一、用mtDNA序列探讨羚牛亚种分类(偶蹄目:牛科)（论文文献综述）
李安宁,邱菊,郑燕,李一丹,郭睿,贾康胜,雷颖虎,昝林森[1]（2021）在《秦岭羚牛的保护生物学研究进展》文中研究说明秦岭羚牛（Budorcas taxicolor bedfordi）作为"秦岭四宝"之一,是国家一级重点保护动物,被世界自然保护联盟（International Union for Conservation of Nature, IUCN）列为易危级物种。本文从秦岭羚牛的生态学、分类学地位、寄生虫病、瘤胃微生物区系、功能基因挖掘及人工圈养等方面总结已有的研究成果,并对其研究进展进行综述,指出目前研究存在的不足,提出今后的研究方向,以期为秦岭羚牛的保护和管理提供参考。
冯慧[2]（2016）在《利用mtDNA和微卫星分析羚牛秦岭亚种遗传多样性和遗传结构》文中认为羚牛（Budorcas taxicolor）,属偶蹄目（Artodactyla）、牛科（Bovidae）,分布于亚洲大陆的印度、尼泊尔、不丹、缅甸及中国。现存4个亚种,即指名亚种（B.taxicolor taxicolor）、秦岭亚种（B.taxicolor bedfrdi）、四川亚种（B.taxicolor tibetana）和不丹亚种（B.taxicolor whitei）。秦岭亚种仅布于陕西秦岭山脉部分区域。IUCN将其列为VU（易危）级,我国将其列为Ⅰ类重点保护动物,收录在CITES附录Ⅱ中。鉴于秦岭羚牛的濒危程度,陕西省政府建立了多个保护区;开展了有关羚牛个体生态、行为、繁殖等方面的研究项目;并制定了一系列法律法规来保护羚牛。随着保护工作的开展,羚牛秦岭亚种的种群数量也在逐年增加。但是种群数量的增加,羚牛种群的遗传多样性是否增加,群体的适应性否是随着增加,种群是否因为数量增加出现近亲繁殖等情况。这些基本的遗传资料还属于空白。在进行秦岭羚牛物种保护时,除了要了解羚牛的种群数量、生活习性等,还必须了解羚牛的遗传多样性。本研究利用mtDNAD-Loop区序列和微卫星两种分子标记技术,运用多种遗传多样性和遗传结构分析方法,对羚牛秦岭亚种3个群体的种群遗传学各个方面各个指数进行深入系统地分析和研究。研究结果如下:1)对羚牛秦岭亚种mtDNA基因组全序列进行了提取、扩增、测序、拼接和注释,最后得到16,662bp碱基序列。注释了 37个基因和一个A+T富集区,得到37个基因的排列顺序。构建了 tRNASer（AGY）为二叶草二级结构,发现tRNA二级结构的错配以GU错配为主,与其他哺乳动物相似。13个蛋白质编码基因密码子与其他牛科动物基本一致,证明牛科动物线粒体基因组在进化上高度保守是一致的。构建了羚牛的系统发育树,推测羚牛与麝牛形态和行为上很强的相似性可能是趋同进化的结果,两者之间的遗传距离较远。2)对秦岭佛坪-宁陕自然保护区、周至-太白自然保护、长青自然保护区三个地区采集到的76只羚牛秦岭亚种mtDNAD-Loop区序列进行了遗传多样性分析。研究获得1053bp序列,其中保守位点995个,单变异位点39个,简约信息位点18个,变异位点数为57个。变异位点占序列总数的5.50%。76条序列的平均碱基含量分别为 A = 32.85%,T = 29.05%,C = 23.61%,G= 14.49%,A+T 含量大于G+C含量。分析结果显示:①76个样本中共发现21个单倍型,单倍型在3个群体间是混乱分布的,但是每个群体又拥有独特的单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.008,遗传变异较小。线粒体单倍型系统树和网络图显示着3个群体分为两大分支,可能出现浅分化。②秦岭羚牛的单倍型多样度为0.513,核苷酸多样度为0.00350,秦岭羚牛遗传多样性较低。三个群体间基因流大小不同,佛坪-宁陕自然保护区和周至-太白自然保护区群体之间基因流最小,长青自然保护区与周至-太白自然保护区群体之间基因流最大。③秦岭羚牛3个群体的Tajima’s D值和Fu’s Fs值均显着小于0,表明种群偏离中性假说,经历过扩张,通过计算,种群扩张发生在1.57万年前,处于第四纪末冰期时期。3)秦岭羚牛76个个体的20个微卫星座位共检测到171个等位基因,有14个位点检测出有无效等位基因的存在,无效等位基因的频率-0.404到0.357,此频率不影响羚牛种群遗传多样性分析。20个位点的平均多态信息含量为0.576,最低为P6位点的0.321,最高为P2位点的0.851。这20个位点具有中等偏高的多态性,可以提供较高的遗传多样度信息,可以用于秦岭羚牛遗传多样性分析。微卫星分析结果显示:秦岭羚牛观察杂合度平均值为0.342,小于期望杂合度平均值0.629,表现出遗传多样性较低,群体出现杂合子不足的情况。由于杂合子不足,秦岭羚牛3个群体都偏离哈迪-温伯格平衡。秦岭羚牛种群近期没有经历瓶颈效应。秦岭羚牛3个群体的近交系数都为正值,说明引起秦岭羚牛杂合子不足、偏离哈迪-温伯格平衡的原因是秦岭羚牛种群数量快速增加,种群密度增大,出现近亲繁殖,导致羚牛遗传多样性低,杂合子少的情况出现。
冯慧,冯成利,黄原,王璐[3]（2016）在《羚牛线粒体基因组全序列测定与分析》文中提出利用长距离PCR扩增法对秦岭羚牛线粒体基因组进行测序、拼接、注释并对基因组特点和羚牛系统发育进行分析。结果表明,羚牛线粒体基因组全长为16662 bp,GenBank序列号:KU361169。该基因由13个蛋白编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因和1个非编码控制区组成。基因组核苷酸组成为A:33.9%,T:27.0%,C:26.3%,G:12.8%,（A+T）含量（60.9%）高于（G+C）含量（39.1%）,有一定的碱基偏好。ND2、ND3、ND5基因起始密码子为ATA,其余10个蛋白质编码基因起始密码子为ATG。ND2、ND3、ND4、COⅢ基因为不完全终止密码子T,其余蛋白质基因为完全终止密码子TAA和AGA。预测了22个t RNA二级结构,共有38处错配,以GU错配为主。基于14种有蹄类动物线粒体基因组构建的系统发生树,表明羚牛与山羊亲缘关系最近,应归为羊亚科。
冯慧,黄原,任轶,冯成利,刘晓农[4]（2014）在《陕西省羚牛mtDNA控制区序列结构和种群遗传多样性分析》文中研究表明为给羚牛（Budorcas taxicolor）秦岭亚种的保护和管理提供有用的信息,调查陕西省秦岭羚牛3个野生种群线粒体DNA（mtDNA）控制区357bp片段的遗传多样性和种群结构。结果显示,67个羚牛个体碱基组成为A+T的平均含量（56.3%）高于G+C含量（43.7%）,3个群体mtDNA控制区的变异位点为60个（约占总位点数的17.29%）。核苷酸多样性（Pi）为0.007 48,平均核苷酸差异数（K）为2.052。67个个体分属4个单倍型,单倍型间的平均遗传距离（P）为0.127。说明秦岭羚牛群体mtDNA控制区序列遗传多样性较低,群体间的基因交流较少,有可能出现近亲繁殖的情况。
任轶,冯慧,冯成利,蒙世杰[5]（2012）在《应用线粒体DNA序列探讨羚牛分类地位》文中指出为探讨羚牛分类学地位,应用聚合酶链式反应（PCR）扩增了羚牛、绵羊、山羊和斑羚（青羊）线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b基因（Cyt b gene）,并测序,结合GenBank检索序列,对9种偶蹄类动物、1种奇蹄类动物Cyt b gene序列差异进行分析,构建了分子系统树（最优NJ树和唯一MP树）。通过本研究分析表明羚牛与羊亚科动物亲缘关系最近,将羚牛归入羊亚科较为合理。
李楠楠[6]（2012）在《中国岩羊分子系统地理学初探》文中认为岩羊属偶蹄目牛科羊亚科岩羊属,在我国重点保护野生动物名录中,被列为国家Ⅱ级保护野生动物。目前认为岩羊分为2个亚种,即西藏亚种（Pseudois nayaur nayaur）和四川亚种（Pseudois nayaur szechuanensis）。本研究采用mtDNA Cyt b基因全序列和控制区5端高变区两种分子标记,研究中国岩羊各地理种群的遗传多样性、遗传结构、系统地理学、基因流水平,从分子水平探讨中国岩羊亚种的分类地位以及四川亚种下的遗传分化问题。结合历史事件,初步研究中国岩羊地理分布格局形成的主要原因和过程。研究结果表明：1.结合GenBank下载岩羊的Cyt b和D-loop区序列共确定了45个Cyt b单倍型,27个D-loop区单倍型。两组数据都显示：宁夏种群和内蒙古种群有共享单倍型,其它种群无共享单倍型。A和C比例高于G和T的比例,碱基含量具有一定的偏歧性。2.计算中国岩羊不同地理种群的单倍型多样性（Cyt b:0.911±0.027; D-loop区基因：0.924±0.027）和核苷酸多样性（Cyt b:0.02821±0.03443; D-loop区基因：0.11412±0.0064）均较高,表明中国岩羊具有丰富的遗传多样性。其中宁夏种群的单倍型多样性和核苷酸多样性均为最低；四川和西藏种群的单倍型多样性和核苷酸多样性相对最高,表现出了较高的遗传多样性。3.计算中国岩羊不同地理种群间遗传距离发现,西藏亚种与四川亚种各地理种群间遗传距离数值在（Cyt b:0.035-0.050; D-loop:0.209-0.280）,平均为（Cyt b:0.042±0.007; D-loop:0.243±0.032）,四川亚种内部各种群间数值在（Cyt b:0.002-0.047; D-loop:0.006-0.299）,平均为（Cyt b:0.033±0.011; D-loop:0.200±0.083）,其中宁夏、内蒙古种群与其它种群遗传距离较大,青海、四川和甘肃种群之间距离相对较小4.基于Cyt b和D-loop区计算岩羊四川亚种各地理种群间的基因流发现：宁夏种群与四川亚种其它地理种群间几乎不存在基因流,说明宁夏种群与四川亚种的其它地理种群产生了显着的遗传分化。5.基于Cyt b和D-loop区构建的ML和Bayes系统树发现：西藏亚种单独聚为一支；四川亚种分为两大分支,即：四川甘肃青海分支和贺兰山分支。6.基于Cyt b和D-loop区,计算西藏亚种与四川亚种的分歧时间1.05-1.14百万年前,即地质年代中的新生代早更新世晚期——中更新世初期。7.将Cyt b和D-loop区两组四川亚种各地理种群和西藏亚种间的遗传距离数据与四川亚种各地理种群间的遗传距离数据进行2个独立样本的t检验,两组数据都显示四川亚种各地理种群间的遗传距离与四川亚种和西藏亚种间的遗传距离差异不显着,说明四川亚种内部产生了较大的遗传分化。其中宁夏种群和内蒙古构成的贺兰山分支可能成为独立于西藏亚种和四川亚种成为岩羊的第三个亚种；新疆种群可能属于西藏亚种一个分支。8.我们建议将中国岩羊分为西藏亚种、四川甘肃青海分支和荷兰山分支3个进化显着单元进行管理和保护,特别是贺兰山分支应该高度关注。
刘洋,刘少英,孙治宇,范振鑫,侯全芬[7]（2012）在《四川三例疑似偶蹄目动物的分子鉴定》文中指出测定了3例来自四川崇州的疑似偶蹄目动物样本细胞色素b基因（Cytb）,利用NCBI数据库中的BLAST功能对目标序列进行相似性搜索,发现与所测序列相似性高的分别为偶蹄目鹿科毛冠鹿Elaphodu scephalophus和牛科台湾鬣羚Capricornis swinhoei;联合下载四川有分布偶蹄目动物4科19种以及1条台湾鬣羚Cytb基因序列进行系统发育关系重建分析,结果显示有两例待鉴定样本（4#、5#）以置信度值100与毛冠鹿聚在一起;另一例待鉴定样本（1#）对应序列和鬣羚Capricornis milneedwardii聚在一起后与台湾鬣羚形成姊妹关系,然后以置信度值100和斑羚Naemorhedus griseus又形成姊妹关系。因此,3例疑似偶蹄目动物有2例可能为毛冠鹿,1例可能为鬣羚;在MEGA4.0软件中以Kimura2-parameter模型计算2例疑似为毛冠鹿（4#、5#）的目标序列与GenBank上毛冠鹿及赤麂Mun-tiacus muntjak、小麂Muntiacus reevesi序列间的遗传距离,发现两例疑似为毛冠鹿个体间遗传距离为0,2例疑似为毛冠鹿样本序列和下载的毛冠鹿序列间的遗传距离小（0.017）,和赤麂、小麂间遗传距离大（0.119～0.120、0.116～0.119）;1例疑似鬣羚（1#）的样本和下载鬣羚序列间遗传距离很小（0.006～0.009）,和台湾鬣羚的遗传距离较大（0.043）,和斑羚遗传距离更大（0.098）。结合四川有分布偶蹄目状况,认为3例待鉴定样本2例可能为毛冠鹿,1例可能是鬣羚。
李楠楠,刘振生,王正寰,黄丽红[8]（2012）在《基于细胞色素b基因的中国岩羊不同地理种群遗传差异分析》文中指出为了揭示中国岩羊不同地理种群的遗传差异,探讨岩羊亚种分化的分子机制,采用中国岩羊不同地理种群的细胞色素b（Cyt b）基因的全序列,分析了碱基变异情况、遗传距离以及核苷酸序列差异。用最大似然法和贝叶斯法构建分子系统树并对获得的拓扑结构进行分析。结果发现,西藏亚种与四川亚种Cyt b基因平均序列差异为4.2%（±0.007）,处于偶蹄目亚种的序列差异范围内,支持了目前对岩羊西藏亚种的分类地位。四川亚种内部各地理种群之间的遗传距离（0.033±0.0 111）与它们分别到西藏种群的遗传距离（0.042±0.007）差异不显着（t=1.824,P=0.084）,说明四川亚种内部各地理种群间已经发生较显着的遗传分化。其中,四川、甘肃和青海种群亲缘关系较近,并与四川亚种内部的其它种群已产生了显着的遗传分化。因此认为四川亚种内部各地理种群的种下分化需要深入研究。
韩璐[9]（2010）在《内蒙古东周时期绵羊和山羊的线粒体DNA研究》文中研究说明家养动物作为全球生物多样性的重要组成部分,在人类文明的起源与传播中起着重要的作用,是人类生活方式由散居、渔猎转变成群居、农业的必然产物。羊是人类最早驯化的家养动物之一,也是最重要的家畜,为人类提供了肉、奶、皮、毛等资源,在中国的农业、经济、文化甚至宗教中起到了非常重要的作用。研究古代家养绵羊和山羊的起源与进化,不仅有助于了解农业和畜牧业的起源与发展,还对了解古代人类的生活方式和迁移历史有着重要的参考价值。因此,家养绵羊和山羊的起源与进化研究一直以来都是生物学家和考古学家共同关注的热点问题。家养绵羊和山羊的起源与进化研究主要有动物考古学和分子生物学两种方法。动物考古学的方法主要是根据形态特征对古代动物遗骸进行观察和测量,系统分类鉴定动物的属种,计算种类数量、最小个体数,从而反应出古代人群的生活方式和经济类型。然而,很多遗址中出土的古代动物遗骸由于保存不完整,很难通过形态特征准确地鉴定出动物的属种,尤其是绵羊和山羊这两个近缘物种。分子生物学方法将为鉴定古代遗骸提供更为真实有效的手段。本文以内蒙古中南部凉城县忻州窑子和小双古城两个墓地出土的35个家养羊的古代遗骸为例,结合古动物形态学分析,通过分子生物学方法,提供区分鉴定古代遗骸山羊和绵羊的分子遗传证据。结果表明:线粒体DNA控制区序列和细胞色素b基因片段可以为鉴定绵羊和山羊古代遗骸提供更为详尽的分子遗传信息。其中,细胞色素b基因更适合作为DNA基因条码来区分鉴定古代动物遗骸是绵羊还是山羊。我们从35个古代样本中成功获得了33个真实可靠的古DNA序列,并对这33个样本进行分子鉴定。绝大多数古代样本的分子鉴定结果和形态学鉴定结果一致,只有3个样本的形态学鉴定和分子鉴定结果不一致,这3个样本最初均经形态学鉴定为山羊,最终分子鉴定结果为绵羊。分子鉴定结果纠正了形态学鉴定结果的误差。另外2个古代样本由于没有获得古DNA序列,以形态学鉴定种属结果为准。形态学和分子生物学鉴定35个古代动物遗骸的最终结果为:24个古代样本为绵羊,11个古代样本为山羊。对古代遗骸进行种属的区分鉴定,形态学方法和分子生物学方法各有自己独特的优点,相互补充对同一个样本进行两种方法的区分鉴定是最为理想的选择,不仅降低了古代样本保存不好给种属鉴定带来的难度,而且增加了种属鉴定结果的真实性、准确性和可靠性。分子生物学方法研究绵羊和山羊的起源与进化,大多集中在对现代家养羊遗传多样性的研究,目前,对古代绵羊和山羊遗传结构的研究还很少。而保存在古代动物遗骸中的古DNA能够提供古代家养动物的遗传信息,摆脱研究现代家养动物受到的“时间陷阱”的束缚。因此,重建古代绵羊和山羊的遗传结构,将有助于了解古代绵羊和山羊的谱系发育关系,追踪家养动物分子进化的轨迹。我们对内蒙古凉城县忻州窑子墓地和小双古城墓地出土的距今约2,500年的24个古代绵羊样本进行了线粒体DNA分析。成功获得了23个古代绵羊的线粒体DNA控制区271bp序列和细胞色素b基因300bp序列。线粒体DNA控制区和细胞色素b的系统发育树结果相一致,均清晰地显示出中国内蒙古东周时期的古代绵羊存在3个分支明显的单倍型类群,分别为单倍型类群A、B和C。这三个单倍型类群在古代绵羊中含有不同的分布频率:单倍型类群A占主要的优势,分布频率最显着,占样本总数的73.9%;单倍型类群B的分布次之,占样本总数的17.4%;单倍型类群C的分布频率最低,占样本总数的8.7%。细胞色素b的分析结果显示这3个母系世系的分化时间远远早于动物的驯化时间,揭示了中国绵羊有3个不同的母系起源。单倍型类群A和单倍型类群C的起源分析暗示了包括中国在内的亚洲地区很可能是绵羊的驯化中心之一。我们的研究还发现,中国古代绵羊群体与中国现代绵羊群体的遗传距离最近,并且二者之间的遗传结构极为相似,这表明2,500年前中国古代绵羊的遗传结构就已经趋于稳定,并对现代绵羊起着非常重要的基因贡献作用。我们对内蒙古凉城县忻州窑子墓地和小双古城墓地出土的距今约2,500年的11个古代山羊样本进行了线粒体DNA分析。成功获得了10个长度为289bp的山羊线粒体DNA控制区序列。系统发育树结果显示这10个不同单倍型的古代山羊序列分别属于已定义的单倍型类群A、单倍型类群B和单倍型类群D。其中7个样本属于个体数目最大也是分布最广泛的单倍型类群A,比例占总样本数的70%,2个样本属于单倍型类群B,比例占总样本数的20%,1个样本属于比较稀少的单倍型类群D,比例占总样本数的10%,这表明中国古代山羊有多个母系来源。单倍型类群B的中介网络图分析结果显示单倍型类群B被进一步分为两个亚群B1和B2,中国古代山羊的1个样本与亚群B1的中心建立者类型分享同一个单倍型,中介网络图分析结果暗示了山羊单倍型类群B,包括两个亚群B1和B2可能都起源于中国。这进一步支持了中国可能是山羊驯化中心之一的假说。我们的研究为解决古代遗骸是山羊还是绵羊的难题提供了分子鉴定的遗传依据。内蒙古东周时期古代绵羊和山羊的分子遗传学研究,为探索绵羊和山羊的起源与进化提供了分子遗传学信息。我们的研究同时也反映了古DNA技术在研究动物驯化、农业和畜牧业的起源与发展及古代人类活动的历史等领域的应用前景。
邓书湛[10]（2008）在《贵州周边地区主要山羊品种mtDNA Cyt b基因遗传多样性研究》文中研究指明本研究选择了线粒体DNA中的细胞色素b基因全序列,对贵州周边地区6个山羊品种72个个体细胞色素b基因进行PCR扩增、测序、分析,我们得到如下结论:1.贵州周边地区六个山羊品种72个个体mtDNA Cyt b基因全序列长度均为1140bp,都是以起始密码子ATG开始,中间没有插入/缺失,以终止密码子AGA结束。A+T平均含量58.7%,G+C平均含量为41.3%。2.贵州周边地区六个山羊品种72个个体mtDNA Cyt b基因单倍型有18种,共产生了30个多态位点,其中两碱基的单一多态位点17个,两碱基间变异的简约信息位点为13个;在30个碱基替换位点上,观察到74次非同义突变,66次发生在密码子的第一位,2次发生在密码子的第二位,6次在密码子的第一位和第二位都发生了突变。3.六个山羊品种单倍型多样度为0.505-0.808,核苷酸多样度为0.025%～0.246%,均处在中等偏上的水平,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。4.根据mtDNA Cyt b基因18种单倍型的系统发育分析,观察到三个支系,即支系A、支系B和支系C,出现的频率分别为:支系A93.06%（67/72）、支系B5.55%（4/72）和支系C1.39%（1/72）,表明六个山羊品种（群体）中绝大部分个体起源于1个母系即支系A。5.通过六个山羊品种线粒体DNA细胞色素b基因的系统起源分析,表明六个山羊品种均起源于西南亚的胃石山羊（Capra aegagrus）。6.本研究发现不同品种间的的亲缘关系与品种地城分布有密切的联系,地理间隔越近亲缘关系就越近,反之则越远。
二、用mtDNA序列探讨羚牛亚种分类(偶蹄目:牛科)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、用mtDNA序列探讨羚牛亚种分类(偶蹄目:牛科)（论文提纲范文）
（1）秦岭羚牛的保护生物学研究进展（论文提纲范文）
| 1 秦岭羚牛的生态学研究 |
| 1.1 地理分布及栖息地 |
| 1.2 集群特征与活动规律 |
| 1.3 采食习性 |
| 1.4 繁殖生态及行为 |
| 2 秦岭羚牛的分类学地位 |
| 3 秦岭羚牛寄生虫调查研究 |
| 4 秦岭羚牛的瘤胃微生物区系研究 |
| 5 秦岭羚牛的分子细胞生物学研究 |
| 5.1 秦岭羚牛的遗传多样性分析 |
| 5.2 功能基因研究 |
| 5.3 性别鉴定 |
| 5.4 异种体细胞克隆 |
| 5.5 防盗猎技术研究 |
| 6 秦岭羚牛的人工圈养研究 |
| 6.1 秦岭羚牛的人工饲养 |
| 6.2 圈养羚牛的繁殖行为研究 |
| 6.3 圈养羚牛的寄生虫调查研究 |
| 7 展 望 |
（2）利用mtDNA和微卫星分析羚牛秦岭亚种遗传多样性和遗传结构（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 羚牛秦岭亚种生物学研究进展 |
| 1.1.1 羚牛秦岭亚种简介及分类地位 |
| 1.1.2 羚牛秦岭亚种分布、种群数量及栖息地选择 |
| 1.1.3 羚牛秦岭亚种繁殖生态和集群行为 |
| 1.1.4 羚牛秦岭亚种分子生物学研究 |
| 1.2 遗传多样性研究 |
| 1.2.1 种群遗传学概念及研究内容 |
| 1.2.2 种群遗传学研究的理论基础 |
| 1.2.3 种群遗传学研究在野生动物保护方面的意义 |
| 1.3 遗传多样性研究中的分子标记技术 |
| 1.3.1 分子标记技术概述 |
| 1.3.2 限制性片段长度多态性 |
| 1.3.3 随机扩增片段长度多态性 |
| 1.3.4 扩增片段长度多态性 |
| 1.3.5 微卫星标记 |
| 1.3.6 DNA测序及序列分析 |
| 1.3.7 单核苷酸多态性 |
| 1.4 本项目的研究目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 样品采集与处理 |
| 2.2 仪器与试剂 |
| 2.2.1 仪器 |
| 2.2.2 试剂 |
| 2.2.3 主要配制的试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 羚牛基因组DNA提取 |
| 2.3.2 引物设计和PCR反应体系 |
| 2.3.3 拼接和注释 |
| 2.3.4 微卫星基因分型 |
| 2.4 数据分析 |
| 2.4.1 mtDNA基因组全序列分析 |
| 2.4.2 mtDNA D-Loop区序列遗传多样性分析 |
| 2.4.3 微卫星的遗传多样性分析 |
| 第三章 实验结果 |
| 3.1 羚牛总DNA提取结果 |
| 3.2 mtDNA基因组全序列拼接注释结果 |
| 3.2.1 mtDNA基因组全序列测序结果 |
| 3.2.2 mtDNA基因组全序列注释结果 |
| 3.2.3 tRNA和rRNA基因及二级结构 |
| 3.2.4 蛋白质编码基因和非编码区 |
| 3.2.5 系统发育分析 |
| 3.3 mtDNA D-Loop区序列遗传多样性分析结果 |
| 3.3.1 mtDNA D-Loop区序列碱基组成 |
| 3.3.2 位点变异分析 |
| 3.3.3 单倍型及分布 |
| 3.3.4 mtDNA D-loop区全序列的单倍型网络关系分析 |
| 3.3.5 秦岭羚牛种群遗传多样性 |
| 3.3.6 秦岭羚牛种群历史动态 |
| 3.4 羚牛秦岭亚种STR遗传多样性分析结果 |
| 3.4.1 基因分型结果图 |
| 3.4.2 无效等位基因 |
| 3.4.3 20个微卫星座位等位基因数与等位基因变异分析 |
| 3.4.4 基因连锁情况分析 |
| 3.4.5 遗传多样性分析 |
| 3.4.6 群体遗传结构分析 |
| 3.4.7 瓶颈效应分析 |
| 第四章 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 羚牛秦岭亚种的分布和样品采集 |
| 4.1.2 羚牛秦岭亚种mtDNA基因组特征与系统进化 |
| 4.1.3 羚牛秦岭亚种mtDNA D-Loop区序列特征与遗传多样性 |
| 4.1.4 秦岭羚牛种群历史动态及中性检验 |
| 4.1.5 STR图谱判读与无效等位基因对实验结果的影响 |
| 4.1.6 微卫星分析秦岭羚牛遗传多样性 |
| 4.1.7 哈迪-温伯格平衡检测 |
| 4.1.8 两种分子标记的比较 |
| 4.1.9 秦岭羚牛保护建议 |
| 4.2 结论与研究创新点 |
| 4.3 不足之处 |
| 4.4 未来的工作计划 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间取得的成果 |
（3）羚牛线粒体基因组全序列测定与分析（论文提纲范文）
| 1 结果与分析 |
| 1.1 羚牛线粒体基因组组成与特征 |
| 1.2 t RNA和r RNA基因 |
| 1.3 蛋白质编码基因 |
| 1.4 非编码区 |
| 1.5 系统发育分析 |
| 2 讨论 |
| 2.1 羚牛线粒体基因组特征 |
| 2.2 羚牛系统进化与分类地位 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 材料来源与DNA提取 |
| 3.2 引物设计 |
| 3.3 PCR扩增及测序 |
| 3.4 序列拼接及分析 |
| 3.5 构建系统进化树 |
| 作者贡献 |
（4）陕西省羚牛mtDNA控制区序列结构和种群遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 1材料与方法 |
| 1.1材料来源 |
| 1.2方法 |
| 2结果与分析 |
| 2.1序列分析 |
| 2.2 mtDNA控制区序列的遗传多样性及分子系统树 |
| 2.3 3个群体的遗传结构 |
| 2.4种群历史动态 |
| 3讨论 |
| 3.1秦岭羚牛mtDNA控制区序列特征 |
| 3.2秦岭羚牛的遗传多样性 |
（5）应用线粒体DNA序列探讨羚牛分类地位（论文提纲范文）
| 1 结果与分析 |
| 1.1 Cyt b基因序列差异 |
| 1.2 系统进化树 |
| 2 讨论 |
| 3 材料和方法 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 DNA提取和PCR扩增 |
| 3.2.2 测序和DNA序列分析 |
（6）中国岩羊分子系统地理学初探（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 分子系统地理学 |
| 1.1.1 研究内容 |
| 1.1.2 分子系统地理学的发展 |
| 1.2 线粒体DNA |
| 1.2.1 线粒体DNA概述 |
| 1.2.2 线粒体细胞色素b(Cyt b)基因 |
| 1.2.3 线粒体控制区(D-loop区)基因 |
| 1.3 古地理环境及避难所 |
| 1.4 岩羊基本生物学特性和研究现状 |
| 1.4.1 岩羊生物学特性 |
| 1.4.2 岩羊的分类与分布 |
| 1.4.3 岩羊国内外的研究现状 |
| 1.5 本论文研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验仪器与药品 |
| 2.2.1 药品 |
| 2.2.2 实验仪器 |
| 2.3 DNA的提取、扩增和测序 |
| 2.3.1 DNA的提取及检测 |
| 2.3.2 细胞色素b基因的扩增 |
| 2.3.3 控制区基因的扩增 |
| 2.3.4 PCR产物的检测 |
| 2.4 DNA序列的数据处理 |
| 3 结果 |
| 3.1 扩增与测序 |
| 3.2 岩羊线粒体DNA细胞色素b基因全序列分析 |
| 3.2.1 Cyt b基因序列变异及其遗传多样性 |
| 3.2.2 分子系统树的构建 |
| 3.3 岩羊线粒体DNA控制区基因序列分析 |
| 3.3.1 D-loop区基因序列变异及其遗传多样性 |
| 3.3.2 分子系统树的构建 |
| 3.4 岩羊四川亚种的遗传分化 |
| 3.4.1 线粒体Cyt b基因的分化 |
| 3.4.2 线粒体D-loop区的分化 |
| 3.5 分歧时间 |
| 4 讨论 |
| 4.1 岩羊种群的遗传多样性 |
| 4.2 中国岩羊的系统地理学 |
| 4.2.1 岩羊西藏亚种的分类地位 |
| 4.3 四川亚种的种下分化 |
| 4.4 岩羊种群的保护与管理 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（7）四川三例疑似偶蹄目动物的分子鉴定（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 DNA抽提、PCR扩增及序列测定 |
| 1.2 DNA数据处理 |
| 1.3 序列分析及系统树构建 |
| 1.4 物种间遗传距离 |
| 2 结果 |
| 2.1 测序结果及序列分析 |
| 2.2 系统发育关系分析 |
| 2.3 物种间的遗传距离 |
| 3 讨论 |
（8）基于细胞色素b基因的中国岩羊不同地理种群遗传差异分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 基因组DNA的提取与检测 |
| 1.2.2 PCR扩增 |
| 1.2.3 PCR产物的回收与测序 |
| 1.2.4 DNA序列的数据处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 细胞色素b ( Cyt b) 基因序列及其变异 |
| 2.2 分子系统树的构建 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（9）内蒙古东周时期绵羊和山羊的线粒体DNA研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 家养动物的起源研究 |
| 1.1.1 绵羊和山羊的分类地位 |
| 1.1.2 绵羊驯化的考古学证据 |
| 1.1.3 山羊驯化的考古学证据 |
| 1.2 线粒体DNA 遗传标记 |
| 1.2.1 绵羊mtDNA 研究进展 |
| 1.2.2 山羊mtDNA 研究进展 |
| 1.3 研究背景 |
| 1.3.1 内蒙古地区的介绍 |
| 1.3.2 东周时期的畜牧业 |
| 1.3.3 内蒙古东周时期的考古发现 |
| 1.3.4 研究的目的和意义 |
| 第二章 材料和方法 |
| 2.1 实验试剂与仪器 |
| 2.1.1 实验试剂及耗材 |
| 2.1.2 实验仪器和设备 |
| 2.1.3 常用溶液的配制 |
| 2.2 实验样本 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 实验样本选择 |
| 2.3.2 样本处理 |
| 2.3.3 古DNA 抽提 |
| 2.3.4 DNA 片断扩增 |
| 2.3.5 PCR 扩增产物检测 |
| 2.3.6 PCR 扩增产物纯化 |
| 2.3.7 DNA 测序 |
| 2.4 克隆 |
| 2.4.1 培养细菌（JM109） |
| 2.4.2 制备感受态细胞 |
| 2.4.3 连接反应 |
| 2.4.4 转化反应 |
| 2.4.5 克隆子筛选与测序 |
| 2.5 防污染措施 |
| 2.6 数据分析 |
| 2.6.1 序列校正与比对分析 |
| 2.6.2 共享单倍型搜索 |
| 2.6.3 构建系统发育树 |
| 2.6.4 构建中介网络图 |
| 2.6.5 主成分分析 |
| 第三章 古代遗骸绵羊和山羊的区分鉴定 |
| 3.1 绵羊和山羊的鉴定方法 |
| 3.2 古代遗骸绵羊与山羊的鉴定结果 |
| 3.2.1 古代羊遗骸形态学鉴定 |
| 3.2.2 古代羊遗骸分子鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 绵羊与山羊地理分布趋势 |
| 3.3.2 形态学鉴定与分子鉴定方法的比较 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 古代绵羊 mtDNA 多态性研究 |
| 4.1 绵羊样本信息 |
| 4.2 古代绵羊 mtDNA 研究结果 |
| 4.2.1 绵羊mtDNA 控制区多态性分析 |
| 4.2.2 古代绵羊单倍型类群归属情况 |
| 4.2.3 系统发育网络分析 |
| 4.2.4 估算分歧时间 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 绵羊的母系来源 |
| 4.3.2 单倍型类群A 的起源 |
| 4.3.3 单倍型类群C 的起源 |
| 4.3.4 古代绵羊和现代绵羊的遗传关系 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 古代山羊 mtDNA 多态性研究 |
| 5.1 山羊样本信息 |
| 5.2 古代山羊 mtDNA 研究结果 |
| 5.2.1 山羊mtDNA 控制区多态性分析 |
| 5.2.2 古代山羊单倍型类群归属情况 |
| 5.2.3 共享单倍型序列的分布 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 内蒙古地区古代山羊与现代山羊的关系 |
| 5.3.2 山羊的母系来源 |
| 5.3.3 单倍型类群A 的分布情况 |
| 5.3.4 单倍型类群B 的起源 |
| 5.3.5 单倍型类群D 的起源 |
| 5.4 本章小结 |
| 第六章 结论 |
| 6.1 家养羊的起源 |
| 6.2 东周时期内蒙古环境 |
| 6.3 内蒙古地区人群的生产生活方式 |
| 6.4 基因融合和人类的迁移路线 |
| 6.5 未来研究的展望 |
| 参考文献 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 |
| 致谢 |
（10）贵州周边地区主要山羊品种mtDNA Cyt b基因遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 目录 |
| 摘要 |
| Summary |
| 前言 |
| 第一部分 文献综述 |
| 一、山羊的起源及我国山羊种质资源概况 |
| 1.1 山羊的起源 |
| 1.2 中国山羊的种质资源 |
| 1.3 山羊地方品种遗传资源保护的原则 |
| 1.4 本研究选用的山羊品种简介 |
| 二、山羊遗传多样性研究及研究方法概况 |
| 2.1 遗传多样性的概念 |
| 2.2 山羊遗传多样性的研究概况 |
| 2.3 遗传多样性研究的分子遗传学方法 |
| 2.4 家养动物遗传多样性研究的意义 |
| 三、线粒体DNA在家畜遗传多样性研究中的应用 |
| 3.1 家畜mtDNA的基本特征 |
| 3.2 线粒体DNA与家畜的系统发育研究 |
| 3.3 mtDNA多态性研究的应用 |
| 3.4 线粒体DNA上的细胞色素b的研究概况 |
| 第二部分 实验研究 |
| 一、研究目的和意义 |
| 二、材料与方法 |
| 三、数据处理 |
| 四、山羊mtDNA Cyt b基因的遗传多样性 |
| 五、六个品种山羊单倍型间的系统发育分析 |
| 六、六个山羊品种间的亲缘关系分析 |
| 七、六个山羊品种的系统起源分析 |
| 八、讨论 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
四、用mtDNA序列探讨羚牛亚种分类(偶蹄目:牛科)（论文参考文献）
- [1]秦岭羚牛的保护生物学研究进展[J]. 李安宁,邱菊,郑燕,李一丹,郭睿,贾康胜,雷颖虎,昝林森. 西北农业学报, 2021(08)
- [2]利用mtDNA和微卫星分析羚牛秦岭亚种遗传多样性和遗传结构[D]. 冯慧. 陕西师范大学, 2016(12)
- [3]羚牛线粒体基因组全序列测定与分析[J]. 冯慧,冯成利,黄原,王璐. 基因组学与应用生物学, 2016(09)
- [4]陕西省羚牛mtDNA控制区序列结构和种群遗传多样性分析[J]. 冯慧,黄原,任轶,冯成利,刘晓农. 西北农业学报, 2014(01)
- [5]应用线粒体DNA序列探讨羚牛分类地位[J]. 任轶,冯慧,冯成利,蒙世杰. 基因组学与应用生物学, 2012(05)
- [6]中国岩羊分子系统地理学初探[D]. 李楠楠. 东北林业大学, 2012(01)
- [7]四川三例疑似偶蹄目动物的分子鉴定[J]. 刘洋,刘少英,孙治宇,范振鑫,侯全芬. 四川动物, 2012(03)
- [8]基于细胞色素b基因的中国岩羊不同地理种群遗传差异分析[J]. 李楠楠,刘振生,王正寰,黄丽红. 生态学报, 2012(08)
- [9]内蒙古东周时期绵羊和山羊的线粒体DNA研究[D]. 韩璐. 吉林大学, 2010(05)
- [10]贵州周边地区主要山羊品种mtDNA Cyt b基因遗传多样性研究[D]. 邓书湛. 贵州大学, 2008(S1)