一、罗氏沼虾生物学研究（论文文献综述）
胡润豪,史文军,王盼,万夕和,沈辉,黎慧,王李宝,杨泽禹,吴旭干[1]（2021）在《长臂虾科几种重要经济虾类的繁殖生物学研究进展》文中认为长臂虾科（Palaemonoidea）虾类具有巨大的研究与开发价值,但其中较大部分虾类的繁殖生物学相关研究信息缺乏或不全面,通过整理长臂虾科几种重要经济虾类的繁殖生物学相关研究文献,总结其繁殖生物学特征、生殖系统发育、胚胎和幼体发育及繁殖相关调控基因的研究进展,并分析对比长臂虾科内各虾类以及长臂虾科与对虾科和螯虾科虾类的异同,以期为长臂虾科虾类的研究与资源开发提供参考。
周婷婷[2]（2021）在《BMP信号通路影响罗氏沼虾附肢再生的分子机制初步研究》文中认为罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）是具有强大断肢再生能力的水生甲壳动物,其整个生命过程均具有断肢再生能力,再生新肢断肢后仍具再生能力,且再生肢体的结构和功能也很完善。尽管如此,其再生的分子信号转导机制研究几乎空白。为探究罗氏沼虾附肢再生的分子机制,本论文以罗氏沼虾为研究对象,从形态学及组织学分析其附肢再生过程,明确再生重要阶段,并对其中关键再生阶段进行比较转录组研究,分析罗氏沼虾附肢不同再生阶段的基因表达谱,从中候选参与再生的关键信号通路BMP信号通路,再深入研究BMP信号通路关键基因在附肢再生过程中的功能,以期探讨BMP信号通路影响罗氏沼虾附肢再生的分子机制,为甲壳动物的再生研究提供理论依据。具体研究内容及结果如下:1.罗氏沼虾附肢再生过程的形态学观察及组织学分析通过压力法迫使罗氏沼虾步足自切,观察其附肢再生完整过程,了解到新肢体再生所需时间约10天,此外明确了罗氏沼虾附肢再生的重要阶段,分别划分为伤口愈合期（24h）、芽基形成期（48h）、肢芽形成期（4d）、肢芽生长期（7d）以及新肢形成期（10d）。同时通过组织切片观察,发现罗氏沼虾附肢再生早期阶段的细胞组织形态变化明显。2.基于不同再生阶段转录组解析罗氏沼虾附肢再生分子机制基于罗氏沼虾附肢再生过程的形态学及组织学分析结果,选择罗氏沼虾再生0h（对照组）、6h（伤口愈合早期）、24h（伤口愈合期）和10d（新肢生长期）等4个时期的断肢基部肌肉组织进行高通量转录组测序。测序一共得到了91,044个unigene,平均长度为1,655bp,N50值为3,345bp。unigene功能注释结果显示,NR、Swiss-portdatabase、KOG和KEGG数据库中分别注释了37,056（40.7%）、28,723（31.54%）、16,616（18.25%）和20,078（22.05%）个unigene。此外,大量差异基因在不同再生阶段显着富集,同时在再生早期阶段多个转录因子包括Mr ELK4-like、MrELF124、MrPRDM79、MrFOG1、MrHAND2、MrHES1、MrARNT、MrGATA2、MrSOX4和MrRUNXAB,及多个信号通路包括BMP、MAPK、NOTCH、HIPPO通路中关键基因差异表达,提示它们可能在罗氏沼虾附肢的再生中发挥重要作用。3.罗氏沼虾BMP信号通路关键基因dpp、BMPR1B、BMPR2、Smad1以及Smad4的克隆与表达分析基于转录组测序分析结果,候选BMP信号通路作为罗氏沼虾附肢再生的研究方向。通过转录组数据分析筛选出罗氏沼虾BMP2/4、BMPR1B、BMPR2、Smad1及Smad4基因序列,利用PCR扩增技术,克隆得到了这五个基因的cDNA全长,分别为1,612bp、982bp、2,940bp、1,785bp以及2,160bp,分别命名为Mrdpp、MrBMPR1B、MrBMPR2、MrSmad1和MrSmad4,通过推导这五个基因的功能结构域,发现它们均与甲壳动物同源基因高度相似。然后进行各基因的表达特征分析,发现Mrdpp、MrBMPR1B、MrBMPR2、MrSmad1和MrSmad4基因在雌雄罗氏沼虾各组织中的表达差异显着,但各基因均在步足基部肌肉、眼柄及神经组织中的表达相对较高。其次,Mrdpp、MrBMPR2以及Mr Smad1基因在蜕皮周期中的表达规律相似,均在蜕皮后期（A、B）期高表达。最后在罗氏沼虾附肢再生早期阶段检测各基因的表达,结果发现Mrdpp、MrBMPR1B、MrBMPR2、MrSmad1及MrSmad4基因存在组织表达特异性,但总体均呈显着上调趋势,初步推断BMP通路中这5个关键基因参与了罗氏沼虾附肢再生过程。4.利用RNA干扰技术探究BMP信号通路关键基因对罗氏沼虾附肢再生的影响通过体外转录方法获得了Mrdpp、MrBMPR1B、MrBMPR2、Mr Smad1和Smad4等关键基因的ds RNA,首先进行ds RNA-Mrdpp长期体内注射实验,再通过罗氏沼虾附肢再生过程的形态学观察及组织学分析,结果发现,长期注射ds RNA-Mrdpp组罗氏沼虾与对照组罗氏沼虾相比,其附肢伤口愈合时间明显延长,且再生芽基的生长及延长受到严重影响,组织切片结果也证实Mrdpp基因的敲降会影响罗氏沼虾附肢再生部位的伤口愈合。后续进行了罗氏沼虾体外组织孵育实验,结果表明在添加ds RNA-Mrdpp的实验组罗氏沼虾步足基部肌肉组织中,除Mr Smad4基因外,Mrdpp、MrBMPR1B、MrBMPR2、Mr Smad1基因均极显着下调（p<0.01）。再通过BMP I型受体抑制剂（LDN-193189）的体内注射实验,检测罗氏沼虾断肢后BMP信号通路中各基因的表达特征,结果发现,注射抑制剂后,在断肢罗氏沼虾步足基部肌肉及胸节神经组织中MrBMPR1B及Mr Smad1基因均显着下调（p<0.05）,此外,在24h及48h,Mrdpp基因在各组织中均极显着下调（p<0.01）,MrBMPR2基因在眼柄及胸节神经组织中的表达量均显着降低（p<0.05）。最后进行Mrdpp、MrBMPR1B、MrBMPR2、MrSmad1及MrSmad4等关键基因的ds RNA体内注射短期实验,在罗氏沼虾断肢后,分别检测这几个基因在不同组织中的表达特征,结果发现BMP信号通路中各关键基因敲降后,反而引起其他基因的高表达（p<0.05）,此外,下游各基因敲降后,Mrdpp基因均呈显着下调趋势,推测该通路可能存在多水平调控及反馈调节。通过以上的研究明确了BMP信号通路缺失会显着影响罗氏沼虾的附肢再生。5.过表达MrDpp和MrBMPR1B对断肢罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因表达的影响通过构建原核表达载体,获得了重组蛋白pET-Dpp以及重组蛋白pET-BMPR1B,然后进行体外组织孵育实验,实验结果表明,在过表达重组蛋白pET-Dpp以及重组蛋白pET-BMPR1B,均会导致其他基因在不同组织中差异显着表达,但都存在孵育时间及蛋白浓度依赖性;此外发现胸节神经组织很可能是Dpp浓度调控的枢纽,在胸节神经组织中,只有当pET-Dpp重组蛋白浓度适中时,下游各基因显着表达,当浓度过低或过高,均会抑制其他基因的表达（p<0.05）。最后在罗氏沼虾体内进行了pET-Dpp重组蛋白,pET-Dpp重组蛋白与ds RNA-Mrdpp共注射实验,结果发现在注射pET-Dpp蛋白之后,在步足基部肌肉以及眼柄组织中,除MrBMPR1B基因之外所有基因的表达量显着上调（p<0.05）,当共注射pET-Dpp及dsRNA-Mrdpp后,与对照组相比Mrdpp表达量又显着下调（p<0.05）,而其他基因表达差异不显着（p>0.05）。然而,在胸节神经组织中Mrdpp、MrBMPR1B、MrBMPR2、MrSmad1以及MrSmad4基因均在注射pET-Dpp蛋白之后极显着下调（p<0.01）,再次表明在神经组织中过高的pET-Dpp重组蛋白浓度可能导致BMP信号通路基因的显着下调。总的来说,BMP信号通路在罗氏沼虾附肢再生过程发挥关键作用,此外,BMP通路的调控方式复杂,可能存在多水平调控及反馈调节。以上研究结果将有助于更深入的解析甲壳动物再生机制。
王国浩[3]（2021）在《传染性早熟病毒的发现及其检测方法的建立》文中进行了进一步梳理自2010年以来,我国罗氏沼虾养殖业出现以性早熟和生长缓慢为主要特征的“铁虾”现象。近几年,“铁虾”的比例仍然居高不下,严重制约了我国罗氏沼虾养殖业的绿色发展。为探索罗氏沼虾“铁虾”的致病机理,采用高通量测序平台Illumina Hiseq-2500分别对罗氏沼虾“铁虾”和正常罗氏沼虾的眼柄进行转录组测序。结果显示,转录组测序共获得56.42 G高质量数据,拼接后得到221901条Unigene,其中103570条得到注释。2003个基因在“铁虾”眼柄中差异表达,包括1209个上调基因和794个下调基因。差异表达分析显示催乳素、雌激素、胰岛素、促性腺激素释放激素、胰高血糖素、催产素、谷氨酸能突触、5-羟色胺能突触等与生殖调控相关激素和神经递质的代谢过程在“铁虾”与正常虾眼柄之间存在差异。此外,一些已被证明在免疫反应中起重要作用的基因在“铁虾”眼柄中显着上调,如C型凝集素、凝集素、组织蛋白酶B、组织蛋白酶L、甲壳素4等。516个基因被注释到242条KEGG通路中,注释到溶酶体、吞噬体、抗原呈递处理、细胞凋亡、内吞作用等多条与免疫相关的途径,提示罗氏沼虾“铁虾”存在病原感染。我们对“铁虾”样品进行了8种虾类主要病原的检测,但均未检出阳性。通过对患病虾的不同组织进行组织病理学观察,在与复眼神经和内分泌功能相关的多种组织细胞的细胞质中发现了嗜酸性包涵体。随后从“铁虾”样本中提取了病毒滤过液并进行了感染实验,感染后的罗氏沼虾出现了“铁虾”的症状,而对照组正常。结合组织病理学的结果,我们推断“铁虾”是由病毒引起的。进一步对感染实验和流行病学调查样品进行了宏转录组测序,发现一种新病毒存在于所有“铁虾”样品中,而在正常虾样本中未发现。经5’/3’RACE和Sanger测序验证,该病毒基因组全长12630 nt,为正义单链RNA病毒。经预测含有两个独立的开放阅读框（Open reading frame,ORF）,ORF1（1530 aa）和ORF2（2134 aa）。在5561到5685位置有一个短的基因间区域（125 nt）,在5518–5524位置发现了一个潜在的-1核糖体移码阅读（-1 programmed ribosomal frameshifting,-1 PRF）位点,可产生一个大小为3707 aa的多蛋白。通过对RNA依赖的RNA聚合酶（RNA dependent RNA polymerase,Rd RP）和NS3保守结构域的系统发育分析表明,该病毒可能属于荆门病毒和黄病毒属之间的一个新属。利用透射电镜,可观察到直径40-60 nm的球形病毒颗粒。原位杂交结果显示,杂交信号出现在“铁虾”的复眼中,与组织病理学结果一致。我们建议将这种病毒命名为传染性早熟病毒（infectious precocious virus,IPV）,并提出了crustaflavirus infeprecoquis nov.gen.,nov.sp.的拉丁名建议。为准确、快速地检测IPV,根据IPV的基因组建立了RT-PCR和基于Taq Man探针的实时荧光定量PCR的检测方法。实验证明,这两种PCR方法均对IPV具有高特异性,与罗氏沼虾野田村病毒、黄头病毒、偷死野田村病毒、坦布苏病毒和正常罗氏沼虾的RNA无交叉反应。实时荧光定量PCR的检测下限低至1×100copies/反应,标准曲线表明在1×100～1×109 copies/反应的相关系数为R2=0.999,回归方程为y=-3.406lgx+37.053。重复性实验证明在1×100～1×108copies/反应梯度范围内的变异系数小于2%。通过临床样品验证,两种方法检出的阳性与临床症状相符。因此,这两种方法可用于IPV的特异性检测和净化。综上所述,本研究对罗氏沼虾“铁虾”和正常罗氏沼虾的眼柄进行了转录组分析,除鉴定出许多与生殖调控相关的差异表达基因及途径外,还发现多个在甲壳动物先天免疫反应中起重要作用的基因在性早熟罗氏沼虾眼柄中的表达量上升,暗示可能有病原微生物的感染,为解析罗氏沼虾“铁虾”的成因和分子机制奠定了基础。通过感染实验、病毒宏转录组测序、透射电镜观察、原位杂交等技术发现一种黄病毒科的新病毒可导致罗氏沼虾性早熟,提出了一个新属名crustaflavirus nov.gen.和一个新拉丁名crustaflavirus infeprecquis nov.gen.nov.sp.的建议。根据IPV基因组建立了针对该病毒的高特异性和灵敏性的RT-PCR和实时荧光定量PCR的检测方法,为罗氏沼虾“铁虾”的有效防控和净化工作提供了技术支撑。
姜建萍,杨学明,袁翔,邱庆庆,杨秀荣,蒋钦杨,黄光华,蒋和生[4]（2021）在《罗氏沼虾淀粉酶基因克隆及其表达规律分析》文中研究指明【目的】克隆罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）淀粉酶基因（AMY）,并进行生物学信息分析及其表达规律研究,为揭示AMY基因的生物学功能及其对罗氏沼虾生长发育的调控作用机理提供理论依据。【方法】PCR克隆罗氏沼虾AMY基因编码区（CDS）序列,利用ExPASy ProtParam、ExPASy ProtScale、SignalP-5.0、MegAlign及Lasergene v8.0等在线软件进行生物信息学分析,应用实时荧光定量PCR检测AMY基因在罗氏沼虾不同组织（腹神经节、胃、心脏、鳃组织、性腺、肝胰腺、肌肉和肠道）中的表达情况,并明确其在生长快速家系（FG）和生长慢速家系（SG）个体肌肉中的表达模式。【结果】罗氏沼虾AMY基因CDS序列全长2121 bp,共编码706个氨基酸残基;其编码蛋白分子量为76.87 kD,理论等电点（p I）为4.63,属于不稳定的亲水性蛋白,包含2个典型的淀粉酶结构域;在罗氏沼虾AMY蛋白二级结构中,α-螺旋占13.88%,延伸链占21.39%,无规则卷曲占64.73%。罗氏沼虾AMY氨基酸序列与克氏原螯虾AMY氨基酸序列的相似性最高（62.6%）,与大珠母贝AMY氨基酸序列的相似性较低（48.9%）;基于AMY氨基酸序列相似性构建的系统发育进化树显示,罗氏沼虾与克氏原螯虾的亲缘关系最近,而与中华绒螯蟹的亲缘关系较远。AMY基因在罗氏沼虾不同组织中广泛表达,但存在性别差异性和组织特异性,具体表现为:雌性个体肠道中的相对表达量极显着高于雄性个体（P<0.01,下同）,鳃组织中的相对表达量显着高于雄性个体（P<0.05）,而肝胰腺中的相对表达量极显着低于雄性个体。罗氏沼虾AMY基因在FG个体肌肉中的相对表达量极显着高于SG个体。【结论】AMY基因在罗氏沼虾的生长发育过程中发挥重要作用,广泛表达于罗氏沼虾的不同组织中,但存在性别差异性和组织特异性。
高晓建[5]（2021）在《罗氏沼虾病原阴沟肠杆菌致病性及rpoS基因在其生存和毒力中的功能研究》文中进行了进一步梳理罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）生长速度快、肉质鲜美、经济效益高,是我国重要的淡水虾养殖品种。但随着养殖规模和养殖密度的不断增加,罗氏沼虾苗种繁育和养殖生产中病害频发,并出现了生长缓慢现象,养殖户称为“铁壳虾”,给罗氏沼虾养殖业造成巨大损失。尤其从2017年以来,扬州高邮和江都多家罗氏沼虾育苗场幼体出现暴发性死亡,流行病学调查发现阴沟肠杆菌（Enterobactercloacae）是造成罗氏沼虾幼体大量死亡的主要病原,并且该病原可持续反复感染。因此,本文对阴沟肠杆菌的致病性以及感染宿主后引发的免疫反应进行了研究,同时探索了阴沟肠杆菌与罗氏沼虾“铁壳虾”的相关性,并以细菌适应环境和毒力调控的重要基因rpoS为切入点,探索阴沟肠杆菌对环境的适应性及致病机制,以期为揭示阴沟肠杆菌持续反复感染的机制奠定理论基础。主要研究结果如下:1.2017年2月至2019年12月期间,从扬州高邮和江都多家罗氏沼虾育苗场的发病幼体分离到优势生长细菌,通过形态观察、理化特征测定及16S rRNA和gyrB基因同源性分析鉴定分离菌株,同时通过人工回感实验、组织病理分析、毒力基因及毒力因子检测确定分离菌的致病性,并通过纸片扩散法进行耐药性分析。结果表明,引起罗氏沼虾蚤状幼体和仔虾大量死亡的病原为阴沟肠杆菌,代表菌株XL3-1对蚤状幼体和仔虾的LD50分别为3.2×106 CFU/mL和3.5×106 CFU/mL;该分离菌感染可引起罗氏沼虾肝胰腺小管细胞排列紊乱、间隙变大、细胞空泡化严重以及肠道肌层损伤严重;该分离菌携带铁调节蛋白基因（irp2）、铁载体外膜受体蛋白基因（fhuA）、含铁超氧化物歧化酶基因（sodB）、类志贺样毒素基因（sltA）、鞭毛蛋白基因（flaD）和外膜蛋白基因（ompX）等毒力相关基因;该分离菌具有很强的耐药性,对头孢菌素类和青霉素类药物耐药,但对喹诺酮类药物敏感。2.为了揭示阴沟肠杆菌感染罗氏沼虾后宿主免疫反应,筛选免疫相关基因,解析罗氏沼虾应答病原阴沟肠杆菌感染的分子机制,本研究对罗氏沼虾感染阴沟肠杆菌12 h后的肝胰腺组织进行转录组测序,共获得29731个高质量的unigenes。差异表达基因分析表明,在感染后12 h后出现2498个差异表达基因（DEGs）,包括1365个基因上调,1133个基因下调,其中C型凝集素（CLEC1、LEC3）、抗脂多糖因子（ALF2）、血蓝蛋白亚基（hemocyanin1）、热休克蛋白（HSP70）、超氧化物歧化酶（SOD）等免疫相关基因表达显着上调。差异基因GO富集分析发现,免疫系统过程、对刺激的反应、生物粘附和抗氧化活性等免疫应答反应和炎症反应相关的类别显着富集。差异基因KEGG富集分析显示,吞噬体、溶酶体等免疫相关的通路显着富集。为进一步研究免疫相关基因在罗氏沼虾抗阴沟肠杆菌感染中的作用,本研究根据转录组分析结果选择ALF2、CLEC1、LEC3、hemocyanin1、HSP70和SOD 6个显着上调的免疫基因,采用qRT-PCR分析感染阴沟肠杆菌后罗氏沼虾肝胰腺、鳃、肠道和血细胞中免疫基因在不同时间点的差异表达,结果显示ALF2等免疫基因在感染6-24 h后表达显着上调,其中肝胰腺中ALF2、LEC3、hemocyanin1、SOD的表达量于12 h达到最大值,CLEC1、HSP70的表达量于24 h达到最大值;血细胞中ALF2、HSP70的表达量于6 h达到最大值,hemocyanin1、SOD的表达量于12 h达到最大值,CLEC1、LEC3的表达量于24 h达到最大值;鳃中hemocyanin1的表达量于6 h达到最大值,HSP70、SOD的表达量于12 h达到最大值,ALF2、CLEC1、LEC3的表达量于24 h达到最大值;在肠道中SOD的表达量于6h达到最大值,ALF2、CLEC1、HSP70的表达量于12 h达到最大值,LEC3的表达量于24 h达到最大值;研究表明ALF2等免疫相关基因在罗氏沼虾抵御阴沟肠杆菌感染过程中发挥重要作用,可作为机体健康情况的监测指标。3.罗氏沼虾“铁壳虾”是制约产业发展的重要瓶颈,流行病学调查结果表明“铁壳虾”携带大量阴沟肠杆菌,同时阴沟肠杆菌也是导致罗氏沼虾幼体大量死亡的病原,因此,本研究探索了病原阴沟肠杆菌与“铁壳虾”的相关性。“铁壳虾”与健康罗氏沼虾共同养殖后,导致健康虾生长缓慢,证明了“铁壳虾”具有传染性;阴沟肠杆菌（103 CFU/mL）感染健康罗氏沼虾,可引起罗氏沼虾生长缓慢,感染30 d和60 d后,感染组罗氏沼虾的体长、体重显着低于对照组,并且几丁质酶（CHIT3）、组织蛋白酶（Cat）、保幼激素环氧水解酶（JHEH）、胰蛋白酶（TRY）、蜕皮激素受体（ECR）生长相关基因显着下调表达,同时抑制生长的蜕皮抑制激素（MIH）基因显着上调表达;另外阴沟肠杆菌感染引起罗氏沼虾生长相关基因差异表达与在“铁壳虾”中表达一致。研究结果初步显示阴沟肠杆菌是引起罗氏沼虾“铁壳虾”发生的可能原因之一。4.为进一步揭示阴沟肠杆菌在水环境中持久存活并导致罗氏沼虾幼体疾病暴发的机制,本研究以细菌适应环境和毒力调控的重要基因rpoS为切入点,深入研究rpoS基因在阴沟肠杆菌应对环境胁迫和毒力调控方面的作用机制。采用RNAi技术构建阴沟肠杆菌rpoS基因稳定沉默株,并通过qRT-PCR检测rpoS基因沉默效率,结果显示,沉默株中rpoS的表达量相对于野生株降低了 82.62%。对沉默株与野生株进行转录组测序分析,筛选得到488个DEGs,包括上调基因30个,下调基因458个,其中环境应答、生物被膜形成、细菌Ⅱ型分泌系统、鞭毛蛋白、菌毛蛋白、细菌趋化性等与生存及毒力相关基因的表达在沉默株中显着下调。差异基因KEGG通路富集分析显示,rpoS基因能够正向调控双组分系统、ABC转运蛋白、鞭毛装配、细菌趋化性、群体感应系统等生存及毒力相关通路。研究结果表明rpoS基因对阴沟肠杆菌的生存和毒力起着重要的调控作用。5.为进一步研究rpoS基因在阴沟肠杆菌逆境生存中的功能,本研究测定了 rpoS基因在环境胁迫下的表达变化,分析了沉默株与野生株在环境胁迫下的生长和存活情况、生物被膜形成能力及生存相关基因的表达。结果发现,rpoS基因在高渗和饥饿胁迫后显着上调表达;rpoS基因沉默后显着降低阴沟肠杆菌的生长能力及在饥饿、高渗、低pH、氧化应激胁迫下的存活能力,并且生物被膜形成能力也显着降低;rpoS基因能够正向调控bfr等抗胁迫和hmsh等生物被膜形成相关基因的表达,表明rpoS基因可通过调控抗胁迫基因表达和生物被膜的形成,使阴沟肠杆菌在逆境生存。此外,为进一步分析rpoS基因对阴沟肠杆菌致病性的影响,本研究分析了沉默株与野生株的运动能力、黏附能力、对罗氏沼虾的致病力及毒力相关基因表达。研究结果发现,rpoS基因沉默后导致阴沟肠杆菌运动能力、黏附能力以及对罗氏沼虾的致病性和定植能力显着降低;rpoS能够正向调控阴沟肠杆菌的Ⅱ型分泌系统、鞭毛蛋白、菌毛蛋白、细菌趋化性等毒力相关基因的表达,进而调控其运动、黏附、定植及毒力。本研究揭示了阴沟肠杆菌对罗氏沼虾的致病性,以及其与“铁壳虾”发生的相关性,同时阐明了rpoS基因在阴沟肠杆菌逆境生存和毒力调控中的作用机制,研究结果将为预防和控制由阴沟肠杆菌引起的罗氏沼虾疾病提供理论支持。
周钱森[6]（2021）在《锦绣龙虾对氨氮胁迫的生理响应机制研究》文中研究说明锦绣龙虾（Panulirus ornatus）主要分布在热带印度洋东部,东南亚,澳大利亚和西太平洋地区,在中国主要分布于南海海域,也是我国龙虾养殖品种之一。目前,锦绣龙虾的人工养殖主要依靠捕捞野生苗种进行陆基工厂化循环水养殖,且对水环境条件要求比较严格。人工养殖条件下,氨氮是影响虾类正常生理代谢和生长的重要环境因素。已有研究表明,高浓度氨氮会对养殖水体中甲壳动物的生理机能及免疫抵抗力产生显着影响,甚至导致机体非病原感染性死亡。因此深入了解锦绣龙虾氨氮解毒代谢途径,不仅能为龙虾抗逆性机制的研究提供参考,也能为保护锦绣龙虾的种质资源提供基础资料。本论文主要通过研究氨氮胁迫对锦绣龙虾谷氨酸脱氢酶等关键酶基因表达及相关生理生化的影响,然后进行转录组测序分析,初步探究锦绣龙虾对于氨氮胁迫的生理响应机制。研究内容主要包括以下四部分,结果如下:1.氨氮胁迫下锦绣龙虾肝胰腺组织的转录组测序分析在氨氮浓度为20mg/L的急性胁迫下,取胁迫48h锦绣龙虾的肝胰腺作为实验组（Geg组）与对照组（Gcg组）进行转录组分析。6个文库获得252730696个clean reads,数据量为37.9G,Q20为97.76-98.27%,Q30为93.47-94.73%。使用HISAT2软件将高质量序列与参考基因组进行比对,共238469024个reads比对到基因组上,占比94.36%。Geg组与Gcg组对比共筛选436个差异表达基因,从中随机挑选12个差异基因进行real-time PCR验证获得转录组数据的可靠性。富集分析结果显示,差异基因主要富集在IMD信号通路等免疫信号通路、过氧化物酶体、核苷酸代谢以及脂肪酸代谢等相关通路,表明锦绣龙虾氨氮应激反应涉及免疫功能、氧化应激、细胞骨架重构以及氨基酸代谢等生物学过程。2.锦绣龙虾GDH、GOT、ASL基因克隆与序列分析利用RACE克隆技术成功获得三个锦绣龙虾氨氮代谢酶相关基因,分别命名为PoGDH、PoGOT、PoASL。其中,PoGDH全长2431bp,ORF为1674bp,共编码557个氨基酸,5′UTR与3′UTR分别为74bp、683bp,预测分子量为61.599k D,p I为6.46,GRAVY为-0.280,为亲水性蛋白;PoGOT全长2270bp,ORF为1284bp,共编码427个氨基酸,5′UTR与3′UTR分别为73bp、913bp,预测分子量为47.105k D,p I为8.84,GRAVY为-0.230,为亲水性蛋白;PoASL全长2567bp,ORF为1428bp,共编码475个氨基酸,5′UTR与3′UTR分别为101bp、1038bp,预测分子量为53.697k D,p I为5.27,GRAVY为-0.115,为亲水性蛋白。同源及进化分析结果显示PoGDH与PoGOT均与凡纳滨对虾同源性最高,分别为91.92%,86.08%;而PoASL与同为十足目的克氏原螯虾亲缘关系较近。3、锦绣龙虾PoGDH、PoGOT和PoASL基因的组织分布及其在氨氮胁迫下的表达分析通过荧光定量PCR检测锦绣龙虾PoGDH、PoGOT和PoASL基因在各组织中的表达分布及氨氮胁迫下各基因的表达变化趋势。结果显示,PoGDH、PoGOT和PoASL基因在各组织中均有表达,其中PoGDH与PoASL均在肌肉中表达量最高,在眼柄、肠、胃组织中表达量较低且差异不显着（P>0.05）。PoGOT表达量最高的组织是肝胰腺,其次是鳃、肌肉和心脏,与其他组织表达量比较具有显着性差异（P<0.05）。氨氮胁迫下,PoGDH和PoASL整体呈先上升后下降的变化趋势。各浓度组鳃、肝胰腺和肌肉组织中PoGDH相对达量表现出明显的时效性。除个别时间点外,其余各时间点PoGDH、PoGOT相对表达量均显着高于对照组（P<0.05）。PoGOT相对表达量最大值多出现在12h,与对照组相比具有显着性差异（P<0.05）。胁迫初期,各组织PoASL基因相对表达量均显着高于对照组（P<0.05）,且表现出明显的剂量效应,随后逐渐下降,48h时各浓度处理组仍显着高于对照组（P<0.05）。根据上述结果表明,PoGDH、PoGOT和PoASL基因在应对氨氮胁迫的过程中发挥重要的调控作用。4、氨氮胁迫对锦绣龙虾代谢酶和抗氧化酶活力的影响通过对锦绣龙虾进行48h急性氨氮胁迫实验,测定组织中抗氧化酶与氨氮代谢相关酶活力,各处理组浓度分别为1mg/L、10mg/L、20mg/L。结果显示,机体对于氨氮胁迫反应迅速,组织中抗氧化酶活力上升,6h～12h T-AOC与SOD活力显着高于对照组（P<0.05）,达到最大值后逐渐下降,48h时20mg/L组T-AOC、SOD活力则受到抑制,其余两组仍显着高于对照组（P<0.05）。组织中LPO含量随着胁迫时间的延长逐渐增加,48h时各实验组均显着高于对照组（P<0.05）。GS、GDH等氨代谢相关酶活力整体呈先上升后下降的变化趋势,与对照组相比均有不同程度的上调,48h时20mg/L组部分氮代谢酶活受到抑制,推测高浓度氨氮可能会对机体结构造成一定损伤,进而影响相关生理功能。表明锦绣龙虾主要通过GS、GDH等代谢相关酶的共同作用下合成无毒的谷氨酰胺以避免体内氨过量积累,从而实现氨的代谢转运。
蔡李娜[7]（2021）在《红螯螯虾卵巢发育相关基因Tra2和Foxl2的筛选鉴定及特征分析》文中研究说明性别决定和分化是整个动物界里最普遍的生理现象。因此,性别调控机制研究一直是生命科学研究中最热门的领域之一。甲壳动物在演化过程中位于低等位置,导致该物种存在原始多样化、可塑性强的性别决定模式。同时,甲壳动物雌雄个体在规格上具有明显差异,存在性别二态性现象。为此,研究甲壳动物性别决定机制一方面为生殖繁育提供理论基础,另外也可为性逆转、单性育种技术提供理论依据。然而,目前除了胰岛素样促雄性腺激素（IAG）在雄性特征分化和功能维持中具有功能效应外,其他关键因子,特别是卵巢发育相关基因及作用机制的研究报道较少,亟待深入研究。红螯螯虾,俗称澳洲淡水小青龙,是重要的淡水经济虾种之一。红螯螯虾雌雄个体在规格和发育速率水平上表现互异。且相比对虾数以万计的产卵量,红螯螯虾繁殖力低、抱卵量少,存在由于苗种缺乏导致价格居高不下的问题,这也是影响该产业链发展的主要因素之一,为此在生产上需要更多的雌虾来满足苗种的需求。上述现状表明单性化养殖有着重要的意义,不仅可以显着提高红螯螯虾产量和规格,同时也可为雌性缺乏的苗种繁育提供更多亲本。本研究对红螯螯虾性腺组织进行了转录组测序,结合已有报道,筛选得到大量涉及性腺发育相关的功能基因,其中包括Tra2和Foxl2基因。利用RACE技术获得了这两个基因的全长序列,并对其同源性和系统发育进化关系进行了分析。基于q RT-PCR技术对Tra2和Foxl2进行了时空表达分析。最后采用RNAi技术研究探讨Tra2与Foxl2基因在红螯螯虾早期性别分化中的作用。取得主要研究结果如下:1)利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术构建了红螯螯虾性腺组织转录组数据库,获得了189456923条高质量原始序列。利用GO、NR、KEGG等七个数据库对红螯螯虾性腺组织Unigenes序列进行注释,总共获得126368个Unigenes。在性腺组织对比转录组文库中,共发现64138个差异表达基因,其中32822个Unigens在卵巢中表达较高,31316个Unigenes在精巢中表达较高。结合已有研究基础,本研究从该转录组数据库中鉴定出了许多与性腺发育相关的功能基因,包括vitellogenin、IAG、cdc2、Dsx、Tra2、Fem1和Foxl2等候选基因。2)基于转录组数据,利用RACE技术鉴定到了Tra2基因的三种剪接变异体,分别命名为Cq Tra-2A、Cq Tra-2B和Cq Tra-2C。序列分析表明它们都具有高度保守的RRM结构域。用N-J方法进行系统发育分析,结果表明红螯螯虾Tra2蛋白与罗氏沼虾、中国明对虾和日本沼虾亲缘关系较近。实时荧光定量PCR分析表明,这三种异构体均在卵巢中高表达。通过对幼体不同发育阶段的表达模式分析表明,体长为3cm时期可能是红螯螯虾性别分化的关键期。靶向基因沉默结果显示,CqTra2基因转录水平降低了约85%,且Cq Dsx基因表达水平下调,进一步证实了CqTra2在红螯螯虾性别分化中的作用。3)基于转库组数据注释得到了红螯螯虾Foxl2的转录本,并利用分子克隆技术获得其全长,长度为1695bp,共编码564个氨基酸。比对红螯螯虾Foxl2基因与鱼类、哺乳动物、甲壳动物等18个物种Foxl2基因的氨基酸序列,发现红螯螯虾与虾蟹类具有较高同源性。系统发育进化分析结果显示,红螯螯虾与甲壳动物聚为一支,且与克氏原螯虾的遗传距离最小。为研究Foxl2对红螯螯虾性别分化的影响,利用Real time-PCR技术检测其在不同组织中的表达情况,结果显示,Foxl2在卵巢中的呈现高表达水平。另外,同样利用q PCR分析卵巢发育不同时期的Foxl2表达量,发现在卵巢发育I-V期Foxl2表达水平较高。以上结果说明Foxl2可能是一个与卵巢功能相关和维持雌性化特征的重要基因。最后,应用RNAi技术干扰CqFoxl2基因的正常表达,结果显示性别调控基因Doublesex表达量下降明显;且注射ds Foxl2雌虾的性腺指数显着低于对照组。这些结果表明转录因子Foxl2对卵巢发育具有重要的调控作用。本研究首次构建了红螯螯虾性腺转录组文库,通过功能注释筛选到大量性腺发育相关基因。其次,在红螯螯虾中分离并鉴定了CqFoxl2和CqTra2基因,对其结构进行了特征分析。基于q PCR、RNAi技术对其功能进行了初步分析,证明Tra2和Foxl2参与卵巢发育过程。这些研究结果将有助于更好地研究甲壳类物种的性别决定分子机制,并为开发单性育种技术提供强有力的理论基础。
高强,徐洋,陈雪峰,顾志敏[8]（2020）在《淡水虾质量安全状况报告》文中研究指明党的十九大报告明确提出"实施食品安全战略,让人民吃得放心",人们生活水平及质量随着社会经济的发展在不断上升,对食品安全也越来越重视。水产品作为主要蛋白来源,产业发展快速、养殖产品日益丰富的同时,其在质量安全方面也存在一些问题。淡水虾类质量安全与多种因素相关,具有综合性、复杂性等特点。为此,本研究从中国淡水虾类产业发展、质量安全总体概况、主要质量安全风险隐患及应对预案和建议等方面进行了总结和分析,可为进一步提高中国淡水虾类产品的质量提供参考依据。[中国渔业质量与标准,2020,10（5）:01-06]
张俊功,戴习林,丁福江[9]（2020）在《水温和雌雄配比对罗氏沼虾能量代谢的影响》文中指出【目的】探索水温和雌雄配比对罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）能量代谢和生长的影响,为进一步分析与解决罗氏沼虾生长缓慢的问题提供科学依据。【方法】根据能量收支方程[摄食能（Ce）=生长能（Ge）+排粪能（Fe）+排泄能（Ue）+蜕壳能（Ee）+呼吸能（Re）]及凯式定氮法,分别计算罗氏沼虾各部分的代谢能值,分析4种水温（20、22、26和30℃）及3种雌雄配比（1∶1、1∶2和1∶3）对罗氏沼虾能量代谢和生长的影响。【结果】雌、雄罗氏沼虾的绝对摄食能均随水温上升而升高,其中雌虾在各水温处理组间差异显着（P<0.05,下同）,雄虾则表现为非相邻水温处理组间差异显着;雄虾在26℃下的绝对生长能显着高于其他3个水温处理组,雌虾在26℃下的绝对生长能显着高于20和22℃水温处理组;雌、雄罗氏沼虾在20℃下均未蜕壳,在22～30℃下其绝对蜕壳能随水温上升而升高,在30℃时达最大值（雌虾1371±272 J/g,雄虾1035±598 J/g）;雌、雄罗氏沼虾的特定生长率在26℃下显着高于其他3个水温处理组;罗氏沼虾的绝对呼吸能表现为高温处理组（26和30℃）高于低温处理组（20和22℃）。单性饲养下,性成熟雄虾的绝对摄食能、绝对生长能和特定生长率随数量上升而降低,且每个水槽放养1尾雄虾显着高于每个水槽放养2～3尾雄虾;性成熟雄虾绝对呼吸能则随数量上升而显着升高。不同雌雄配比下,性成熟罗氏沼虾的绝对生长能随雄虾数量上升而显着降低,雌雄配比1∶1的特定生长率显着高于雌雄配比1∶2和1∶3;雌雄配比1∶1的绝对排泄能显着低于雌雄配比1∶2和1∶3,其占摄食能的百分比随雄虾数量上升而上升。【结论】高温更适合罗氏沼虾的生长发育,且以26℃最适宜,在此水温条件下罗氏沼虾新陈代谢更旺盛。在性成熟罗氏沼虾生长过程中,其能量积累可能受打斗、占区和交配等生物学行为影响,且相同密度下雄虾比例增加有可能加剧影响。
郭莹[10]（2020）在《罗氏沼虾两种病毒、两种细菌及虾肝肠胞虫检测与鉴定方法的建立》文中指出本研究针对罗氏沼虾常见病原白斑综合征（WSSV）、传染性皮下及造血组织坏死病毒（IHHNV）和虾肝肠胞虫（EHP）建立了单一PCR病原检测技术和多重PCR病原检测技术,同时对罗氏沼虾致病性气单胞菌维氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌进行分离鉴定以及致病性和耐药性进行探究,主要研究结果如下:1. 罗氏沼虾WSSV、IHHNV和EHP单一PCR检测技术的建立本研究通过设计虾肝肠胞虫（EHP）和白斑综合征（WSSV）特异性引物以及OIE推荐检测传染性皮下及造血组织坏死病毒（IHHNV）所用引物序列,建立EHP、WSSV和IHHNV单一PCR检测方法,并对引物退火温度、预变性条件、变性条件和循环数进行优化,探究最佳单一PCR反应条件,并检测单一PCR反应的灵敏度。结果显示:WSSV单一PCR反应的的最优程序为:95℃预变性5min;95℃变性30s,退火温度是59.8℃,反应时间是30s,72℃条件下延伸50s,共35个循环,最后72℃条件下延伸8min,WSSV单一PCR检测灵敏度为200 fg包含5.41x104个拷贝;IHHNV单一PCR反应的的最优程序为:95℃预变性5min;95℃变性45s,退火温度是57℃,反应时间是30s,72℃条件下延伸30s,共35个循环,最后72℃条件下延伸8min,IHHNV单一PCR的检测灵敏度是200 fg包含5.99x104个拷贝;EHP单一PCR反应的的最优程序为:95℃预变性5min;95℃变性30s,退火温度是58℃,反应时间是30s,72℃条件下延伸20s,共35个循环,最后72℃条件下延伸8min,EHP单一PCR检测灵敏度是2 pg,包含6.36x105个拷贝。2. EHP和IHHNV、EHP和WSSV及IHHNV和WSSV多重PCR检测技术的建立本实验对EHP和IHHNV、EHP和WSSV以及IHHNV和WSSV分别建立多重PCR检测方法,对其引物的退火温度、预变性条件、变性条件和循环数进行优化,探究最佳多重PCR反应条件,并检测其特异性和反应灵敏度,结果表明:在EHP和IHHNV多重PCR反应中,其最优反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性45s,退火温度是57℃,反应时间是30s,72℃条件下延伸30s,共36个循环,最后72℃条件下延伸8min,EHP的检测灵敏度是200 pg包含6.36x107个拷贝,IHHNV的检测灵敏度是20 pg包含5.99x106个拷贝;在EHP和WSSV多重PCR反应中,其最优反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性30s,退火温度为58℃,反应时间为30s,72℃延伸50s,共35个循环,最后72℃条件下延伸8min,EHP的检测灵敏度是200pg包含6.36x107个拷贝,WSSV的检测灵敏度是2 pg包含5.41x105个拷贝;在IHHNV和WSSV多重PCR反应中,其最反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性30s,退火温度为58.9℃,反应时间为30s,72℃延伸50 s,共38个循环,最后72℃条件下延伸8min,IHHNV的检测灵敏度是20 pg包含5.99x106个拷贝,WSSV的检测灵敏度是2 pg包含5.41x105个拷贝。分别对三种多重PCR反应的特异性进行检测,结果表明,三种多重PCR反应的阴性对照豚鼠气单胞菌DNA和SPF罗氏沼虾DNA均无条带扩出,该结果表明本研究建立的三种多重PCR技术具有较强的特异性。3. 罗氏沼虾维氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌的分离鉴定本实验从濒死罗氏沼虾幼虾和成虾肝胰腺中分别分离出两株致病菌,对其溶血性、革兰氏染色、形态学、生理生化进行鉴定,并结合16Sr RNA基因测序以及系统进化树分析,判断两株分离菌株分别为维氏气单胞菌（登录号MN733186）和豚鼠气单胞菌（登录号MN736843）,并利用分离菌株分别进行人工感染实验,结果发现,被感染的罗氏沼虾出现与自然水域患病虾相似的症状,且在较短时间内发病死亡,说明这两株分离菌株对罗氏沼虾均具有较强的致病性,对分离菌株的药物敏感性进行检测,结果显示维氏气单胞菌对头孢曲松、氯霉素、氟苯尼考、多西环素和利福平5种药物高度敏感,对新生霉素和复方新诺明2种药物中度敏感,对环丙沙星、诺氟沙星、红霉素、阿奇霉素、链霉素、卡那霉素、四环素7种药物耐药;豚鼠气单胞菌对头孢曲松、氯霉素、氟苯尼考、四环素、多西环素5种药物高度敏感,对卡那霉素1种药物中度敏感,对环丙沙星、诺氟沙星、红霉素、阿奇霉素、新生霉素、链霉素、复方新诺明和利福平8种药物耐药。本研究实验结果为罗氏沼虾气单胞菌的病原鉴定及药物诊治提供一定的参考和理论基础。
二、罗氏沼虾生物学研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、罗氏沼虾生物学研究（论文提纲范文）
（1）长臂虾科几种重要经济虾类的繁殖生物学研究进展（论文提纲范文）
| 1 繁殖生物学特征 |
| 1.1 繁殖期 |
| 1.2 繁殖力 |
| 1.3 雌雄性比 |
| 2 生殖系统发育 |
| 2.1 雌性生殖系统 |
| 2.1.1 雌性生殖系统结构 |
| 2.1.2 卵巢发育 |
| 2.2 雄性生殖系统 |
| 2.2.1 雄性生殖系统结构 |
| 2.2.2 精子发生 |
| 3 胚胎和幼体发育 |
| 3.1 胚胎发育过程 |
| 3.2 卵裂方式 |
| 3.3 幼体发育过程 |
| 3.4 环境因子对胚胎和幼体发育的影响 |
| 4 繁殖相关调控基因 |
| 5 总结与展望 |
（2）BMP信号通路影响罗氏沼虾附肢再生的分子机制初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 文献综述 |
| 1.1 动物自切行为及再生研究 |
| 1.1.1 动物自切 |
| 1.1.2 动物附肢再生过程研究 |
| 1.2 动物再生的分子机制研究 |
| 1.2.1 参与再生过程中的关键因子 |
| 1.2.2 参与再生过程中的信号通路 |
| 1.3 BMP-Smad信号通路研究进展 |
| 1.3.1 BMP-Smad信号通路分子生物学基础 |
| 1.3.2 BMP-Smad信号通路的功能 |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 1.5 主要内容及技术路线 |
| 2 罗氏沼虾断肢再生的形态学观察和组织学分析 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验对象与饲养管理 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 罗氏沼虾附肢再生的周期及再生情况 |
| 2.2.2 取样及组织固定 |
| 2.2.3 石蜡包埋组织切片和H.E染色 |
| 2.2.4 镜检 |
| 2.3 实验结果与分析 |
| 2.3.1 罗氏沼虾断肢再生过程的形态学观察 |
| 2.3.2 罗氏沼虾断肢再生初期阶段组织学分析 |
| 2.4 讨论 |
| 3 罗氏沼虾断肢不同再生阶段的比较转录组分析 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 实验试剂 |
| 3.1.2 实验耗材及仪器 |
| 3.1.3 动物及样品采集 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 RNA提取、文库构建和测序 |
| 3.2.2 转录组组装和基因注释 |
| 3.2.3 差异表达基因(DEGs)分析 |
| 3.2.4 qPCR验证差异表达基因 |
| 3.2.5 数据处理 |
| 3.3 实验结果与分析 |
| 3.3.1 转录组测序和组装 |
| 3.3.2 功能注释与分类 |
| 3.3.3 差异表达基因聚类分析 |
| 3.3.4 筛选可能参与再生初始信号转导的转录调节因子 |
| 3.3.5 断肢再生相关通路注释 |
| 3.3.6 qPCR验证 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 候选参与再生初始信号转导的转录调节因子 |
| 3.4.2 候选参与罗氏沼虾附肢再生的相关信号通路 |
| 4 罗氏沼虾BMP信号通路关键基因的克隆与表达分析 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 实验动物 |
| 4.1.2 实验试剂 |
| 4.1.3 实验仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 罗氏沼虾步足基部肌肉组织总RNA提取 |
| 4.2.2 罗氏沼虾cDNA模板的合成 |
| 4.2.3 罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因编码区(ORF)序列扩增 |
| 4.2.4 BMP信号通路各关键基因生物信息学分析 |
| 4.2.5 罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因时空表达特征分析 |
| 4.2.6 数据处理 |
| 4.3 实验结果与分析 |
| 4.3.1 罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因的克隆及生物信息学分析 |
| 4.3.2 罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因空间表达特征分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因的结构特征 |
| 4.4.2 罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因的表达模式 |
| 5 去表达BMP信号通路各关键基因对罗氏沼虾附肢再生的影响 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.1.1 实验动物 |
| 5.1.2 实验试剂 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 引物设计 |
| 5.2.2 RNA双链合成 |
| 5.2.3 Mrdpp敲降后罗氏沼虾断肢再生过程的形态学观察 |
| 5.2.4 Mrdpp敲降后罗氏沼虾断肢再生初期阶段组织学分析 |
| 5.2.5 dsRNA-Mrdpp体外组织孵育实验 |
| 5.2.6 BMPⅠ型受体抑制剂LDN-193189体内注射实验 |
| 5.2.7 BMP信号通路各关键基因dsRNA体内注射实验 |
| 5.2.8 数据处理 |
| 5.3 实验结果与分析 |
| 5.3.1 长期敲降Mrdpp基因表达对罗氏沼虾附肢再生的影响 |
| 5.3.2 体外组织中敲降Mrdpp,对BMP信号通路关键基因表达的影响 |
| 5.3.3 BMPⅠ型受体抑制剂对断肢罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因表达的影响 |
| 5.3.4 断肢罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因敲降后的相互影响 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 长期敲降Mrdpp基因表达对罗氏沼虾附肢再生的影响 |
| 5.4.2 探究BMPⅠ型受体抑制剂对断肢罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因表达的影响 |
| 5.4.3 断肢罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因的敲降后的相互影响 |
| 6 过表达MrDpp及其受体MrBMPR1B对断肢罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因表达的影响 |
| 6.1 实验材料 |
| 6.1.1 实验动物 |
| 6.1.2 质粒与菌株 |
| 6.1.3 实验试剂 |
| 6.1.4 实验仪器 |
| 6.1.5 溶液配制 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.2.1 罗氏沼虾Mrdpp及MrBMPR1B原核表达载体的构建 |
| 6.2.2 重组蛋白pET-Dpp及pET-BMPR1B的诱导表达与复性 |
| 6.2.3 重组蛋白pET-Dpp及pET-BMPR1B体外孵育实验 |
| 6.2.4 重组蛋白pET-Dpp体内注射实验 |
| 6.2.5 数据处理 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 罗氏沼虾Mrdpp和MrBMPR1B原核表达载体构建 |
| 6.3.2 体外过表达pET-Dpp及pET-BMPR1B对BMP信号通路各关键基因表达水平的影响 |
| 6.3.3 体内过表达pET-Dpp对BMP信号通路各关键基因表达水平的影响 |
| 6.4 讨论 |
| 7 全文总结与展望 |
| 7.1 全文总结 |
| 7.1.1 了解了罗氏沼虾附肢再生所需时间及再生重要阶段 |
| 7.1.2 获得了罗氏沼虾不同再生阶段转录组基础数据 |
| 7.1.3 鉴定了罗氏沼虾BMP信号通路各关键基因及其组织表达特征 |
| 7.1.4 明确了Mrdpp的敲降能够显着抑制罗氏沼虾附肢再生 |
| 7.1.5 探究了过表达重组蛋白pET-Dpp及其受体pET-BMPR1B调控BMP信号通路各关键基因表达 |
| 7.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（3）传染性早熟病毒的发现及其检测方法的建立（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 1.1 罗氏沼虾“铁虾” |
| 1.2 “铁虾”的研究进展 |
| 1.2.1 种质问题 |
| 1.2.2 养殖水环境的影响 |
| 1.2.3 病原感染 |
| 1.2.4 其他因素 |
| 1.3 罗氏沼虾主要疾病 |
| 1.3.1 寄生虫感染 |
| 1.3.2 真菌感染 |
| 1.3.2.1 酵母菌感染 |
| 1.3.2.2 镰刀菌感染 |
| 1.3.3 细菌感染 |
| 1.3.3.1 弧菌感染 |
| 1.3.3.2 阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)感染 |
| 1.3.4 病毒感染 |
| 1.3.4.1 罗氏沼虾野田村病毒(Mrosenbergii nodavirus,MrNV)及其卫星病毒(satellitelike virus, XSV) |
| 1.3.4.2 罗氏沼虾太湖病毒(Macrobrachium rosenbergii Taihu virus,MrTV) |
| 1.3.4.3 十足目虹彩病毒(Decapod iridescent virus1,DIV1) |
| 1.3.4.4 罗氏沼虾罗尼病毒科新病毒(M.rosenbergiiGoldaVirus,Mr GV) |
| 1.4 黄病毒概述 |
| 1.5 本研究的目的及意义 |
| 第二章 罗氏沼虾“铁虾”眼柄转录组研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 核酸提取 |
| 2.2.3 文库构建和测序 |
| 2.2.4 测序数据组装及功能注释 |
| 2.2.5 差异表达分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 测序样品RNA质检结果 |
| 2.3.2 转录组测序和序列组装 |
| 2.3.3 基因功能注释与分类 |
| 2.3.4 差异表达分析 |
| 2.3.5 生殖和免疫相关通路及差异表达基因鉴定 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 传染性早熟病毒的发现与致病性研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样品采集及处理 |
| 3.2.2 常见虾类病原的分子检测 |
| 3.2.3 组织病理切片 |
| 3.2.4 病毒粗提液的制备及感染实验 |
| 3.2.5 差速离心法制备病毒 |
| 3.2.6 宏转录组测序 |
| 3.2.6.1 样品准备和核酸提取 |
| 3.2.6.2 文库制备和转录组测序 |
| 3.2.7 病毒基因组验证和序列分析 |
| 3.2.8 系统发育分析 |
| 3.2.9 透射电镜观察 |
| 3.2.10 蔗糖密度梯度离心法纯化病毒 |
| 3.2.11 原位杂交 |
| 3.2.11.1 探针制备 |
| 3.2.11.2 原位杂交 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 常见病原检测结果 |
| 3.3.2 组织病理学观察 |
| 3.3.3 感染实验罗氏沼虾症状 |
| 3.3.4 病毒宏转录组分析及IPV的发现 |
| 3.3.5 IPV基因组验证 |
| 3.3.6 ORF预测及功能分析 |
| 3.3.7 IPV系统发育分析 |
| 3.3.8 感染IPV虾组织及纯化病毒颗粒透射电镜观察 |
| 3.3.9 原位杂交 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 IPV套式PCR与实时荧光定量PCR检测方法的建立 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 组织总RNA提取 |
| 4.2.2 套式RT-PCR |
| 4.2.2.1 引物设计 |
| 4.2.2.2 反转录 |
| 4.2.2.3 反应体系和程序 |
| 4.2.2.4 特异性检测 |
| 4.2.2.5 流行病学样品验证 |
| 4.2.3 基于Taqman探针的实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法的建立 |
| 4.2.3.1 引物探针设计 |
| 4.2.3.2 反应体系和程序 |
| 4.2.2.3 IPV标准品的制备 |
| 4.2.3.4 分析特异性检 |
| 4.2.3.5 分析灵敏度及标准曲线 |
| 4.2.3.6 重复性检测 |
| 4.2.3.7 流行病学调查样品检测 |
| 4.2.3.8 “铁虾”不同组织IPV定量检测 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 套式RT-PCR的特异性 |
| 4.3.2 流行病学调查样品套式RT-PCR检测结果 |
| 4.3.3 IPV RT-qPCR特异性分析 |
| 4.3.4 IPV RT-qPCR灵敏度和标准曲线 |
| 4.3.5 IPV RT-qPCR重复性检测 |
| 4.3.6 “铁虾”不同组织IPV定量检测 |
| 4.3.7 流行病学调查样品RT-qPCR检测结果 |
| 4.3.8 流行病学调查样品RT-qPCR和套式PCR检测结果比较 |
| 4.4 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（4）罗氏沼虾淀粉酶基因克隆及其表达规律分析（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 总RNA提取及c DNA合成 |
| 1.3 AMY基因克隆及生物信息学分析 |
| 1.4 AMY基因生物信息学分析 |
| 1.5 AMY基因表达分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 罗氏沼虾AMY基因CDS序列及测序分析结果 |
| 2.2 罗氏沼虾AMY蛋白理化性质预测分析结果 |
| 2.3 罗氏沼虾AMY蛋白糖基化位点和磷酸化位点预测结果 |
| 2.4 罗氏沼虾AMY蛋白二、三级结构预测结果 |
| 2.5 罗氏沼虾AMY基因同源性比对分析及系统发育进化树构建 |
| 2.6 罗氏沼虾AMY基因的组织表达差异 |
| 2.7 罗氏沼虾AMY基因在不同生长速度家系个体中的表达差异 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（5）罗氏沼虾病原阴沟肠杆菌致病性及rpoS基因在其生存和毒力中的功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 罗氏沼虾产业发展现状 |
| 1.1.1 罗氏沼虾养殖概况 |
| 1.1.2 罗氏沼虾主要疾病研究概况 |
| 1.1.2.1 细菌性疾病 |
| 1.1.2.2 病毒性疾病 |
| 1.1.2.3 真菌性疾病 |
| 1.1.2.4 寄生虫疾病 |
| 1.1.3 罗氏沼虾“铁壳虾”研究概况 |
| 1.1.3.1 病原感染与生长缓慢相关性研究 |
| 1.1.3.2 养殖环境与生长缓慢相关性研究 |
| 1.1.4 罗氏沼虾疾病防治策略 |
| 1.1.4.1 控制病原 |
| 1.1.4.2 改善养殖环境 |
| 1.1.4.3 增强宿主体质 |
| 1.2 阴沟肠杆菌生物学特征及危害 |
| 1.2.1 阴沟肠杆菌生物学特征 |
| 1.2.2 阴沟肠杆菌的流行病学 |
| 1.2.3 阴沟肠杆菌致病过程 |
| 1.2.3.1 黏附和侵袭 |
| 1.2.3.2 释放毒素 |
| 1.2.4 阴沟肠杆菌的耐药性 |
| 1.3 rpoS基因研究进展 |
| 1.3.1 rpoS基因概述 |
| 1.3.2 rpoS基因的表达调控 |
| 1.3.2.1 rpoS基因的转录调控 |
| 1.3.2.2 rpoS基因翻译的调控 |
| 1.3.2.3 rpoS基因翻译后的调控 |
| 1.3.3 rpoS基因与细菌的逆境生存 |
| 1.4 本论文的研究意义与技术路线 |
| 1.4.1 研究意义 |
| 1.4.2 技术路线 |
| 第2章 病原阴沟肠杆菌对罗氏沼虾致病性及宿主免疫反应 |
| 2.1 罗氏沼虾病原阴沟肠杆菌分离、鉴定及致病性 |
| 2.1.1 材料与方法 |
| 2.1.1.1 实验动物 |
| 2.1.1.2 主要试剂 |
| 2.1.1.3 病原细菌分离 |
| 2.1.1.4 分离菌XL3-1致病性检验 |
| 2.1.1.5 组织病理学观察 |
| 2.1.1.6 分离菌XL3-1的鉴定 |
| 2.1.1.7 分离菌XL3-1毒力因子及毒力相关基因检测 |
| 2.1.1.8 分离菌XL3-1药物敏感性测定 |
| 2.1.2 结果 |
| 2.1.2.1 疾病发生情况 |
| 2.1.2.2 分离菌XL3-1对罗氏沼虾幼体致病性 |
| 2.1.2.3 分离菌XL3-1对罗氏沼虾的组织损伤 |
| 2.1.2.4 分离菌XL3-1鉴定结果 |
| 2.1.2.5 阴沟肠杆菌毒力因子及毒力基因检测结果 |
| 2.1.2.6 阴沟肠杆菌耐药性 |
| 2.1.3 讨论 |
| 2.2 罗氏沼虾感染阴沟肠杆菌后免疫反应 |
| 2.2.1 材料与方法 |
| 2.2.1.1 实验动物与菌株 |
| 2.2.1.2 主要试剂 |
| 2.2.1.3 人工感染及样品采集 |
| 2.2.1.4 RNA提取、cDNA文库构建和转录组测序 |
| 2.2.1.5 测序数据质量评估与拼接注释 |
| 2.2.1.6 差异表达基因及富集分析 |
| 2.2.1.7 转录组测序结果荧光定量PCR (qRT-PCR)验证 |
| 2.2.1.8 免疫相关基因感染前后组织表达分布 |
| 2.2.2 结果 |
| 2.2.2.1 转录组序列组装拼接 |
| 2.2.2.2 基因功能注释 |
| 2.2.2.3 差异表达基因筛选 |
| 2.2.2.4 差异表达基因GO和KEGG富集分析 |
| 2.2.2.5 qRT-PCR验证结果 |
| 2.2.2.6 免疫相关基因在不同组织表达分布规律 |
| 2.2.2.7 阴沟肠杆菌感染对肝胰腺组织中免疫相关基因表达的影响 |
| 2.2.2.8 阴沟肠杆菌感染对血细胞中免疫相关基因表达的影响 |
| 2.2.2.9 阴沟肠杆菌感染对鳃组织中免疫相关基因表达的影响 |
| 2.2.2.10 阴沟肠杆菌感染对肠道组织中免疫相关基因表达的影响 |
| 2.2.3 讨论 |
| 第3章 罗氏沼虾“铁壳虾”与阴沟肠杆菌相关性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验动物 |
| 3.1.2 实验菌株 |
| 3.1.3 样品采集与处理 |
| 3.1.4 “铁壳虾”和健康虾显微组织观察 |
| 3.1.5 “铁壳虾”传染性验证 |
| 3.1.6 “铁壳虾”病原检测 |
| 3.1.7 罗氏沼虾感染阴沟肠杆菌后生长指标测定 |
| 3.1.8 生长相关基因差异表达分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 “铁壳虾”和健康虾组织学差异 |
| 3.2.2 “铁壳虾”传染性验证结果 |
| 3.2.3 “铁壳虾”病原检测结果 |
| 3.2.4 阴沟肠杆菌感染对罗氏沼虾生长的影响 |
| 3.2.5 “铁壳虾”与健康虾生长相关基因差异表达情况 |
| 3.2.6 阴沟肠杆菌感染对罗氏沼虾生长相关基因表达的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 rpoS基因在阴沟肠杆菌生存和毒力中的功能研究 |
| 4.1 阴沟肠杆菌rpoS基因沉默株构建及转录组测序分析 |
| 4.1.1 材料与方法 |
| 4.1.1.1 实验菌株与质粒 |
| 4.1.1.2 主要试剂 |
| 4.1.1.3 shRNA寡核苷酸的设计及退火 |
| 4.1.1.4 pCM130/tac质粒提取与线性化 |
| 4.1.1.5 重组质粒pCM130/tac-rpoS构建及鉴定 |
| 4.1.1.6 重组质粒pCM130/tac-rpoS转入阴沟肠杆菌 |
| 4.1.1.7 阴沟肠杆菌rpoS基因沉默效率测定 |
| 4.1.1.8 沉默株与野生株RNA提取、cDNA文库构建及转录组测序 |
| 4.1.1.9 差异表达基因分析 |
| 4.1.1.10 qRT-PCR验证稳定沉默后差异表达基因 |
| 4.1.2 结果 |
| 4.1.2.1 阴沟肠杆菌rpoS基因的沉默效率 |
| 4.1.2.2 沉默株与野生株转录组数据质量评估 |
| 4.1.2.3 差异表达基因筛选 |
| 4.1.2.4 差异基因GO功能富集分析 |
| 4.1.2.5 差异基因KEGG通路富集分析 |
| 4.1.2.6 qRT-PCR验证转录组数据 |
| 4.1.3 讨论 |
| 4.2 rpoS基因在阴沟肠杆菌逆境生存中的功能 |
| 4.2.1 材料与方法 |
| 4.2.1.1 环境胁迫下rpoS基因表达量测定 |
| 4.2.1.2 沉默株与野生株生长曲线测定 |
| 4.2.1.3 沉默株与野生株在环境胁迫下的生长测定 |
| 4.2.1.4 沉默株与野生株在环境胁迫下的存活能力测定 |
| 4.2.1.5 沉默株与野生株生物被膜形成能力测定 |
| 4.2.1.6 qRT-PCR检测抗胁迫和生物被膜形成相关基因差异表达 |
| 4.2.2 结果 |
| 4.2.2.1 环境胁迫下阴沟肠杆菌rpoS基因表达的变化 |
| 4.2.2.2 rpoS基因对阴沟肠杆菌环境胁迫下生长的影响 |
| 4.2.2.3 rpoS基因对阴沟肠杆菌逆境胁迫下存活能力的影响 |
| 4.2.2.4 rpoS基因对阴沟肠杆菌生物被膜形成能力的影响 |
| 4.2.2.5 rpoS基因对阴沟肠杆菌抗胁迫基因的调节作用 |
| 4.2.3 讨论 |
| 4.3 rpoS基因对阴沟肠杆菌的毒力调控机制 |
| 4.3.1 材料与方法 |
| 4.3.1.1 沉默株与野生株运动能力测定 |
| 4.3.1.2 沉默株与野生株黏附能力测定 |
| 4.3.1.3 沉默株与野生株致病力测定 |
| 4.3.1.4 细菌负载量测定 |
| 4.3.1.5 qRT-PCR检测毒力相关基因差异表达 |
| 4.3.2 结果 |
| 4.3.2.1 rpoS基因对阴沟肠杆菌运动能力的影响 |
| 4.3.2.2 rpoS基因对阴沟肠杆菌黏附能力的影响 |
| 4.3.2.3 rpoS基因对阴沟肠杆菌致病力的影响 |
| 4.3.3 讨论 |
| 全文结论 |
| 主要创新点 |
| 文章不足及下一步应开展的工作 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（6）锦绣龙虾对氨氮胁迫的生理响应机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 1 锦绣龙虾生态学特征概述 |
| 1.1 分类与地域分布 |
| 1.2 结构特征 |
| 1.3 生活习性及繁殖习性 |
| 1.4 经济价值与养殖现状 |
| 1.5 锦绣龙虾研究现状 |
| 2 转录组测序的发展与应用 |
| 2.1 高通量测序技术 |
| 2.2 环境胁迫下甲壳动物的转录组测序研究 |
| 3 氨氮的来源与危害 |
| 3.1 水体中氨氮的来源 |
| 3.2 氨氮对水产动物的危害 |
| 3.2.1 氨氮对水生动物生长、存活的影响 |
| 3.2.2 氨氮对水生动物组织结构的影响 |
| 3.2.3 氨氮对水生动物生理水平的影响 |
| 3.2.4 氨氮对水生动物相关基因表达的影响 |
| 3.3 氨氮胁迫下水生动物解毒代谢机制 |
| 第一章 锦绣龙虾在氨氮胁迫下肝胰腺的转录组分析 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.1.1 实验材料 |
| 1.1.2 实验方法 |
| 1.2 结果与分析 |
| 1.2.1 Illumina测序和序列组装结果 |
| 1.2.2 差异基因表达分析 |
| 1.2.3 差异基因富集分析 |
| 1.2.4 差异基因荧光定量验证 |
| 1.3 讨论 |
| 第二章 锦绣龙虾GDH、GOT和 ASL基因克隆与序列分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验器材 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.1.4 实验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 锦绣龙虾PoGDH基因的cDNA序列特征 |
| 2.2.2 锦绣龙虾PoGOT基因的cDNA序列特征 |
| 2.2.3 锦绣龙虾PoASL基因的cDNA序列特征 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 锦绣龙虾GDH、GOT和 ASL基因的组织分布及氨氮胁迫下的表达分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验用虾 |
| 3.1.2 实验试剂与仪器 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 锦绣龙虾PoGDH、PoGOT、PoASL基因的组织表达分析 |
| 3.2.2 氨氮胁迫下锦绣龙虾PoGDH、PoGOT、PoASL基因的表达分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 氨氮胁迫对锦绣龙虾代谢酶和抗氧化酶活力的影响 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验用虾 |
| 4.1.2 实验试剂与仪器 |
| 4.1.3 实验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 氨氮胁迫下锦绣龙虾肝胰腺的组织损伤切片及TUNEL检测 |
| 4.2.2 氨氮胁迫对锦绣龙虾氨氮代谢相关酶活性的影响 |
| 4.2.3 氨氮胁迫对锦绣龙虾抗氧化酶活性的影响 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 小结 |
| 参考文献 |
| 硕士期间论文发表情况 |
| 致谢 |
（7）红螯螯虾卵巢发育相关基因Tra2和Foxl2的筛选鉴定及特征分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 文献综述 |
| 1.1.1 红螯螯虾简介 |
| 1.1.2 甲壳动物性别调控机制研究 |
| 1.1.2.1 遗传因素影响性别分化 |
| 1.1.2.2 环境因子影响性别分化 |
| 1.1.2.3 红螯螯虾性别分化相关研究 |
| 1.1.3 Tra2 基因的研究进展 |
| 1.1.4 Foxl2 基因的研究进展 |
| 1.1.5 RNAi技术在甲壳动物中的研究进展 |
| 1.1.5.1 RNAi技术简介 |
| 1.1.5.2 RNAi技术在甲壳动物中的应用 |
| 1.2 本研究的目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验样本 |
| 2.2 实验试剂与仪器 |
| 2.3 核酸提取 |
| 2.3.1 总RNA提取及c DNA合成 |
| 2.3.2 基因组DNA提取 |
| 2.4 目的基因扩增 |
| 2.4.1 Tra2 基因全长c DNA序列扩增及部分基因组序列扩增 |
| 2.4.2 Foxl2 基因c DNA全长序列扩增 |
| 2.5 生物信息学分析 |
| 2.6 实时荧光定量PCR |
| 2.7 转录组高通量测序 |
| 2.7.1 RNA提取及检测 |
| 2.7.2 Illumina文库构建与测序 |
| 2.7.3 原始序列质量评估及过滤拼接 |
| 2.7.4 Unigene功能注释 |
| 2.7.5 差异基因表达及GO注释 |
| 2.8 dsRNA体外转录及体内注射 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 红螯螯虾转录组高通量测序及分析 |
| 3.1.1 转录本拼接 |
| 3.1.2 功能注释 |
| 3.1.3 差异基因表达分析及GO分析 |
| 3.1.4 性腺发育相关基因筛选 |
| 3.2 Tra2 基因的分子特征及功能研究 |
| 3.2.1 Tra2 cDNA全长序列分析 |
| 3.2.2 Tra2 多重氨基酸序列比对与系统进化分析 |
| 3.2.3 Tra2 基因在红螯螯虾中的时空表达分析 |
| 3.2.3.1 CqTra2 基因在红螯螯虾中的组织分布 |
| 3.2.3.2 CqTra2 基因在胚胎不同发育时期的表达分析 |
| 3.2.3.3 CqTra2 基因在幼虾性别分化关键时期的表达分析 |
| 3.2.4 靶向沉默Tra2 基因对Dsx基因的影响 |
| 3.3 Foxl2 基因的分子特征及功能研究 |
| 3.3.1 Foxl2 基因c DNA全长序列分析 |
| 3.3.2 Foxl2 多重氨基酸序列比对与系统进化分析 |
| 3.3.3 Foxl2 基因在红螯螯虾中的时空表达分析 |
| 3.3.3.1 CqFoxl2 基因在红螯螯虾中的组织分布 |
| 3.3.3.2 CqFoxl2 基因在幼虾不同生长阶段的表达分析 |
| 3.3.3.3 CqFoxl2 基因在卵巢不同发育时期的表达分析 |
| 3.3.4 靶向沉默Foxl2 基因红螯螯虾性腺发育的影响 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 红螯螯虾性腺组织转录组测序 |
| 4.2 Tra2 基因对红螯螯虾性别调控的影响 |
| 4.3 Foxl2 基因对红螯螯虾性别调控的影响 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）淡水虾质量安全状况报告（论文提纲范文）
| 1 产品质量安全总体概况 |
| 1.1 淡水虾产业总体概况 |
| 1.2 产品质量概况 |
| 2 存在的主要质量安全问题和隐患分析 |
| 2.1 罗氏沼虾、青虾和南美白对虾 |
| 2.2 克氏原螯虾 |
| 3 对策和建议 |
| 3.1 管理政策措施建议 |
| 3.1.1 统筹产业链上的各管理环节的关系 |
| 3.1.2 完善监控体系 |
| 3.1.3 创建质量安全示范区 |
| 3.2 需重点研究解决的问题建议 |
| 3.2.1 加强技术创新 |
| 3.2.2 完善行业标准 |
| 3.3 应急预案储备 |
| 3.4 前瞻性建议 |
| 3.4.1 追溯体系的构建 |
| 3.4.2 引导品牌建设 |
| 3.4.3 出台奖励办法 |
（9）水温和雌雄配比对罗氏沼虾能量代谢的影响（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验用虾 |
| 1.2 试验设计 |
| 1.2.1 不同水温下罗氏沼虾的能量收支比较 |
| 1.2.2 不同雌雄配比下罗氏沼虾的能量收支比较 |
| 1.3 试验管理 |
| 1.4 样品收集及预处理 |
| 1.5 罗氏沼虾特定生长率（SGR）及能值测定 |
| 1.6 统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 不同水温下罗氏沼虾的能量收支及生长差异情况 |
| 2.2 不同雌雄配比下罗氏沼虾的能量收支及生长差异情况 |
| 2.2.1 单性饲养下罗氏沼虾的能量收支及生长差异情况 |
| 2.2.2 不同雌雄配比下罗氏沼虾的能量收支及生长差异情况 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（10）罗氏沼虾两种病毒、两种细菌及虾肝肠胞虫检测与鉴定方法的建立（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 罗氏沼虾发展现状 |
| 2 传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV) |
| 2.1 IHHNV基因结构与分类 |
| 2.2 IHHNV宿主范围 |
| 2.3 IHHNV病理症状 |
| 2.4 IHHNV的传播途径 |
| 2.5 IHHNV检测技术 |
| 3 白斑综合征病毒(WSSV) |
| 3.1 白斑综合征病毒形态结构 |
| 3.2 白斑综合征病毒命名 |
| 3.3 白斑综合征病毒基因组 |
| 3.4 白斑综合征病毒的病理症状 |
| 3.5 白斑综合征易感宿主和传播途径 |
| 3.6 白斑综合征检测技术 |
| 4 虾肝肠胞虫 |
| 4.1 虾肝肠胞虫的易感宿主和传播途径 |
| 4.2 虾肝肠胞虫致病性 |
| 4.3 虾肝肠胞虫患病症状及病理变化 |
| 4.4 虾肝肠胞虫检测方法 |
| 4.5 虾肝肠胞虫防控措施 |
| 5 细菌常规鉴定法 |
| 5.1 气单胞菌 |
| 5.2 气单胞菌致病性 |
| 5.3 细菌鉴定方法 |
| 6 研究内容及目的意义 |
| 第二章 罗氏沼虾IHHNV、EHP和 WSSV病原检测方法的建立 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验毒株 |
| 1.2 实验试剂 |
| 1.3 实验仪器 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 引物设计与合成 |
| 2.2 DNA提取 |
| 2.3 PCR反应体系 |
| 2.4 PCR条件优化 |
| 2.5 质粒构建 |
| 2.6 灵敏度检测 |
| 2.7 临床检验试验 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 退火温度优化结果 |
| 3.2 预变性条件优化结果 |
| 3.3 变性条件优化 |
| 3.4 循环数优化 |
| 3.5 WSSV、IHHNV和 EHP的 PCR程序优化结果 |
| 3.6 灵敏度检测 |
| 3.7 临床检测试验结果 |
| 4 讨论 |
| 第三章 罗氏沼虾IHHNV、EHP和 WSSV多重PCR病原检测方法的建立 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验试剂 |
| 1.2 实验仪器 |
| 1.3 引物设计与合成 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 DNA提取 |
| 2.2 多重PCR反应体系 |
| 2.3 多重PCR反应条件优化 |
| 2.4 多重PCR特异性 |
| 2.5 多重PCR反应敏感性 |
| 3 结果 |
| 3.1 多重PCR退火温度优化 |
| 3.2 多重PCR预变性条件优化 |
| 3.3 多重PCR变性条件优化 |
| 3.4 多重PCR循环次数优化 |
| 3.5 多重PCR程序优化结果 |
| 3.6 多重PCR的特异性扩增结果 |
| 3.7 多重PCR灵敏度检测 |
| 4 讨论 |
| 第四章 罗氏沼虾两种细菌性病原的检测与鉴定 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 主要实验材料及仪器设备 |
| 1.2 实验动物 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 细菌分离培养 |
| 2.2 细菌形态观察 |
| 2.3 细菌生理生化特性鉴定 |
| 2.4 药敏实验 |
| 2.5 分子生物学鉴定 |
| 2.6 人工感染实验 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 病原菌形态特征 |
| 3.2 生理生化特性 |
| 3.3 药敏试验 |
| 3.4 细菌16SrRNA分子鉴定 |
| 3.5 人工感染 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
四、罗氏沼虾生物学研究（论文参考文献）
- [1]长臂虾科几种重要经济虾类的繁殖生物学研究进展[J]. 胡润豪,史文军,王盼,万夕和,沈辉,黎慧,王李宝,杨泽禹,吴旭干. 海洋渔业, 2021(04)
- [2]BMP信号通路影响罗氏沼虾附肢再生的分子机制初步研究[D]. 周婷婷. 广东海洋大学, 2021(02)
- [3]传染性早熟病毒的发现及其检测方法的建立[D]. 王国浩. 上海海洋大学, 2021(01)
- [4]罗氏沼虾淀粉酶基因克隆及其表达规律分析[J]. 姜建萍,杨学明,袁翔,邱庆庆,杨秀荣,蒋钦杨,黄光华,蒋和生. 南方农业学报, 2021(05)
- [5]罗氏沼虾病原阴沟肠杆菌致病性及rpoS基因在其生存和毒力中的功能研究[D]. 高晓建. 扬州大学, 2021
- [6]锦绣龙虾对氨氮胁迫的生理响应机制研究[D]. 周钱森. 上海海洋大学, 2021(01)
- [7]红螯螯虾卵巢发育相关基因Tra2和Foxl2的筛选鉴定及特征分析[D]. 蔡李娜. 上海海洋大学, 2021(01)
- [8]淡水虾质量安全状况报告[J]. 高强,徐洋,陈雪峰,顾志敏. 中国渔业质量与标准, 2020(05)
- [9]水温和雌雄配比对罗氏沼虾能量代谢的影响[J]. 张俊功,戴习林,丁福江. 南方农业学报, 2020(07)
- [10]罗氏沼虾两种病毒、两种细菌及虾肝肠胞虫检测与鉴定方法的建立[D]. 郭莹. 华中农业大学, 2020(02)