质性状QTL定位在遗传连锁图的基础上,结合2019年重庆、2019年海南、2020年新疆库尔勒和新疆奎屯4个环境的产量和纤维品质性状表型数据,利用软件Map QTL6.0进行QTL检测。在4个环境中共定位到70个产量和纤维品质性状相关QTL,包括12个产量性状相关QTL,58个纤维品质性状相关QTL。其中有46个QTL在染色体A亚组能被检测到,有24个QTL在染色体D亚组能被检测到。在两个环境中均能被检测到的有7个QTL（q SIA01、q FLA01.1、q FLD13.1、q FSA07.2、q FMA01、q FMD06和q FED07）,在三个环境中均能被检测的到有3个QTL（q SIA07、q FLA07.2、q FMA07）。此外,有6个QTL簇集中分布在A01、A05、A07、A13、D06和D13染色体上。研究结果为棉花产量和纤维品质QTL的精细定位、图位克隆和候选基因鉴定奠定了基础。
余静文[4]（2021）在《基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘》文中研究说明海岛棉（Gossypium barbadense L.）是世界上广泛种植的栽培棉之一,因其在纤维品质和抗病性等性状上的突出表现而受到人们的广泛关注。近年来,随着测序技术快速发展,测序成本的降低,基因组学的相关研究进入了高通量、高精度的新时期。基于新型测序技术的海岛棉高质量基因组组装已经完成,而利用高通量的重测序可实现对海岛棉群体的精细分析和基因定位,并为海岛棉基因组资源的高效利用创造条件。新疆自治区是我国目前唯一的海岛棉生产基地,利用分子标记探索新疆棉区自育海岛棉群体遗传变异特点,鉴定具有遗传改良价值的关键基因对加速新疆海岛棉育种进程有着重要意义。本研究对240份海岛棉材料进行了高通量重测序,构建海岛棉的高精度基因组变异图谱,并利用鉴定的遗传变异多态性解析该海岛棉群体的结构和连锁不平衡特点。对12个重要的性状进行表型鉴定和全基因组关联分析,为海岛棉分子生物学研究和遗传改良提供重要遗传信息,主要研究内容和结果如下:1.对220份新疆自育海岛棉资源和20份其它棉区的海岛棉种质资源进行重测序。共获得6.34 Tb的测序数据。通过与基因组的序列比对和群体变异检测,共鉴定到3632231个高质量的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）和221354个片段的插入缺失（Insertion-deletion,In Del）。2.利用系统发育分析、主成分分析（Principal components analysis,PCA）和STURUCTURE分析等方法对该群体进行群体结构预测,发现240个海岛棉材料大致分为5个亚群,其中新疆海岛棉群体大致由4个亚群组成。新疆之外,包括美国、埃及、东亚国家、我国云南和海南等地的海岛棉种质资源单独聚类,并与新疆自育海岛棉存在一定的遗传距离。说明新疆海岛棉逐渐形成了独具特色的海岛棉资源类型。3.海岛棉不同亚群间性状表型变异丰富,特别是纤维品质性状。群体遗传学发现,不同亚群间的遗传多样性差异不明显,国外海岛棉种质资源的遗传多样性整体水平高于新疆海岛棉。连锁不平衡（Linkage disequilibrium,LD）分析发现,新疆海岛棉种质资源的LD水平高于陆地棉和亚洲棉,且At亚组的LD衰减距离大于Dt亚组。4.分别在两个试验点对12个重要的棉花性状进行连续两年的表型鉴定,利用统计分析计算性状间的相关性以及广义遗传力（Broad-sense heritability,BSH）,并对表型的多样性进行分析。极显着正相关的性状有单铃重与皮棉和籽棉产量、衣分与皮棉产量、株高与皮棉和籽棉产量、株高与第一果枝节位和单株铃数,以及单株铃数与皮棉和籽棉产量。极显着负相关的性状有第一果枝节位和皮棉产量、衣分、单株铃数。总体看来,纤维品质性状之间的相关性强于产量性状。BSH的变化范围为0.17（单株铃数）至0.57（衣分）,其中纤维品质性状的遗传力水平整体来看高于产量性状,可见纤维产量更易受到环境因素的影响。5.用表型数据的最优线性无偏估计（Best linear unbiased prediction,BLUP）值与基因型数据进行全基因组关联分析（Genome-wide association studies,GWAS）,基于较严格的阈值（p<0.05/n）共鉴定了168个显着相关核苷酸多态性位点（Single nucleotide polymorphism,SNP）。基于建议相关的阈值（p<1/n）共鉴定了2645个SNP。所鉴定的SNP在基因组上分布不均匀,其中D11号染色体的SNP最多,其次为A07染色体。Dt亚组的SNP数量多于At亚组。对于研究的性状而言,鉴定到的纤维强度关联信号最多,其次是衣分,而籽棉产量和第一果枝节位没有鉴定到显着的关联信号,这可能与性状本身的复杂性和对环境因素的敏感性等因素有关。6.基于上述关联分析结果,利用连锁不平衡系数、基因功能注释和RNAseq等方法筛选候选基因,并用不同纤维强度或衣分表型的海岛棉材料进行q PCR表达分析。鉴定出3个与纤维强度相关的候选基因,包括编码酪蛋白激酶I的基因GB＿D11G34371、编码微管相关蛋白的基因GB＿D11G3460和GB＿D11G3471;1个与衣分相关的重要候选基因GB＿A07G1034,该基因编码一种受BRs调节的受体激酶。综上所述,本研究利用重测序完成了海岛棉群体的基因分型,解析了海岛棉的群体结构、连锁不平衡和遗传多样性等特征。并对新疆海岛棉12个重要的性状进行了GWAS分析,其中纤维强度和衣分性状鉴定到了较多的稳定关联SNP。着重分析以上两个性状的关联结果,最终筛选到了2个与纤维强度相关和1个与衣分相关的候选基因。为海岛棉遗传改良提供重要理论基础和目的基因。
李保奇[5]（2020）在《基于田间表型和表型组平台图像指标解析棉花响应干旱的遗传基础》文中提出抗旱性是复杂的数量性状,受到遗传和环境的共同调控。棉花是一种相对耐旱的经济作物,但随着全球气候变暖及我国种植结构的变化,棉花种植区逐渐向西北部干旱地区转移,水资源短缺已成为制约棉花产量和品质的重要因素。开展棉花抗旱机制研究、克隆抗旱基因并应用于棉花育种是解决棉田缺水的有效途径。目前,棉花抗旱基因的发掘进展缓慢,虽有一些调控基因及功能基因的研究报道,但相对于玉米、水稻、小麦等粮食作物的抗旱研究仍有些滞后。由于棉花的生育期长,棉花抗旱性的评价指标一直是研究者们思考和尝试解决的难题。本研究利用陆地棉栽培种组成的自然群体,一方面在新疆大田进行控水处理,获取田间农艺性状、产量和品质等18个性状,另一方面在温室进行干旱处理,通过表型平台采集获取大量数字化表型指标,结合基因组重测序和转录组测序,运用关联分析鉴定棉花抗旱性相关重要位点和重要候选基因。主要研究结果如下:1.大田棉花抗旱性状综合研究及抗旱性状的关联分析本研究利用517份棉花种质组成的自然群体为研究对象,在新疆南北地区进行两年两点的大田控水试验,采用全生育期灌水量为对照组灌水量50%作为水分限制处理,考察了包含农艺性状、纤维品质、产量指标在内的共18个性状,分析了不同性状的广义遗传力和变异系数。根据不同性状与控水处理的关系,描绘了各性状之间的相关性网络。结果表明,群体内不同品种对干旱胁迫的响应差异明显,除铃重和纤维整齐度受水分影响不显着外,其他16个性状在对照和限水处理间表现极显着差异;一方面,50%限水处理使纤维品质降低,表现在纤维长度降低和马克隆值增加;另一个方面,50%限水处理使棉田实收籽棉产量提高8.46%,同时促进相关优良农艺性状的建成,使生育期普遍缩短、株高普遍降低,有利于集中吐絮和合理密植。研究进一步对314个棉花种质进行重测序,结合前期203份种质的重测序结果,我们共获得2564238个SNP用于全基因组关联分析（GWAS）。利用不同表型性状的抗旱系数（DRC）和综合抗旱指数（CIDT）进行关联分析,分别检测到33个和6个与水分胁迫相关的QTL,其中包含两个新的QTL热点区域。结合转录组测序和q RT-PCR,在这两个热点区域内鉴定到6个差异表达基因（DEGs）。本研究不仅为新疆棉田的节水灌溉提供了新思路,也为棉花的抗旱性改良提供了理论基础和候选基因。2.基于表型组学图像指标的关联分析解析棉花苗期响应干旱的遗传基础棉花中开展抗旱鉴定的主要方法是建立旱池、苗期水培实验或盆栽处理,相关指标的采集主要限于株高等人工可采集指标。为了获取抗旱性评价指标,我们利用表型组平台在温室对苗期干旱处理下的200份棉花种质资源进行了动态的RGB图像采集。通过人工测量和无损图像提取进行建模,分析人工采集数据与图像特征数据之间的相关性,共获取了119个基于棉花图像的数字化特征（i-traits）,包括56个形态特征,63个纹理特征。研究验证了株高、株宽、生物量等用于干旱评价的传统指标,并进一步鉴定到了能准确反映棉花苗期响应干旱的多个非人工获得性i-traits:形态特征植株密度（PD）、相对频数（RF）和纹理特征G分量熵值（ET＿G）等。通过综合各棉花形态特征的表现,我们将200个棉花种质的抗旱性分为高抗、中抗、敏感3个等级。本研究表明,表型组学技术突破了人工检测指标少、误差大及通量小的瓶颈,为棉花抗旱性研究提供了优良的技术平台。研究进一步结合基因组重测序数据,通过不同i-traits抗旱系数的GWAS,鉴定到390个与干旱相关的QTL,包括前人在棉花中报道过的抗旱相关基因Gh RD2、Gh NAC4、Gh HAT22和Gh DREB2。结合抗旱种质ZY168和敏旱种质ZY7的转录组数据,我们在一个QTL热点区间内鉴定到此前未报道的两个串联重复基因Gh DNRs（Gh＿A04G0377、Gh＿A04G0378）。病毒介导的基因沉默（VIGS）实验表明,沉默两个基因的表达使棉花植株在干旱处理下表现更抗旱,沉默植株生物量（SA）和株高显着高于对照植株、子叶脱落晚于对照植株、叶片内的可溶性糖含量高于对照植株,证明Gh DNRs是棉花抗旱的负调控因子。本研究结合表型组、基因组和转录组等多组学,不仅为棉花抗旱鉴定提出了新的方法,也为深入解析棉花抗旱机制及棉花抗旱性状的遗传改良提供了强有力的理论和技术支撑。
何守朴[6]（2020）在《外源渐渗对栽培陆地棉群体分化和纤维品质的影响》文中认为种间杂交拓展了作物的遗传多样性并改良了关键性状。栽培陆地棉（Upland cotton）是全世界最重要的经济作物之一,是纺织工业主要的天然纤维原料。理解外源渐渗在陆地棉生态适应性和纤维品质等性状形成和改良过程中的作用,对辅助当前陆地棉育种工作具有重要的理论指导意义。本研究以两个陆地棉种质群体为研究对象,通过系统地解析遗传多样性和群体结构特征,结合外源渐渗片段分析和关联分析结果,从全基因组层面揭示了外源渐渗对栽培陆地棉亚群分化和纤维品质性状改良的影响。主要结果如下:利用RAD-seq简化基因组测序对582份四倍体棉进行遗传多样性和群体结构分析发现,半野生棉群体的遗传多样性(π=0.041×10-3)要高于栽培种群体(π=0.022×10-3)。半野生棉群体内部基因型混杂,与先前划分的7个地理种系并不吻合。虽然栽培陆地棉内部遗传多样性整体偏低,但可以明显划分出2个亚群。其中亚群Group-2的品种主要来自较高纬度地区,具有明显的早熟特征。而亚群Group-1的材料则主要来自较低纬度地区。通过比较亚群之间的序列差异,发现Group-1和Group-2两个亚群的分化分别是由A08和A06两条染色体上大范围的的单体型多样性造成。全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）确认了A06染色体变异区间中存在与生育期密切关联的位点。因此,推测这两条染色体的大规模变异可能与陆地棉的生态适应性形成有关。基因型分析发现A06和A08染色体上全部已知单体型均在半野生棉中形成,而这些单体型则可能通过两种模式遗传给栽培陆地棉:（1）不同的单体型独立遗传给不同的栽培陆地棉祖先;（2）某一种单体型遗传给一种栽培陆地棉祖先,而其他单体型则是后期通过人为（或天然）杂交从半野生棉渐渗到栽培种中。随着我国棉花栽培区域整体向新疆转移,保持陆地棉栽培种内A06和A08染色体的多态性将有利于保存陆地棉种质广泛的环境适应性,同时为进一步鉴定和克隆适应性基因提供了理论依据。对1245份栽培陆地棉8个环境纤维品质数据进行关联分析,分别鉴定到4个与纤维长度（FL2、FL3、FL4和FL5）、3个与纤维强度（FS1、FS2和FS3）和3个与纤维伸长率（FE1、FE2和FE3）相关的位点。其中FL3和FS2,以及FL5和FS1是同时调控纤维长度和纤维强度的一因多效位点（称为FL3/FS2,FL5/FS1）。在这些位点中,FL3/FS2、FL4和FS3为本研究首次报道。在群体中分布频率最高的是FL2（>75%）,FL4和FL5/FS1分布频率均低于25%,而FL3/FS2和FS3的频率更低（<10%）。低频的优异等位变异普遍对性状有更高的改良效应,如FL3/FS2对纤维长度和纤维强度的改良效应达到15%,而FL2对纤维长度的改良效应仅为4.3%。该结果表明,由于绝大部分陆地棉种质仅携带FL2位点的优异等位变异,而改良效应更高的FL3/FS2仅存在于少量优质渐渗系材料中,从而导致陆地棉优质育种缺乏可利用的基因资源,造成了目前陆地棉纤维品质的改良瓶颈。通过系统分析13个外源棉种在2927份陆地棉种质资源中的渐渗事件发现,在陆地棉中累积渐渗片段最多的3个棉种分别是四倍体海岛棉（G.barbadense）、二倍体亚洲棉（G.arboreum）和瑟伯氏棉（G.thurberi）。该结果与陆地棉远缘杂交历史记载吻合,即海岛棉和源自“陆地棉-瑟伯氏棉-亚洲棉”三元杂交种的Pee Dee系列种质可能是陆地棉纤维品质改良关键的外部基因源。结合纤维品质的全基因组关联分析结果发现,陆地棉纤维品质优异等位变异来源广泛。其中控制纤维长度的FL2和同时控制纤维长度和纤维强度的FL5/FS1,以及控制纤维伸长率的全部三个优异等位变异（FE1、FE2和FE3）片段均直接来源自半野生棉;控制纤维长度的FL4可能是一个发生在基因NAC029（A10G233100）外显子上引入终止密码子的单碱基突变,该突变发生在栽培陆地棉群体;而两个具有较大纤维品质改良效应的优异等位变异FL3/FS2和FS3则分别来源自亚洲棉和瑟伯氏棉渐渗。本研究还发现,虽然栽培陆地棉基因组上存在大量的海岛棉渐渗片段,但上述优异等位变异均不是源自海岛棉。推测远缘杂交导入了大量的海岛棉片段到栽培陆地棉基因组中,然而可能仅有少量优质纤维品种存在海岛棉优异等位变异。优异等位变异的聚合效应分析表明,凡是携带了FL3/FS2和FS3的材料纤维长度和强度均显着优于其他材料。因此我们提出这两个新鉴定到的优异等位变异可能是突破目前陆地棉纤维品质改良瓶颈的关键。然而由于远缘杂交普遍造成的连锁累赘（linkage drag）效应,且这两个位点所在的染色体区间范围较大,导致携带这些优异等位变异的材料在产量和生育期方面存在劣势。未来不仅需要通过大群体精细定位明确这些位点的关键变异和基因（causal variations/genes）,打破不利连锁。还需要对陆地棉其他关键性状进行深入剖析,通过整体分析目标性状的聚合效应,筛选出品质、产量和适应性兼顾的优异等位变异组合用于指导棉花分子育种。
刘慧[7]（2020）在《“成花素-抗成花素”调控棉花开花转变和株型发育的功能研究》文中指出植物成花素蛋白FLOWERING LOCUS T（FT）促进开花,调控植株顶端分生组织的有限生长;抗成花素蛋白CENTRORADIALIS/TERMINAL FLOWER1/SELF-PRUNING（CETS）抑制植物开花,调控植株无限生长。二者在植物的顶端分生组织中,竞争与b ZIP转录因子FD蛋白的相互作用,分别形成“成花素激活复合物（florigen activation complex,FAC）”和“抗成花素复合物”,协同调控植物的营养生长和生殖生长,最终决定植物的开花时间和株型结构。在一些作物中,“成花素-抗成花素”系统相关基因的突变或表达量变化,导致作物花期、生育期和株型的改变,为作物的理想株型育种提供了重要的遗传资源,同时也为作物栽培模式的改良和机械化生产做出了重要贡献。棉花作为重要经济作物,株型和生育期是影响棉花种植密度、栽培模式和机械采摘的重要因素。对棉花“成花素-抗成花素”系统进行定向改良,能够塑造棉花的理想株型,调节棉花生育期进程,进而达到提高棉花产量和机械生产效率的目的。本研究旨在通过对棉花成花素GhFT、成花素受体Gh14-3-3、b ZIP转录因子GhFD蛋白以及抗成花素GhCETS蛋白功能的逐个研究,揭示棉花“成花素-抗成花素”系统调控棉花开花转变和株型发育潜在的分子机理,为棉花株型定向改良提供理论依据和基因元件。此外,本研究进一步探索了“成花素-抗成花素”系统相关基因对植物根系发育和氮肥利用效率的影响,旨在为基因新功能的挖掘和利用提供参考依据。本研究主要内容与研究结果如下:1.棉花FAC功能研究棉花基因组中仅存在1个GhFT基因,能够促进开花。通过酵母文库筛选鉴定了一个与GhFT互作的成花素受体Gh14-3-3,二者在植物细胞的细胞质和细胞核中均存在互作。在棉花中共存在5个b ZIP转录因子GhFD,在进化中分为2个亚类,GhFD1/2与模式植物拟南芥FD同源基因具有较高的相似性,GhFD3/4/5为锦葵属植物所特有。GhFT、Gh14-3-3和5个GhFD蛋白均能够在细胞核中互作,形成三复合体。根据GhFD的不同,分别参与调控棉花的开花时间和根系发育。一方面,在地上部分茎尖分生组织中GhFT–Gh14-3-3–GhFD1/2复合体能够激活棉花花身份同源基因APETALA1表达,从而促进棉花开花转变;另一方面在根中GhFT–Gh14-3-3–GhFD3/4/5复合体激活植物侧根发育关键基因AUXIN RESPONSE FACTOR 19的表达,进而促进棉花侧根发育。GhFT–Gh14-3-3–GhFDs复合物调控模块的解析,从分子水平上揭示了棉花开花转变的内在机理以及FAC复合体功能的多样性。2.棉花抗成花素相关基因的功能研究全基因组分析发现在棉花基因组中存在3个抗成花素同源基因,分别命名为Gh SP、Gh TFL1-1和Gh TFL1-2,三者在棉花的根、茎以及花器官相关组织中表达量较高,其他组织中几乎不表达。三者异源过表达均能够促进拟南芥的营养生长,抑制开花转变;基因沉默后都能促进棉花开花。除了促进早花,Gh SP基因沉默终止茎秆的无限生长,导致棉花主茎自封顶。在四倍体棉花中,GoSP等位基因的自然变异,会导致果枝缩短,在海岛棉中Gbsp113Ser突变类型产生零式果枝,在陆地棉中Ghsp73Asn突变产生丛生铃,但是植株顶端仍然保持无限生长状态。Gh SP、Gh TFL1-1和Gh TFL1-2均能与GhFD1、Gh14-3-3在植物细胞体内互作,但是Ghsp73Asn和Gbsp113Ser突变蛋白不与GhFD1互作。3.抗成花素蛋白调控植物根系发育,增加氮肥利用的研究。在拟南芥中,高氮能够诱导抗成花素基因TFL1基因上调表达,同时增加TFL1蛋白的积累和蛋白稳定性。相比于野生型,tfl1突变体对低氮更加敏感,会产生更长的主根和侧根。TFL1过量表达能够同时增加植株地上和地下部分的生物量,增加根系的硝酸盐吸收速率和硝酸还原酶的活性,但是严重推迟植物开花。通过在根中特异性表达TFL1基因,在不影响植株开花时间的同时,能够维持植物在低肥条件下的生物量和籽粒产量。综上所述,棉花中虽然只有1个成花素蛋白,但5个FD蛋白功能的不同,能够实现棉花FAC功能的多样性。棉花中存在3个CETS基因,能够分工调控棉花的开花时间,无限生长以及果枝发育,说明“成花素-抗成花素”系统分子模块能够精密调控棉花多方面的生长发育。此外,在模式植物拟南芥中,抗成花基因AtTFL1还能够增加氮肥利用效率,增加植物生物量,这也为棉花“少投入、多产出”新品种的培育,提供了借鉴和新基因资源。
王天友[8]（2020）在《南疆陆地棉种质资源遗传多样性及对脱叶剂的敏感性分析》文中提出棉花是重要的天然纤维作物,也是我国重要的经济作物之一。新疆以其独特的环境条件和资源优势,成为我国棉花的主产区。近些年来为了减少劳动成本,挖掘棉花增产增收的潜能,机采棉技术在新疆特别是兵团得到了迅速发展和广泛普及。棉花机械采收虽然降低了生产成本,但导致棉花质量严重下降。因此,培育品质性状优良,对脱叶剂敏感适宜机采的棉花品种是新疆棉花产业提质增效的前提保障。本试验以南疆90份种质资源为研究材料,通过表型性状和SSR分子标记对南疆陆地棉种质资源遗传多样性和对脱叶剂的敏感性进行了研究,为正确利用南疆陆地棉种质资源进行亲本选配,筛选和培育适宜机采的陆地棉新品种提供参考。主要研究结果如下:1.对90份南疆陆地棉种质资源材料进行了2年的表型性状鉴定,发现表型性状的变异系数范围为0.82%-26.55%,平均变异系数为10.00%,多样性指数在1.92-2.07之间,平均值为2.02。结果表明南疆陆地棉种质资源表型性状具有较大的遗传多样性。表型性状聚类结果表明南疆陆地棉种质资源可以分为2个类群,分别包含36份材料和54份材料。2个类群又可以分别划分成3个亚群,各亚群间的表型性状具有不同的特点,可以为陆地棉新品种的培育提供具有不同特点的材料。2.从180对SSR引物中筛选出的条带清晰、有多态性的22对引物进行遗传多样性分析,发现基因多样性的平均值为0.2817,PIC的变化范围是0.0220-0.5388,平均值为0.2497,表明南疆陆地棉种质资源具有一定的遗传多样性。利用NTSYS、Powermarker和Structure分别进行聚类分析和群体结构分析,结果表明南疆陆地棉种质资源的遗传基础比较简单,基于相似系数的NTSYS聚类结果与表型性状的聚类结果差别较大,而Powermarker和Structure的结果与表型性状聚类结果具有一致性。3.通过田间试验,发现不同材料对脱叶剂的响应不同,喷施脱叶剂后第4-7天的脱叶率可作为脱叶剂敏感性的评价指标,喷施脱叶剂后,果枝叶的脱叶效果最好,叶枝叶次之,主茎叶的脱叶效果最差,然后筛选出了对脱叶剂敏感的6份典型材料:JP-11（10）、新陆中2号（33）、新陆中29号（41）、军棉1号（69）、中414（82）、中棉641（89）。通过表型性状和SSR分子标记均表明南疆陆地棉种质资源可以分为2个大的类群,表明其遗传基础比较狭窄,而南疆陆地棉发现表型性状变异系数较大,遗传多样性较丰富,SSR分子标记也表明南疆陆地棉种质资源具有一定的遗传多样性。田间试验表明不同品种的脱叶剂敏感性有所不同,并从中筛选出对了对脱叶剂敏感的典型材料。本实验为利用南疆陆地棉种植资源多样性评价及利用提供了理论依据,同时为培育适宜机采的新品种提供了参考。
温思钰[9]（2020）在《陆地棉产量性状的全基因组关联分析》文中提出棉花作为重要的经济作物,在纺织业和食用油利用中发挥着巨大的作用。培育高产优质棉、打破棉花产量瓶颈一直是我国育种家的目标,挖掘产量相关基因具有重要意义。本研究构建了349份陆地棉种质资源的自然群体,通过10×重测序技术对陆地棉全基因组变异检测,结合两年两点共三个环境12个产量性状表型数据进行全基因组关联分析,挖掘产量性状相关SNP位点,为后续陆地棉产量性状遗传基础解析提供基础。主要结果如下:1.产量性状的变异分析和相关性分析:铃数、总生殖数、单株籽棉产量、棉柴比这四个性状在多环境下变异系数均较大,表型数据存在广泛变异。产量相关性状间相关性较复杂,株高、果枝数、果枝节位、铃数、总生殖数等多数产量相关数据与产量间呈正相关关系,汇总三个环境和BLUP值中产量性状与产量间相关性,其相关系数排序为铃数>总生殖数>铃重>果枝数>株高>铃壳重>子指>衣分。2.群体结构和连锁不平衡分析:通过平均深度为11.65×的重测序,共产生了25Tb数据和198万个高质量SNP位点,利用构建系统发育树、主成分分析和ADMIXTURE软件进行群体结构分析,综合分析结果将349份陆地棉种质材料分成3个亚群。连锁不平衡分析表明该自然群体的LD衰减距离为300kb。3.全基因组关联分析:比较MLM（PCA+K）和MLM（Q+K）两种关联模型,确定MLM（Q+K）为该自然群体最佳关联模型。对12个产量性状共鉴定出153个显着相关的SNP位点,其中47个与株高显着相关,31个铃数显着相关,39个铃重显着相关。且相比Dt亚组,12个产量性状在At亚组中关联到的SNP位点较多。本研究对陆地棉GWAS分析中基本原理和方法的探究,为后续GWAS技术在陆地棉中的应用提供参考和意见,也为陆地棉产量分子育种奠定基础。
纪晓彬[10]（2020）在《新疆兵团垦区棉花大丽轮枝菌群体遗传多样性初步分析》文中提出大丽轮枝菌（Verticillium dahliae Kleb.）属于典型的土传维管束病原真菌,其引起的黄萎病是威胁我国棉花生产的头号病害。近年来,随着棉花种植结构调整,新疆已成为我国第一大主产棉区,2019年,新疆种植面积占全国76.1%。其中,新疆生产建设兵团（以下简称新疆兵团）的植棉面积为87.94万公顷,占新疆棉花总面积的34.62%,产量占42.33%。然而,新疆棉区尤其是兵团植棉垦区机械化、常年连作、秸秆还田等特有的栽培模式,加上种子调运频繁,导致土壤病原物、特别是大丽轮枝菌大量积累,各种菌系叠加混合,为大丽轮枝菌优势种群传播和种群变异提供了条件,造成近年来新疆兵团棉花黄萎病频繁爆发且为害日趋严重。因此,为明确新疆兵团棉花大丽轮枝菌的种群遗传结构及分布特征,本论文于2016-2017年围绕新疆兵团主要棉花种植团场采集了棉花黄萎病病样并进行大丽轮枝菌分离,通过基因型鉴定及群体遗传结构分析,取得以下主要研究结论:1.2016–2017年从9个师共40个团分离大丽轮枝菌1877株,其中2017年1345株（占分离菌株总数71.66%）,北疆1158株（占分离菌株总数61.69%）;培养表型鉴定发现分离的菌株中菌核型（易沉积黑色素）最多,共1131株（占60.25%）,其次是菌丝型,共570株（占30.37%）,其余176株为中间型;结合分离菌株年际和地理分布信息比较分析发现,年度间及南北疆菌株的培养表型无显着差异。上述结果表明新疆棉花大丽轮枝菌以菌核型为主。2.基于落叶/非落叶型、生理型（小种）和配子型基因标记,系统开展了分离菌株的基因型鉴定。检测发现,分离的菌株含有落叶型标记菌株1094株（占58.28%）,非落叶型标记703株（占37.45%）,其余80株（占4.26%）既不含有落叶型也不含有非落叶型标记;比较2016-2017年度南北疆落叶型群体比例发现,北疆落叶型菌株比率分别为81.94%和75.03%、南疆落叶型菌株比率分别为31.76%和28.40%,表明北疆的落叶型菌株比例均显着高于南疆;进一步分析发现,年际间相同/近似采样点落叶型菌株比例呈上升趋势,2017年分离自三、六和八师的落叶型大丽轮枝菌较2016年均增加（>5%）。生理型（小种）检测发现新疆棉区大丽轮枝菌均为2号生理型（小种）;配子型分析表明分离的菌株均为MAT1-2,表明其不具有发生有性世代的种群结构基础。综上研究结果表明,落叶型大丽轮枝菌已成为新疆棉区、特别是北疆地区的优势种群并快速传播。3.针对分离的病原开展了全基因组重测序工作,鉴定出231,994个遗传变异,包括201,986个SNPs和30,008个Indels,其中35,433个为非同义突变SNPs,为构建大丽轮枝菌种群遗传变异图谱及基因正选择分析提供了重要的数据支撑。基于群体全基因组遗传变异首次构建了新疆兵团棉区大丽轮枝菌种群的系统发育树,发现新疆棉花大丽轮枝菌分化成截然不同的2个进化分支,2个极性群体且与落叶型和非落叶型直接关联且无明显的遗传变异交换,表明新疆兵团棉花大丽轮枝菌仍然以2个典型的无性系（落叶型和非落叶型）传播。遗传变异及其系统发育树分析还发现少部分菌株独立于2个进化分支之外,表明新疆兵团棉花大丽轮枝菌还存在新的无性系或者变异类型。综上所述,本论文通过新疆兵团垦区棉花黄萎病为害调查及病原大丽轮枝菌分离与鉴定,为黄萎病病原学研究提供了重要的数据与菌种资源;通过基因型鉴定及全基因组遗传变异分析发现,新疆兵团棉区目前仍以2个截然不同的无性系—落叶型和非落叶型群体流行传播,且落叶型大丽轮枝菌已成为优势种群并快速传播,这为新疆兵团棉花大丽轮枝菌种群结构变异与演化及黄萎病防控提供了重要的理论与数据支撑。
二、Current Status and Progresses in Chinese Cotton Genomic Research（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Current Status and Progresses in Chinese Cotton Genomic Research（论文提纲范文）
（1）陆地棉优质早熟群体产量与纤维品质性状QTL定位（论文提纲范文）
| 本研究受以下项目资助 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类、起源和进化 |
| 1.1.1 棉属的分类 |
| 1.1.2 棉属的起源进化 |
| 1.2 种质资源及早熟棉 |
| 1.2.1 种质资源 |
| 1.2.2 早熟棉 |
| 1.3 DNA分子标记 |
| 1.3.1 一、二代分子标记 |
| 1.3.2 SNP分子标记 |
| 1.4 简化基因组测序技术 |
| 1.4.1 简化基因组测序技术类型 |
| 1.4.2 SLAF-seq技术原理 |
| 1.4.3 SLAF-seq技术的应用 |
| 1.5 遗传图谱构建 |
| 1.6 QTL定位 |
| 1.7 棉花遗传图谱构建和QTL定位研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的及意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 主要实验设备及实验试剂 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 DNA提取 |
| 3.3.2 SSR引物筛选 |
| 3.3.3 PAGE电泳 |
| 3.4 数据统计与分析方法 |
| 3.4.1 表型考察 |
| 3.4.2 相关性分析 |
| 3.4.3 方差分析 |
| 3.4.4 SSR标记基因型考察 |
| 3.4.5 SLAF-seq测序与结果分析 |
| 3.4.6 遗传图谱构建 |
| 3.4.7 QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 产量和纤维品质表型 |
| 4.1.1 产量性状表型统计分析 |
| 4.1.2 纤维品质性状表型统计分析 |
| 4.1.3 产量与纤维品质相关性分析 |
| 4.1.4 产量与纤维品质的方差分析 |
| 4.2 遗传图谱构建 |
| 4.2.1 引物多态性筛选 |
| 4.2.2 RIL F_(2:6)群体基因型检测 |
| 4.2.3 SLAF-seq简化基因组测序 |
| 4.2.4 遗传图谱构建 |
| 4.2.5 标记偏分离检测 |
| 4.3 QTL定位 |
| 4.3.1 产量性状的QTL定位 |
| 4.3.2 纤维品质性状的QTL定位 |
| 4.3.3 环境稳定QTL及 QTL簇 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 遗传图谱构建 |
| 5.2 产量和纤维品质性状QTL |
| 5.3 QTL簇 |
| 第6章 结论 |
| 6.1 产量、纤维品质性状表型分析 |
| 6.2 重组自交系遗传图谱构建 |
| 6.3 产量和纤维品质性状的QTL定位 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类与发展 |
| 1.1.1 棉属的分类 |
| 1.1.2 棉属的栽培种 |
| 1.2 棉花种质资源 |
| 1.2.1 陆地棉野生种系特征性状 |
| 1.2.2 陆地棉野生种系研究进展 |
| 1.3 棉花遗传图谱的构建 |
| 1.3.1 DNA分子标记 |
| 1.3.2 遗传作图群体 |
| 1.3.3 棉花种间遗传图谱研究 |
| 1.3.4 陆地棉种内遗传图谱研究 |
| 1.4 SNP标记的开发 |
| 1.4.1 SNP标记 |
| 1.4.2 全基因组高通量重测序技术开发SNP标记 |
| 1.4.3 利用基因芯片技术开发SNP标记 |
| 1.4.4 利用简化基因组测序来开发SNP标记 |
| 1.4.5 SLAF测序技术的应用 |
| 1.5 棉花QTL定位研究 |
| 1.5.1 QTL定位原理和方法 |
| 1.5.2 棉花农艺性状QTL研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 目的与意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 材料和方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验仪器设备 |
| 3.3 棉花基因组DNA提取 |
| 3.3.1 棉花基因组DNA提取试剂 |
| 3.3.2 CTAB法提取棉花基因组DNA |
| 3.4 SSR标记检测 |
| 3.4.1 PCR反应体系建立及反应程序 |
| 3.4.2 SSR引物来源 |
| 3.4.3 SSR扩增产物检测主要试剂 |
| 3.4.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.5 SLAF-seq及群体基因型分型 |
| 3.5.1 酶切方案的设计 |
| 3.5.2 文库的建立和测序 |
| 3.6 数据分析 |
| 3.6.1 遗传图谱的构建 |
| 3.6.2 表型数据 |
| 3.6.3 QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 重组自交系群体F_(2:6)高密度遗传图谱的构建 |
| 4.1.1 SSR标记检测群体各单株基因型 |
| 4.1.2 SLAF-seq检测群体各单株基因型 |
| 4.1.3 遗传图谱的构建 |
| 4.2 群体产量性状和纤维品质表型统计分析 |
| 4.2.1 群体产量和纤维品质性状表现 |
| 4.2.2 群体产量性状和纤维品质方差分析 |
| 4.2.3 群体产量性状和纤维品质间相关性分析 |
| 4.3 群体产量性状和纤维品质QTL初步定位 |
| 4.3.1 产量性状QTL初步定位 |
| 4.3.2 纤维品质QTL初步定位 |
| 4.3.3 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 作图亲本的选择 |
| 5.2 作图标记选择及高密度遗传图谱构建 |
| 5.3 有利等位基因来源 |
| 5.4 QTL簇统计分析 |
| 5.5 环境稳定QTL和共同QTL |
| 第6章 结论 |
| 6.1 高密度遗传图谱的构建 |
| 6.2 产量和纤维品质QTL的初步定位 |
| 6.3 环境稳定QTL和QTL簇 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 在校期间发表的论文 |
（3）陆地棉产量和纤维品质性状QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的进化与分类 |
| 1.2 棉纤维的发育 |
| 1.2.1 起始阶段 |
| 1.2.2 伸长阶段 |
| 1.2.3 次生细胞壁合成阶段 |
| 1.2.4 脱水成熟阶段 |
| 1.3 棉花纤维品质和产量的影响因素 |
| 1.3.1 棉花纤维品质研究指标 |
| 1.3.2 棉花纤维品质的影响因素 |
| 1.3.3 棉花产量构成因素 |
| 1.3.4 棉花产量的影响因素 |
| 1.4 产量和纤维品质性状的同步改良 |
| 1.5 分子标记类型与特点 |
| 1.5.1 简单重复序列多态性标记SSR及其应用 |
| 1.5.2 单核苷酸多态性标记SNP及其应用 |
| 1.6 作图群体 |
| 1.7 棉花遗传连锁图谱 |
| 1.7.1 种间遗传图谱 |
| 1.7.2 种内遗传图谱 |
| 1.8 产量和纤维品质性状QTL定位研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 研究内容与技术路线 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 实验仪器设备 |
| 3.3 DNA的提取 |
| 3.3.1 提取试剂 |
| 3.3.2 叶片的采取 |
| 3.4 SSR分子标记技术 |
| 3.4.1 PCR扩增体系和反应程序 |
| 3.4.2 PCR扩增产物的检测 |
| 3.4.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤 |
| 3.4.4 基因型分型的统计 |
| 3.5 SLAF-seq技术 |
| 3.6 表型分析及QTL检测 |
| 3.6.1 产量和纤维品质性状检测 |
| 3.6.2 表型性状分析 |
| 3.6.3 产量及纤维品质性状QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 遗传图谱构建 |
| 4.1.1 SSR标记基因型分型 |
| 4.1.2 SNP标记基因型分型 |
| 4.1.3 陆地棉遗传图谱构建 |
| 4.2 RIL群体产量和纤维品质性状统计分析 |
| 4.2.1 群体产量性状表现 |
| 4.2.2 群体纤维品质性状表现 |
| 4.2.3 群体纤维品质和产量性状的相关性分析 |
| 4.2.4 群体纤维品质和产量性状的方差分析 |
| 4.3 产量和纤维品质性状QTL初步定位 |
| 4.3.1 产量性状QTL初步定位 |
| 4.3.1.1 籽指QTL分析 |
| 4.3.1.2 铃重QTL分析 |
| 4.3.1.3 衣分QTL分析 |
| 4.3.2 纤维品质性状QTL初步定位 |
| 4.3.2.1 纤维长度QTL分析 |
| 4.3.2.2 纤维整齐度QTL分析 |
| 4.3.2.3 纤维比强度QTL分析 |
| 4.3.2.4 纤维马克隆QTL分析 |
| 4.3.2.5 纤维伸长率QTL分析 |
| 4.4 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 第五章 讨论 |
| 5.1 作图亲本与群体 |
| 5.2 遗传连锁图谱 |
| 5.3 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 5.4 有利等位基因的来源 |
| 5.5 稳定QTL和共同QTL |
| 第6章 结论 |
| 6.1 重组自交系群体构建 |
| 6.2 遗传连锁图谱构建 |
| 6.3 产量和纤维品质性状QTL初步定位 |
| 6.4 稳定QTL和共同QTL |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间发表的论文 |
（4）基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 棉花种质资源概况 |
| 1.1.1 海岛棉起源与分类 |
| 1.1.2 海岛棉遗传多样性研究进展 |
| 1.1.3 新疆海岛棉育种进程 |
| 1.2 海岛棉种质资源的利用 |
| 1.2.1 种间杂种优势利用 |
| 1.2.2 海岛棉与陆地棉种间渐渗作用 |
| 1.3 全基因组关联分析 |
| 1.3.1 全基因组关联分析原理与流程 |
| 1.3.2 棉花基因组测序研究进展 |
| 1.3.3 海岛棉群体遗传图谱的构建 |
| 1.3.4 海岛棉全基因组关联分析研究进展 |
| 1.3.5 全基因组关联分析的扩展 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 研究报告 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 田间试验 |
| 2.2.2 表型鉴定与分析 |
| 2.2.3 文库构建和测序 |
| 2.2.4 序列质量检测和过滤 |
| 2.2.5 基因分型 |
| 2.2.6 群体结构分析 |
| 2.2.7 LD和群体遗传多样性分析 |
| 2.2.8 群体受选择分析 |
| 2.2.9 全基因组关联分析 |
| 2.2.10 候选基因的鉴定 |
| 2.2.11 表达分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 SNP和 In Del的鉴定 |
| 2.3.2 群体结构特点 |
| 2.3.3 连锁不平衡和遗传多样性分析 |
| 2.3.4 选择区域鉴定 |
| 2.3.5 关联群体的表型变异 |
| 2.3.6 全基因组关联分析 |
| 2.3.7 纤维强度相关候选基因的鉴定和表达 |
| 2.3.8 衣分相关候选基因的鉴定和表达 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 基于重测序的海岛棉基因分型 |
| 2.4.2 独特的新疆自育海岛棉种质资源 |
| 2.4.3 不同性状关联位点的鉴定 |
| 2.4.4 棉花纤维性状相关候选基因 |
| 2.4.5 展望 |
| 2.5 结论 |
| 参考文献 |
| 附表 |
（5）基于田间表型和表型组平台图像指标解析棉花响应干旱的遗传基础（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 文献综述 |
| 1.2.1 植物抗旱性鉴定的主要指标 |
| 1.2.1.1 抗旱性鉴定的形态指标 |
| 1.2.1.2 抗旱性鉴定的生理生化指标 |
| 1.2.1.3 综合指标 |
| 1.2.2 关联分析及其在植物抗旱中的应用 |
| 1.2.2.1 关联分析概念及其优势 |
| 1.2.2.2 关联分析理论基础:连锁不平衡 |
| 1.2.2.3 关联分析在粮食作物抗旱中的研究进展 |
| 1.2.2.4 关联分析在棉花抗旱中的研究进展 |
| 1.2.3 植物表型组学的发展和应用 |
| 1.2.3.1 表型组学的概念及优势 |
| 1.2.3.2 植物表型组学的研究策略 |
| 1.2.3.3 国外表型平台及国际组织的发展 |
| 1.2.3.4 我国植物表型平台的发展及应用 |
| 1.2.3.5 植物表型组学解析遗传基础的研究进展与趋势 |
| 1.3 本研究的目的和意义 |
| 第二章 田间棉花的多指标综合性抗旱研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验设计与干旱处理 |
| 2.1.2 性状考察 |
| 2.1.3 遗传力分析和方差分析 |
| 2.1.4 抗旱系数与综合抗旱指数 |
| 2.1.5 材料重测序及数据分析 |
| 2.1.6 全基因组关联分析及干旱相关(DR)候选基因鉴定 |
| 2.1.7 qRT-PCR验证候选基因 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 表型变异结果分析 |
| 2.2.2 正常给水条件下性状之间的相关性分析 |
| 2.2.3 不同灌水条件下棉花产量、纤维品质及相关性状表现 |
| 2.2.4 基因型数据分析和变异鉴定 |
| 2.2.5 群体结构和主成分分析 |
| 2.2.6 全基因组关联分析和DR位点鉴定 |
| 2.2.7 转录组分析和q RT-PCR检测DR候选基因 |
| 2.3 讨论与结论 |
| 2.3.1 限制给水影响棉花的发育和形态发生 |
| 2.3.2 限制给水影响棉花籽棉产量 |
| 2.3.3 全基因组关联分析有助于棉花DR基因的发掘 |
| 2.3.4 结论 |
| 第三章 表型组学与基因组学联合解析棉花苗期响应干旱的遗传基础 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验设计和干旱处理 |
| 3.1.3 图像数据收集及数字化特征(i-traits)提取 |
| 3.1.3.1 颜色分量提取 |
| 3.1.3.2 i-traits的定义 |
| 3.1.4 i-traits表型数据分析 |
| 3.1.5 材料重测序及全基因组关联分析 |
| 3.1.6 转录组测序 |
| 3.1.7 差异表达基因分析 |
| 3.1.8 病毒介导的基因沉默(VIGS)实验 |
| 3.1.9 VIGS材料的干旱处理及表型考察 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 高通量自动表型平台测定棉花表型数据 |
| 3.2.2 干旱条件下的i-traits变异 |
| 3.2.3 新型的i-traits抗旱指标 |
| 3.2.4 基因型数据分析 |
| 3.2.5 群体结构和主成分分析 |
| 3.2.6 全基因组关联分析和DR位点鉴定 |
| 3.2.7 干旱负调控基因Gh DNRs的鉴定 |
| 3.3 讨论与结论 |
| 3.3.1 表型组学可以为棉花抗旱研究提供新型表型指标 |
| 3.3.2 表型组学结合GWAS有利于鉴定DR基因 |
| 3.3.3 植物表型组学研究展望 |
| 3.3.4 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 I |
| 附录 II |
| 一、攻读学位期间已发表论文 |
| 二、参加国际会议 |
| 致谢 |
（6）外源渐渗对栽培陆地棉群体分化和纤维品质的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 棉属的分类和起源 |
| 1.3 陆地棉的驯化和育种 |
| 1.3.1 栽培陆地棉的起源与驯化 |
| 1.3.2 中国陆地棉的引种与育种 |
| 1.4 陆地棉遗传多样性、群体分化及其生物学意义 |
| 1.4.1 陆地棉遗传多样性和群体分化 |
| 1.4.2 染色体倒位和生态适应性 |
| 1.5 棉属各种的育种潜力和利用 |
| 1.5.1 棉属各种的育种潜力 |
| 1.5.2 棉属种间杂交育种的研究进展 |
| 1.5.3 棉属种间杂交渐渗系的相关基础研究进展 |
| 1.6 陆地棉纤维品质QTL的研究进展、局限性及对策 |
| 1.6.1 我国陆地棉纤维品质现状 |
| 1.6.2 陆地棉纤维品质分子标记研究进展 |
| 1.6.3 当前陆地棉种质资源群体纤维品质QTL研究的局限性 |
| 1.6.4 突破陆地棉纤维品质QTL研究局限性的对策 |
| 1.7 本研究的目的和意义 |
| 2 外源渐渗引起陆地棉群体分化和重要性状改变 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 材料背景 |
| 2.1.2 田间实验设计和表型数据 |
| 2.1.3 DNA提取 |
| 2.1.4 测序文库的构建 |
| 2.1.5 变异发掘 |
| 2.1.6 遗传多样性和群体结构 |
| 2.1.7 全基因组关联分析 |
| 2.1.8 渐渗分析 |
| 2.1.9 转录组数据分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 遗传结构关系 |
| 2.3.2 栽培种内亚群表型比较 |
| 2.3.3 栽培陆地棉亚群分化的原因 |
| 2.3.4 A06和A08分化区间内的基因表达特征 |
| 2.3.5 全基因组关联分析确认分化区间内与性状关联的变异 |
| 2.3.6 A06和A08染色体特异单体型可能的形成机制 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 不同陆地棉地理种系之间的遗传成分混杂 |
| 2.4.2 染色体倒位引起群体分化和适应性变化 |
| 2.4.3 A06和A08上的染色体结构变异是从半野生棉上渐渗而来 |
| 3 陆地棉纤维品质的遗传基础及渐渗对纤维品质的改良 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料背景 |
| 3.1.2 田间实验设计和纤维品质数据调查 |
| 3.1.3 DNA提取 |
| 3.1.4 测序文库的构建 |
| 3.1.5 变异发掘 |
| 3.1.7 遗传多样性和群体结构 |
| 3.1.8 全基因组关联分析 |
| 3.1.9 渐渗分析 |
| 3.1.10 RNA的提取、荧光定量PCR、测序文库构建和RNA测序 |
| 3.1.11 转录组数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 不同棉种在陆地棉基因组上的渐渗 |
| 3.2.2 陆地棉纤维品质的遗传基础 |
| 3.2.3 FL2的遗传基础 |
| 3.2.4 亚洲棉渐渗位点FL3/FS2的遗传基础 |
| 3.2.5 FL4的遗传基础 |
| 3.2.6 FL5/FS1的遗传基础 |
| 3.2.7 瑟伯氏棉渐渗位点FS3的遗传基础 |
| 3.2.8 亚洲棉/瑟伯氏棉渐渗片段对纤维品质的改良效应及其可能的起源 |
| 3.2.9 陆地棉纤维长度和纤维强度全部优异位点的来源 |
| 3.2.10 FE1的遗传基础 |
| 3.2.11 FE2的遗传基础 |
| 3.2.12 FE3的遗传基础 |
| 3.2.13 纤维伸长率与纤维长度和纤维强度的关系及其优异等位变异的应用策略 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 陆地棉纤维品质优异等位变异来源广泛 |
| 3.3.2 大多数优质陆地棉的优异等位变异不是来源于海岛棉 |
| 3.3.3 当前陆地棉纤维品质改良瓶颈的分子基础和对策 |
| 4 全文结论与创新点 |
| 4.1 全文结论 |
| 4.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 Ⅰ:附表 |
| 附录 Ⅱ:作者介绍 |
| 致谢 |
（7）“成花素-抗成花素”调控棉花开花转变和株型发育的功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要缩略词 |
| 第一章 绪论 |
| 1 引言 |
| 2 研究背景 |
| 2.1 植物开花途径 |
| 2.1.1 光周期途径 |
| 2.1.2 春化途径和温度途径 |
| 2.1.3 自主途径 |
| 2.1.4 赤霉素途径 |
| 2.1.5 年龄途径 |
| 2.2 成花素调控植物开花转变的分子机理 |
| 2.2.1 成花素假说和成花素的本质 |
| 2.2.2 成花素激活复合物 |
| 2.3 抗成花素的功能与分子机理研究进展 |
| 2.3.1 抗成花素蛋白CETS的发现 |
| 2.3.2 植物CETS同源基因的功能 |
| 2.3.3 植物CETS基因调控植物花序结构的分子机理 |
| 2.4 “成花素-抗成花素”系统在作物株型育种上的贡献 |
| 2.5 “成花素-抗成花素”平衡假说 |
| 2.6 植物FD同源基因的功能研究进展 |
| 2.7 氮对植物植物的根系发育的影响 |
| 2.7.1 植物的侧根发育 |
| 2.7.2 氮对根系形态构型的调控 |
| 2.8 氮吸收与代谢的研究进展 |
| 2.8.1 植物根系氮吸收的研究进展 |
| 2.8.2 氮同化的研究进展 |
| 2.9 FT/CETS基因调控棉花株型的研究现状 |
| 2.9.1 棉花株型与早熟 |
| 2.9.2 棉花FT/CETS基因家族的研究进展 |
| 3 研究意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 植物材料及来源 |
| 1.2 实验所用菌株 |
| 1.3 实验所用载体 |
| 1.4 常用生物试剂、试剂盒和蛋白抗体 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 棉花FT、FD和 CETS基因的全基因组查找 |
| 2.2 植物RNA的提取和反转录合成cDNA反应 |
| 2.3 qRT-PCR实验 |
| 2.4 目的片段的扩增和回收 |
| 2.5 载体的构建 |
| 2.6 大肠杆菌感受态细胞的制备与转化 |
| 2.7 细菌质粒DNA的提取 |
| 2.8 农杆菌GV3101 感受态细胞的制备与转化 |
| 2.9 棉花TRV-VIGS |
| 2.10 拟南芥的种植,遗传转化及阳性苗的筛选 |
| 2.11 酵母感受态制备及其转化 |
| 2.12 烟草SFLC和 BiFC实验 |
| 2.13 拟南芥原生质体的制备 |
| 2.14 拟南芥原生质体转录激活实验 |
| 2.15 拟南芥总蛋白的提取 |
| 2.16 细菌原核蛋白的表达与纯化 |
| 2.17 GST pull-down实验 |
| 2.18 配制SDS-PAGE凝胶的制备 |
| 2.19 Western-Blot |
| 2.20 Cell-Free System检测蛋白稳定性 |
| 2.21 拟南芥GUS染色 |
| 2.22 拟南芥不同浓度硝酸盐处理 |
| 2.23 拟南芥氮吸收速率测定 |
| 2.24 硝酸还原酶(Nitrate Reductase)活性的测定 |
| 第三章 棉花成花素激活复合物的功能分析 |
| 1 结果与分析 |
| 1.1 Gh14-3-3和GhFT蛋白的相互作用关系 |
| 1.2 GhFDs,GhFT,Gh14-3-3 蛋白三者之间的相互作用关系 |
| 1.2.1 棉花FD基因的查找,进化分析和氨基酸比对 |
| 1.2.2 GhFD的亚细胞定位 |
| 1.2.3 GhFDs与 Gh14-3-3、GhFT在细胞核中互作 |
| 1.3 GhFDs基因的组织表达分析 |
| 1.4 GhFDs基因的功能分析 |
| 1.4.1 GhFDs基因调控开花转变 |
| 1.4.2 GhFDs基因调控棉花侧根发育 |
| 1.4.3 GhFDs基因调控棉花调控棉花MADS和 ARF基因的表达 |
| 2 讨论 |
| 2.1 GhFT、Gh14-3-3和GhFD是棉花FAC的重要组分 |
| 2.2 棉花FD的进化 |
| 2.3 GhFD同源基因表达模式和氨基酸的多样性 |
| 2.4 GhFD的功能多样性丰富了棉花FAC的功能 |
| 3 小结 |
| 第四章 棉花抗成花素基因的功能研究 |
| 1 结果与分析 |
| 1.1 棉花CETS基因的查找、进化分析与氨基酸比对 |
| 1.2 GhCETS基因表达分析与功能分析 |
| 1.2.1 GhCETS基因的时空表达分析 |
| 1.2.2 GhCETS互补tfl1-1 突变体拟南芥表型、促进营养生长 |
| 1.2.3 GhCETS过量表达导致拟南芥花序结构异常 |
| 1.2.4 干扰GhCETS基因表达促进棉花早花和降低株高 |
| 1.3 棉花CETS与 Gh14-3-3、GhFD的互作关系 |
| 1.3.1 GhCETS-GFP融合蛋白的亚细胞定位 |
| 1.3.2 GhCETS与 GhFD1、14-3-3-3 蛋白均存在互作 |
| 1.4 GoSP调控棉花零式果枝和丛生铃的功能研究 |
| 1.4.1 GoSP是控制棉花零式果枝和丛生铃的关键基因 |
| 1.4.2 Ghsp~(73Asn)和Gbsp~(113Ser)不能互补tfl1-1 突变体拟南芥的表型 |
| 1.4.3 Ghsp~(73Asn)和Gbsp~(113Ser)不改变蛋白的亚细胞定位 |
| 1.4.4 Ghsp~(73Asn)和Gbsp~(113Ser)突变影响与GhFD蛋白的互作 |
| 2 讨论 |
| 2.1 棉花CETS-like调控棉花生长习性和开花时间 |
| 2.2 GoSP的自然等位基因变异创造了棉花的短果枝株型 |
| 2.3 Ghsp~(73Asn)和Gbsp~(73Asn)造成棉花短果枝可能的分子机制 |
| 3 小结 |
| 第五章 TFL1 基因调控植物根系发育,增加氮肥利用 |
| 1 结果与分析 |
| 1.1 AtTFL1 基因促进拟南芥的根系发育 |
| 1.2 AtTFL1 参与NO_3~-途径,调控侧根发育 |
| 1.2.1 tfl1-1 突变体对NO_3~-敏感性分析 |
| 1.2.2 AtTFL1 转录水平受高氮诱导 |
| 1.2.3 AtTFL1 转录水平受高氮诱导依赖于NRT基因家族 |
| 1.2.4 高氮增加AtTFL1 蛋白含量和蛋白稳定性 |
| 1.3 AtTFL1 增加拟南芥的氮吸收能力和NR酶活 |
| 1.4 AtTFL1 根中特异性表达增加拟南芥的生物量 |
| 1.4.1 根特异性启动子驱动AtTFL1 载体的构建 |
| 1.4.2 根中特异性表达AtTFL1,不推迟植物的开花时间 |
| 1.4.3 根中特异性表达AtTFL1 促进分枝、增加生物量 |
| 2 讨论 |
| 2.1 TFL1 是参与植物NO_3~-响应的关键基因 |
| 2.2 根特异性表达TFL1 基因能够提高植物的氮利用效率 |
| 3 小结 |
| 第六章 研究结论、创新点和展望 |
| 1 研究结论 |
| 2 创新点 |
| 3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师评阅表 |
（8）南疆陆地棉种质资源遗传多样性及对脱叶剂的敏感性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 棉花种质资源研究概况 |
| 1.1.1 棉花种质资源概述 |
| 1.1.2 棉花种质资源收集保存现状 |
| 1.1.3 棉花种质资源的利用 |
| 1.2 棉花种质资源遗传多样性研究进展 |
| 1.2.1 遗传多样性的概念 |
| 1.2.2 遗传多样性产生的原因 |
| 1.2.3 棉花表型性状的遗传多样性研究进展 |
| 1.2.4 棉花细胞学和生化标记遗传多样性研究进展 |
| 1.2.5 棉花分子标记遗传多样性研究进展 |
| 1.3 棉花脱叶催熟技术研究现状 |
| 1.3.1 适宜机采的棉花性状研究进展 |
| 1.3.2 脱叶催熟剂的应用研究现状 |
| 1.3.3 不同品种棉花对脱叶剂的敏感性及相关指标的研究 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第2章 南疆陆地棉种质资源表型性状遗传多样性分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.1.3 测定项目及方法 |
| 2.1.4 数据处理与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 南疆陆地棉种质资源表型性状的遗传多样性分析 |
| 2.2.2 南疆陆地棉种质资源表型性状的相关分析 |
| 2.2.3 南疆陆地棉种质资源表型性状的主成分分析 |
| 2.2.4 南疆陆地棉种质资源表型性状的聚类分析 |
| 2.3 讨论与结论 |
| 第3章 基于SSR的南疆陆地棉种质资源遗传多样性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 基因组DNA提取 |
| 3.1.3 基因组DNA浓度和纯度的检测 |
| 3.1.4 SSR分子标记分析 |
| 3.2 数据统计和分析 |
| 3.2.1 带型统计方法 |
| 3.2.2 遗传多样性分析和聚类 |
| 3.2.3 群体结构分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 遗传多样性分析 |
| 3.3.2 聚类分析 |
| 3.3.3 群体结构分析 |
| 3.4 讨论与结论 |
| 第4章 筛选对脱叶剂敏感的南疆陆地棉种质资源 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料及试剂 |
| 4.1.2 试验设计 |
| 4.1.3 调查项目与方法 |
| 4.1.4 数据处理与分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 喷施清水后不同种质资源脱叶率对比 |
| 4.2.2 喷施脱叶剂后不同种质资源脱叶率对比 |
| 4.2.3 喷施脱叶剂对脱叶率的影响 |
| 4.2.4 喷施脱叶剂对药后吐絮率的影响 |
| 4.2.5 不同类型叶片脱叶率及脱叶药效对比 |
| 4.2.6 脱叶剂敏感种质资源的筛选 |
| 4.3 讨论与结论 |
| 第5章 全文总结 |
| 5.1 表型性状遗传多样性 |
| 5.2 基于SSR的遗传多样性分析 |
| 5.3 筛选脱叶剂敏感的种质资源 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 附表1 清水对照90个品种间的多重比较 |
| 附表2 喷施脱叶剂90个种质资源间多重比较 |
| 作者简介 |
（9）陆地棉产量性状的全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 我国棉花研究概述 |
| 1.1.1 我国棉花生产现状 |
| 1.1.2 我国棉花种质资源研究现状 |
| 1.1.3 我国棉花育种 |
| 1.2 陆地棉产量性状的研究现状 |
| 1.2.1 陆地棉产量性状变化趋势及相关性研究 |
| 1.2.2 产量性状QTL定位 |
| 1.3 全基因组关联分析 |
| 1.3.1 全基因组关联分析原理及统计方法 |
| 1.3.2 全基因组关联分析的研究步骤及影响因素 |
| 1.3.3 全基因组关联分析在作物上的应用 |
| 1.4 .本研究目的意义和技术路线 |
| 1.4.1 目的意义 |
| 1.4.2 技术路线 |
| 第二章 陆地棉产量性状的表型分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 田间试验设计 |
| 2.1.3 性状数据采集 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 表型数据基本描述统计分析 |
| 2.2.2 产量性状的相关性分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 陆地棉产量性状的全基因组关联分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 基因组DNA提取与检测 |
| 3.1.2 测序原始数据质控 |
| 3.1.3 基因组变异检测 |
| 3.1.4 群体SNP过滤和注释 |
| 3.1.5 群体结构分析 |
| 3.1.6 连锁不平衡分析 |
| 3.1.7 全基因组关联分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 DNA提取和检测 |
| 3.2.2 测序原始数据质控 |
| 3.2.3 基因组变异检测 |
| 3.2.4 群体SNP过滤和注释 |
| 3.2.5 群体结构分析 |
| 3.2.6 群体连锁不平衡分析 |
| 3.2.7 全基因组关联分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间取得的研究成果 |
| 个人情况及联系方式 |
（10）新疆兵团垦区棉花大丽轮枝菌群体遗传多样性初步分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩写表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 棉花黄萎病危害现状 |
| 1.1.1 棉花黄萎病病原 |
| 1.1.2 棉花黄萎病病征及发病特点 |
| 1.2 大丽轮枝菌致病机理研究进展 |
| 1.3 大丽轮枝菌种群遗传结构研究 |
| 1.3.1 致病型 |
| 1.3.2 培养表型 |
| 1.3.3 生理小种 |
| 1.3.4 营养亲和群 |
| 1.3.5 遗传谱系 |
| 1.3.6 配子型 |
| 1.3.7 生理型 |
| 1.4 病原真菌种群结构研究方法 |
| 1.4.1 营养亲和性技术 |
| 1.4.2 分子标记技术 |
| 1.4.3 基因组学技术 |
| 1.5 新疆棉花黄萎病主要研究进展 |
| 1.5.1 新疆棉花黄萎病危害现状 |
| 1.5.2 新疆棉花黄萎病主要研究现状 |
| 1.6 本研究的目的意义 |
| 第二章 新疆兵团棉花黄萎病病原菌的分离与鉴定 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 实验材料及主要仪器 |
| 2.1.2 新疆棉花黄萎病病样采集 |
| 2.1.3 棉花黄萎病的分离与纯化 |
| 2.1.4 大丽轮枝菌形态学鉴定 |
| 2.1.5 大丽轮枝菌分子鉴定 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 大丽轮枝菌形态学鉴定结果 |
| 2.2.2 大丽轮枝菌分子生物学鉴定结果 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 新疆兵团棉花大丽轮枝菌的培养表型鉴定与分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料及主要仪器 |
| 3.1.2 大丽轮枝菌的菌落培养 |
| 3.1.3 大丽轮枝菌的培养表型观察 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 大丽轮枝菌培养表型的鉴定与统计 |
| 3.2.2 培养表型变异 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 新疆兵团棉花大丽轮枝菌的基因型鉴定与分析 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 实验材料及主要仪器 |
| 4.1.2 大丽轮枝菌DNA的提取 |
| 4.1.3 大丽轮枝菌基因型鉴定引物 |
| 4.1.4 大丽轮枝菌的基因型鉴定 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 基于致病型分子标记落叶型(D)/非落叶型(ND)分析 |
| 4.2.2 基于寄主专化型分子标记1 号生理小种(R1)/2 号生理小种(R2)分析 |
| 4.2.3 基于有性生殖交配型分子标记Mating1-1-1/Mating1-2-1 分析 |
| 4.2.4 新疆兵团棉花大丽轮枝菌基因型鉴定结果及演化分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 新疆兵团棉花大丽轮枝菌群体遗传结构的初步鉴定 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 大丽轮枝菌群体全基因组重测序及数据质量分析 |
| 5.2.2 大丽轮枝菌群体全基因组遗传变异(SNPs和 Indels)分析 |
| 5.2.3 基于新疆兵团大丽轮枝菌SNPs的系统发育树构建 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附件 |
四、Current Status and Progresses in Chinese Cotton Genomic Research（论文参考文献）
- [1]陆地棉优质早熟群体产量与纤维品质性状QTL定位[D]. 黄莎. 西南大学, 2021(01)
- [2]陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位[D]. 杨乐. 西南大学, 2021(01)
- [3]陆地棉产量和纤维品质性状QTL分析[D]. 欧云灿. 西南大学, 2021(01)
- [4]基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘[D]. 余静文. 浙江大学, 2021(01)
- [5]基于田间表型和表型组平台图像指标解析棉花响应干旱的遗传基础[D]. 李保奇. 华中农业大学, 2020
- [6]外源渐渗对栽培陆地棉群体分化和纤维品质的影响[D]. 何守朴. 华中农业大学, 2020
- [7]“成花素-抗成花素”调控棉花开花转变和株型发育的功能研究[D]. 刘慧. 石河子大学, 2020(01)
- [8]南疆陆地棉种质资源遗传多样性及对脱叶剂的敏感性分析[D]. 王天友. 塔里木大学, 2020
- [9]陆地棉产量性状的全基因组关联分析[D]. 温思钰. 山西大学, 2020(01)
- [10]新疆兵团垦区棉花大丽轮枝菌群体遗传多样性初步分析[D]. 纪晓彬. 石河子大学, 2020(08)